Üropatojenik Escherichia coli (uropathogenic Escherichia coli, UPEC), idrar yolu enfeksiyonlarıyla ilişkili E. coli suşlarını ifade eden bir bakteriyel gruptur. Bu kesitsel çalışma, tekrarlayan idrar yolu enfeksiyonu öyküsü bildiren 80 katılımcıda obeziteyle ilişkili konak inflamasyonunu, IL6R rs2228145 genetik varyasyonunu ve idrardaki bakteriyel özellikleri aynı araştırma çerçevesi içinde değerlendirmiştir. Kırk katılımcı obezite grubunda, 40 katılımcı normal ağırlık karşılaştırma grubundadır. Kan örneklerinde IL-6 ve çözünür IL-6 reseptörü (sIL-6R) ELISA ile ölçülmüş, IL6R rs2228145 TaqMan genotiplemeyle belirlenmiş; idrar örneklerinde kültür ve 16S rRNA, fimH ve papG hedefli qPCR uygulanmış, iki seçilmiş UPEC izolatında bütün genom dizileme yapılmıştır.

Obezite grubunda 4PL kalibrasyonuyla tahmin edilen ortalama IL-6 düzeyi 28,04 ± 3,37 ng/L iken normal ağırlık grubunda 18,43 ± 1,41 ng/L bulunmuştur. Ortalama fark 9,61 ng/L'dir ve %95 güven aralığı 8,45–10,77 ng/L olarak hesaplanmıştır. sIL-6R düzeyleri de obezite grubunda daha yüksek bulunmuştur: 39,87 ± 9,15 ng/mL'ye karşı 33,69 ± 8,44 ng/mL. Buna karşılık IL6R rs2228145 için AA, AC ve CC genotiplerinin dağılımı iki BMI grubu arasında anlamlı farklılık göstermemiştir.

Genotip–biyobelirteç ilişkileri keşifsel analizlerdir. BMI grubu modele dahil edildiğinde her ek C alleli için tahmini IL-6 düzeyinde 1,06 kat ve sIL-6R düzeyinde 1,34 kat değişim bildirilmiştir. Bu değerler sırasıyla yaklaşık %6 ve %34'lük çarpımsal artışa karşılık gelir; ancak ilgili modeller ek klinik kovaryatlar içermemiş ve bu keşifsel p değerleri çoklu karşılaştırma için düzeltilmemiştir. Sonuçlar genetik varyantın biyobelirteç düzeylerine neden olduğunu tek başına kanıtlamaz.

İdrar kültürlerinde 37/80 örnek UPEC olarak sınıflandırılmıştır. Diğer kültür sonuçları 10 Klebsiella pneumoniae, 6 Proteus mirabilis, 4 Enterococcus faecalis, 3 Staphylococcus saprophyticus ve 20 anlamlı bakteriyel üreme olmayan örnektir. UPEC pozitif 37 örnekte fimH 33/37, papG 18/37 oranında qPCR ile saptanmıştır.

Bütün genom dizileme yalnız iki seçilmiş UPEC izolatında gerçekleştirilmiştir. UPEC1, ST127/O6:H31; UPEC2 ise ST131/O25:H4 olarak belirlenmiştir. Her iki genomda fimH için nitelikli WGS eşleşmesi bulunurken papG yalnız UPEC2'de WGS eşiklerini karşılamıştır. Bununla birlikte her iki seçilmiş örnek qPCR'da papG-pozitif olduğu için qPCR ve WGS arasında UPEC1 bakımından çözülmemiş bir uyumsuzluk vardır.

Çalışmanın ana yorum sınırı önemlidir: aynı katılımcılarda inflamatuvar biyobelirteçlerin, genotipin ve bakteriyel özelliklerin birlikte ölçülmesi bu unsurlar arasında doğrudan bir nedensel konak–patojen mekanizması kanıtlamaz. Ayrıca “tekrarlayan İYE” öyküsü bildirilmiş olmasına rağmen önceki enfeksiyonların tarihleri ve tanısal belgeleri mevcut olmadığından araştırmacılar bu öykünün belirli bir standart rekürrens tanımını karşılayıp karşılamadığını doğrulayamamıştır.

Çalışmanın araştırdığı temel problem nedir?

Obezite, düşük dereceli sistemik inflamasyonla ilişkili metabolik bir durumdur. IL-6 gibi sitokinlerin dolaşımdaki düzeyleri bu inflamatuvar ortamdan etkilenebilir. Öte yandan idrar yolu enfeksiyonlarında UPEC; adezyon, demir kazanımı, bağışıklık sisteminden kaçış, toksin üretimi, hücre içi yaşam ve biyofilm oluşumu gibi çeşitli özelliklerle üriner sistemde enfeksiyon oluşturabilir veya sürdürebilir.

Bu çalışma iki farklı biyolojik katmanı aynı örneklem içinde yan yana getirir: bir tarafta insan konağın IL-6/sIL-6R inflamasyon ekseni ve IL6R rs2228145 genotipi, diğer tarafta idrardaki bakterilerin kültür, adezin geni qPCR'ı ve seçilmiş genomların WGS profili bulunur.

Bu bütünleşik yaklaşımın amacı, bu katmanlardan herhangi birinin diğerinin nedeni olduğunu göstermek değil; obezite ve bildirilen tekrarlayan İYE bağlamında birlikte nasıl dağıldıklarını tanımlamaktır.

Bu Çalışma Obezite ile Tekrarlayan İdrar Yolu Enfeksiyonu Arasında Nedensel Bağ Kuruyor mu?

Hayır. Çalışma kesitsel olduğu, daha önceki İYE epizotlarının tarih ve tanısal kayıtları doğrulanamadığı ve inflamasyon, genotip ve bakteriyel özellikler aynı zaman çerçevesinde gözlemsel olarak ölçüldüğü için obezitenin IL-6 üzerinden UPEC virülansına veya tekrarlayan İYE'ye neden olduğunu göstermez; yazarlar sonuç bölümünde de bu verilerin obezite, konak inflamasyonu ve tekrarlayan İYE arasında nedensel bağ kurmadığını açıkça belirtmektedir.

Katılımcı grupları nasıl oluşturuldu?

Toplam 80 katılımcı 19–66 yaş aralığındadır; 66'sı kadın, 14'ü erkektir. Obezite grubu BMI ≥ 30 kg/m² olan 40 kişiden, normal ağırlık grubu ise BMI 18,5–24,9 kg/m² olan 40 kişiden oluşmuştur.

Kaydedilmiş İYE öyküsü iki ile altı epizot arasında değişmiştir. Ancak araştırma, bu epizotların hangi zaman aralığında gerçekleştiğini tanımlayamamaktadır. Epizot tarihleri ve tanısal belgeler mevcut olmadığından “rekürren İYE” öyküsünün belirli bir klinik rekürrens tanımını karşıladığı doğrulanamamıştır.

IL-6 ve sIL-6R neyi temsil ediyor?

İnterlökin-6 (IL-6), inflamatuvar ve immün yanıtlarla ilişkili bir sitokindir. Çözünür IL-6 reseptörü (soluble IL-6 receptor, sIL-6R), IL-6'nın membrana bağlı reseptör dışındaki trans-sinyalleme yolunda rol alabilen dolaşımdaki reseptör biçimidir.

Çalışma bu ekseni obeziteyle ilişkili inflamatuvar ortamı nicel olarak karakterize etmek amacıyla ölçmüştür. Bununla birlikte IL-6 veya sIL-6R'nin yüksek bulunması tek başına idrar yolu enfeksiyonunun nedeni, şiddeti veya tekrarlama mekanizması olarak yorumlanamaz.

IL6R rs2228145 nedir?

IL6R rs2228145, IL-6 reseptörünü kodlayan IL6R geni içindeki bir genetik varyanttır. Çalışmada alleller A ve C, genotipler ise AA, AC ve CC olarak sınıflandırılmıştır.

Genotipleme TaqMan yöntemiyle yapılmıştır. Her 20 µL reaksiyonda 10 µL 2× TaqMan Genotyping Master Mix, 0,5 µL 20× assay working solution, 6,5 µL nükleazsız su ve 3 µL DNA kullanılmıştır. Termal profil 95 °C'de 10 dakika; ardından 40 döngü boyunca 95 °C'de 15 saniye ve 60 °C'de 1 dakika olarak uygulanmıştır.

AA, AC ve CC genotip dağılımları ne gösterdi?

Bu sonuçlar rs2228145 genotip veya C alleli frekansının obezite ve normal ağırlık grupları arasında anlamlı biçimde farklı olduğunu göstermemiştir.

Hardy–Weinberg dengesi neden kontrol edildi?

Hardy–Weinberg equilibrium (HWE), bir popülasyondaki allel ve genotip frekansları arasındaki beklenen ilişkiyi değerlendiren genetik bir denge modelidir. Çalışmada HWE obezite ve normal ağırlık gruplarında ayrı ayrı ki-kare testiyle değerlendirilmiştir.

Her iki grupta da istatistiksel olarak anlamlı HWE sapması görülmemiştir. Ancak makalenin de belirttiği gibi HWE testi tek başına genotiplemenin teknik doğruluğunu kanıtlamaz.

IL-6 Ölçümündeki 4PL Modeli Neden Kritik?

IL-6 konsantrasyonları doğrudan cihazın verdiği sayılar değildir; 450 nm'de ölçülen optik yoğunluk değerleri altı kalibrasyon standardına uydurulan ağırlıksız dört parametreli lojistik eğriyle konsantrasyona çevrilmiştir ve özellikle düşük konsantrasyon bölgesinde sonuçların seçilen kalibrasyon yöntemine duyarlı olması nedeniyle 4PL dönüşümünün belirsizliği ana sonuçların doğru yorumlanması için kritiktir.

IL-6 için kullanılan standartlar

Dört parametreli lojistik denklem

Formül neyi hesaplar? Bu denklem IL-6 konsantrasyonu ile ELISA optik yoğunluğu arasındaki sigmoidal kalibrasyon ilişkisini tanımlar.

Değişkenler: OD, 450 nm'deki ham absorbans/optik yoğunluk değeridir. C, IL-6 konsantrasyonudur ve ng/L birimindedir. a alt asimptotu, d üst asimptotu, b eğimin biçimini belirleyen parametreyi, k ise orta nokta konsantrasyonunu temsil eder.

Matematiksel rol: C çok düşükken eğri alt asimptota, C yükseldikçe üst asimptota yaklaşır. k ve b, geçiş bölgesinin konumunu ve dikliğini belirler.

Çalışmada örnek OD'sinden konsantrasyona geçmek için denklem tersine çevrilmiştir:

Bu ters denklem, ölçülen bir OD değerinden tahmini IL-6 konsantrasyonu üretir. Kaynak bütün altı standardı ağırlıksız biçimde fit etmiş; standart ve örnekleri aynı assay run içinde ölçmüş; ek bir blank subtraction uygulamamıştır. Replikat düzeyindeki varyanslar mevcut olmadığı için kalibrasyonda ağırlıklandırma yapılamamıştır.

20 ng/L çizgisi neden kantifikasyon sınırı değildir?

Kaynak grafiklerinde 20 ng/L ilk sıfır-dışı standart olarak işaretlenmiştir. Bu değer çalışmada doğrulanmış bir lower limit of quantification (LLOQ) olarak belirlenmemiştir.

4PL hesaplamasında normal ağırlık grubundaki 40 katılımcının 34'ünün tahmini IL-6 değeri 20 ng/L'nin altında kalmıştır. Buna karşılık yalnız altı normal ağırlık örneğinin ham OD değeri 20 ng/L standardının ölçülen OD'si olan 0,276'nın altındadır. Bu iki sayının farklı olmasının nedeni fitted 4PL eğrisinin kalibrasyon noktasından tam olarak geçmek zorunda olmamasıdır.

Alternatif kalibrasyon yöntemleri ne gösterdi?

Alternatif dönüşümlerde de gruplar arasında ayrım görülmektedir; ancak mutlak konsantrasyon tahminleri değişmektedir. Bu analiz ölçüm doğruluğunu kanıtlamaz, yalnız sonuçların kalibrasyon modeline ne ölçüde duyarlı olduğunu gösterir.

sIL-6R için kullanılan dönüşüm

sIL-6R ölçümü Human Soluble Interleukin 6 Receptor ELISA E0226Hu kitiyle yapılmıştır. Kaynak kit için 0,5–150 ng/mL assay aralığı, 0,24 ng/mL duyarlılık ve 0, 5, 10, 20, 40 ve 80 ng/mL çalışma standartlarını bildirir.

Bu üçüncü dereceden denklem OD450 değerini sIL-6R konsantrasyonuna dönüştürmek için kullanılmıştır. Katsayılar bu kalibrasyon ilişkisinin ampirik katsayılarıdır; çalışma bu denklemi yeni biyolojik mekanizma olarak değerlendirmemektedir.

Obezite ve normal ağırlık gruplarında biyobelirteç sonuçları

IL-6 için ham Welch p değeri 1,57 × 10⁻²², sIL-6R için 0,002399'dur. Benjamini–Hochberg düzeltmesinden sonra her iki karşılaştırma da kaynakta istatistiksel olarak anlamlı kalmıştır.

Hedges g neyi anlatıyor?

Hedges g, iki grubun ortalamaları arasındaki farkı ortak değişkenlik ölçeğinde standartlaştıran ve örneklem büyüklüğü için düzeltme içeren bir etki büyüklüğüdür. Burada IL-6 için g = 3,683, sIL-6R için g = 0,695 raporlanmıştır. Bu değerler p değerinden farklı bir soruyu yanıtlar: p değeri gözlenen farkın istatistiksel uyumluluğunu, Hedges g ise farkın standartlaştırılmış büyüklüğünü ifade eder.

Genotip ile biyobelirteç düzeyleri arasında ne bulundu?

IL-6 için bütün genotipleri birlikte karşılaştıran Kruskal–Wallis testi p = 0,051 ile 0,05 düzeyinde anlamlı değildir. Buna karşılık BMI grubu ile C alleli dozunu aynı log-lineer modele alan analiz pozitif ilişki bulmuştur. Bu iki test farklı soruları ve farklı model varsayımlarını değerlendirdiği için sonuçların “biri diğerini geçersiz kılıyor” biçiminde yorumlanması doğru değildir.

Kaynakta genotip–biyobelirteç analizleri keşifsel olarak tanımlanmıştır. Bu p değerleri çoklu karşılaştırma için düzeltilmemiştir ve log-lineer model BMI grubu dışında ek klinik kovaryat içermemektedir.

Benjamini–Hochberg düzeltmesi neden kullanıldı?

Bir araştırmada çok sayıda hipotez testi yapıldığında yalnız tesadüf nedeniyle düşük p değerleri görülme olasılığı artar. Benjamini–Hochberg yaklaşımı, çoklu testler içinde yanlış keşif oranını kontrol etmeyi amaçlayan bir düzeltmedir.

Kaynak bu düzeltmeyi 14 önceden tanımlanmış teste uygulamıştır: dört BMI grup karşılaştırması, genotip ve allel dağılım testleri, üç UPEC durum karşılaştırması, yaş–epizot korelasyonu ve WGS seçimine ilişkin dört karşılaştırma. HWE, pairwise Fisher ve genotip–biyobelirteç analizleri ise keşifsel bırakılmış ve bu 14 testlik düzeltme ailesine dahil edilmemiştir.

UPEC kültür sonuçları

UPEC-pozitif grubun yaş dağılımı daha genç bulunmuştur. UPEC-pozitif katılımcıların yaşı 37,16 ± 11,70 yıl iken diğer organizma veya anlamlı üreme olmayan grubun medyan yaşı 46,00 [35,50–58,50] yıldır. Yaş karşılaştırmasında ham p = 0,004, Benjamini–Hochberg düzeltilmiş p = 0,013 ve Cliff delta = −0,379 raporlanmıştır.

Cinsiyet dağılımı ve bildirilen tekrarlayan İYE epizot sayısı bakımından kaynakta çoklu test sonrası anlamlı fark bulunmamıştır. Epizot sayısı için düzeltilmiş p = 0,734; cinsiyet dağılımı için 0,839'dur.

fimH ve papG neyi ifade ediyor?

fimH ve papG, UPEC'nin adezyonla ilişkili yapılarını karakterize etmek amacıyla hedeflenen genlerdir. Çalışmada bu DNA hedeflerinin qPCR ile saptanması, ilgili hedef dizinin örnekte amplifiye edildiğini gösterir.

Bunun önemli sınırı şudur: bir gen dizisinin saptanması, ilgili adezin proteininin gerçekten ifade edildiğini veya bakterinin belirli bir adezyon fonksiyonunu gerçekleştirdiğini doğrudan kanıtlamaz.

Toplam olarak fimH 33/37, papG 18/37 UPEC örneğinde qPCR ile saptanmıştır.

qPCR'deki Ct değeri ne anlama geliyor?

Ct, gerçek zamanlı PCR'da floresans sinyalinin tanımlanan eşiği geçtiği döngü sayısını ifade eder. Aynı assay koşulları ve aynı hedef içinde Ct değerleri amplifikasyon sinyalinin ne kadar erken ortaya çıktığını tanımlamak için kullanılabilir.

Ancak bu çalışma 16S, fimH ve papG Ct değerlerini gen ekspresyonuna, mutlak gen kopya sayısına veya bakteriyel yüke çevirmemiştir. Farklı hedeflerin Ct değerleri arasında görülen farklar da bakteriyel yük veya ekspresyon farkı olarak yorumlanmamıştır. Ayrıca “ND”, qPCR'da amplifikasyon saptanmadığını belirtir; biyolojik olarak genin kesinlikle bulunmadığını kanıtlamaz.

qPCR ile WGS'deki papG Sonuçları Neden Aynı Değildi?

İki seçilmiş UPEC örneği qPCR'da hem fimH hem papG açısından pozitifken WGS tabanlı homolog taraması fimH'yi iki genomda, papG'yi yalnız UPEC2'de eşik üstü eşleşme olarak saptamıştır; kaynak bu UPEC1 uyumsuzluğunu çözülmüş bir hata olarak yorumlamaz ve assay özgüllüğü, dizi varyasyonu, karışık template veya assembly sınırlılığını yalnız olası açıklamalar olarak sayar.

“No qualifying hit” neden “gen yok” demek değildir?

WGS virülans taramasında ABRicate eşleşmesinin nitelikli kabul edilmesi için en az %80 nükleotid kimliği ve en az %80 referans kapsaması gerekmiştir. Bu eşiklerin altında kalan sonuç “no qualifying hit” olarak sınıflandırılmıştır.

Bu ifade belirli tarama kriterinin karşılanmadığını gösterir. Genin biyolojik olarak kesin biçimde bulunmadığı anlamına gelmez. Kaynak Şekil 8'deki gri “NH” hücreleri de sıfır yüzde kimlik olarak değil, nitelikli eşleşme bulunmayan tarama kategorisi olarak tanımlar.

Çalışmanın Yöntemi ve Bulguları

Çalışma tasarımının bütünleşik yapısı

Kan örneklerinin işlenmesi

Her katılımcıdan aseptik periferik venöz kan alınmıştır. 200 µL tam kan EDTA içeren tüpe ayrılarak genomik DNA ekstraksiyonu ve IL6R rs2228145 genotiplemesi için kullanılmıştır. Kalan kan santrifüj edilmiş, ayrılan plazma etiketli mikrotüplere alınmış ve IL-6 ile sIL-6R ölçümüne kadar dondurulmuş koşullarda saklanmıştır.

İdrar kültürü

Aynı ziyaret sırasında steril ve etiketli geniş ağızlı kaplara idrar örnekleri alınmıştır. Örnekler Al-Arabi Hospital mikrobiyoloji laboratuvarına hızlı biçimde taşınmış, uygun bakteriyolojik besiyerlerine ekilmiş ve 37 °C'de aerobik koşullarda 18–24 saat inkübe edilmiştir. Büyüyen organizmalar standart mikrobiyolojik ve biyokimyasal yöntemlerle tanımlanmıştır.

Bakteriyel qPCR yöntemi

Bakteriyel genomik DNA, ZymoBIOMICS DNA Miniprep Kit ile ekstrakte edilmiştir. ZR BashingBead lizis tüpleriyle mekanik parçalama yapılmış; ardından kolon tabanlı DNA saflaştırma ve inhibitör uzaklaştırma uygulanmıştır.

DNA konsantrasyonu Qubit dsDNA HS Assay Kit, saflık ise Nabi spektrofotometresiyle değerlendirilmiştir.

16S rRNA, fimH ve papG için gerçek zamanlı PCR kullanılmıştır. Her 20 µL reaksiyon 10 µL KAPA SYBR Green FAST qPCR Universal mix, 0,4 µL forward primer, 0,4 µL reverse primer, 3 µL ekstrakte DNA ve 6,2 µL nükleazsız sudan oluşmuştur.

Yeniden üretilebilirlik notu: Kaynak bakteriyel qPCR reaksiyon karışımını ve primer kaynaklarını bildirmektedir; ancak ana metinde bu qPCR için ayrı termal cycling profili verilmemektedir. Verianla eksik termal profili tahmin ederek tamamlamamaktadır.

WGS laboratuvar ve biyoinformatik hattı

İki seçilmiş UPEC izolatının kütüphaneleri MGIEasy Fast FS Library Prep Set V2.0 ile hazırlanmıştır. DNA enzimatik olarak parçalanmış, end-repair ve A-tailing uygulanmış, dual-barcode adaptörleri bağlanmış ve PCR enrichment yapılmıştır.

Fragment boyutu Qsep1 fragment analyzer ile, kütüphane konsantrasyonu Qubit dsDNA HS ile değerlendirilmiştir. Havuzlanan kütüphanelerden DNBSEQ OneStep DNB Make Reagent Kit kullanılarak dairesel tek zincirli DNA template'leri ve DNA nanoball'lar oluşturulmuştur.

Dizileme DNBSEQ-G99 platformunda G99 FCL PE150 reagent set ile yapılmış ve paired-end 150 bp okumalar üretilmiştir.

İki seçilmiş genomun sonuçları

Bu tablo yalnız iki genomu tanımlar. UPEC1 ve UPEC2'de saptanan virülans genleri bütün 37 UPEC örneğinde bu genlerin prevalansını göstermez ve genlerin ifade edildiğini veya işlevsel olarak aktif olduğunu kanıtlamaz.

Seçilmiş iki WGS örneği diğer UPEC örneklerini temsil ediyor mu?

Hayır. İki WGS izolatının ikisi de qPCR'da fimH+/papG+ iken diğer 35 UPEC örneğinin 13'ü çift pozitiftir. Fisher exact testinde ham p = 0,158 ve düzeltilmiş p = 0,441 bulunmuştur. İki örnekten oluşan WGS alt kümesi bütün UPEC grubunun temsil ediciliğini kanıtlayamaz.

Kaynak bu Ct karşılaştırmalarını mutlak bakteriyel yük karşılaştırması olarak yorumlamamaktadır.

İstatistiksel analiz nasıl yapıldı?

Revize makalenin istatistikleri Python 3.12.14 ile yeniden üretilmiştir. pandas 2.2.3, NumPy 2.3.5, SciPy 1.18.1 ve statsmodels 0.15.0 kullanılmış; şekiller Matplotlib 3.10.9 ve 3.11.2 ile hazırlanmıştır.

Sürekli değişkenler mean ± SD veya median [IQR], kategorik değişkenler sayı ve yüzde olarak özetlenmiştir. Biyobelirteç analizlerinin tümü 80 katılımcıyı içerirken diğer analizlerde mevcut gözlemler kullanılmış ve eksik değer imputasyonu yapılmamıştır.

• Dağılım ve varyans değerlendirmesi: Shapiro–Wilk ve Brown–Forsythe/Levene.
• Sürekli değişken karşılaştırması: Welch t-testi veya Mann–Whitney U.
• Kategorik karşılaştırmalar: ki-kare veya Fisher exact.
• Genotiplere göre biyobelirteç: Kruskal–Wallis.
• Hardy–Weinberg dengesi: her BMI grubunda 1 serbestlik dereceli ki-kare.
• Etki büyüklükleri: Hedges g, Cliff delta, odds ratio veya Cramer V.
• Korelasyon: Spearman rho.
• Çoklu test kontrolü: önceden belirtilmiş 14 test için Benjamini–Hochberg.
• Genotip–biyobelirteç modeli: log-dönüştürülmüş konsantrasyon üzerinde BMI grubu ve C alleli dozunu içeren ordinary least squares model.

Log-lineer genotip modellerinde katsayılar üstel forma dönüştürülmüş ve her ek C alleli başına fold-change olarak raporlanmıştır. Bu modeller ek klinik kovaryat içermemiştir.

IL-6 güven aralıkları ve p değerleri kalibrasyon eğrisindeki belirsizliği ayrıca modele dahil etmemiştir. Bu ayrıntı, özellikle düşük IL-6 bölgesindeki ölçüm yorumunda önemlidir.

Çalışmanın desteklediği ve desteklemediği sonuçlar

Çalışmanın güçlü yönleri

• Aynı 80 katılımcıda konak ve mikrobiyolojik ölçümlerin birlikte yapılması.
• IL-6 ve sIL-6R'nin yanında IL6R rs2228145 genotiplemesinin değerlendirilmesi.
• Kültür bulgularının hedefli qPCR ile desteklenmesi.
• Seçilmiş izolatlarda WGS ile soy ve virülans profillemesi yapılması.
• WGS eşleşmeleri için açık ≥%80 kimlik ve ≥%80 kapsama eşiği belirtilmesi.
• 14 testlik çoklu karşılaştırma ailesi için Benjamini–Hochberg düzeltmesi kullanılması.
• IL-6 için alternatif kalibrasyon yaklaşımlarının duyarlılık analizi olarak gösterilmesi.
• Yazarların Ct, WGS hit ve keşifsel genotip ilişkileri için yorum sınırlarını açık biçimde belirtmesi.

Çalışmanın temel sınırlılıkları

• Kesitsel tasarım nedensellik ve zamansal sıra kuramaz.
• Önceki İYE epizotlarının tarih ve tanısal kayıtları bulunmadığı için standart rekürrens tanımı doğrulanamamıştır.
• IL-6'nın düşük konsantrasyon bölgesindeki mutlak doğruluğu belirsizdir.
• IL-6 güven aralıkları ve p değerleri kalibrasyon belirsizliğini içermemektedir.
• 4PL fitinde replikat düzeyi varyans bulunmadığı için ağırlıklandırma yapılmamıştır.
• Genotip–biyobelirteç analizleri keşifseldir ve çoklu karşılaştırma düzeltmesi uygulanmamıştır.
• Log-lineer genotip modelleri BMI grubu dışında ek klinik kovaryatlar içermemektedir.
• Reseptör fonksiyonu ölçülmemiştir.
• qPCR hedef DNA saptamasıdır; adezin fonksiyonunu veya gen ekspresyonunu ölçmez.
• WGS yalnız iki seçilmiş UPEC izolatında yapılmıştır.
• İki genom tüm UPEC örneklerini temsil edemez.
• qPCR ve WGS arasındaki UPEC1 papG uyumsuzluğu çözülememiştir.
• “No qualifying hit” biyolojik gen yokluğu anlamına gelmez.
• WGS ile gen varlığı, gen ekspresyonu veya işlevsel virülans gösterilmemiştir.
• İki genomun ham SRA accession numaraları yayın tarihinde henüz kamuya açık değildir.

Çalışmanın temel bilimsel mesajı

Bu araştırmanın ana sonucu “obezite UPEC kaynaklı tekrarlayan İYE'ye neden olur” değildir. Araştırma, tekrarlayan İYE öyküsü bildiren bu 80 kişilik örneklemde obezite grubunun daha yüksek IL-6 tahminleri ve sIL-6R konsantrasyonlarına sahip olduğunu; IL6R rs2228145 genotip dağılımının BMI grupları arasında anlamlı farklılık göstermediğini; C alleli dozu ile özellikle sIL-6R arasında keşifsel bir ilişki bulunduğunu ve idrar kültürü/qPCR/WGS analizlerinin UPEC grubunda çeşitli adezin ve virülans özellikleri tanımladığını göstermektedir.

Konak inflamasyonu, genetik varyasyon ve bakteriyel özelliklerin aynı araştırmada birlikte ölçülmüş olması bilimsel olarak değerlidir; ancak mevcut tasarım bunların tek bir nedensel mekanizma üzerinde birbirine bağlandığını göstermez.

Kaynak ve Yöntem Notu

Özgün başlık: Integrated Host IL-6 Axis, IL6R rs2228145, and Uropathogenic Escherichia coli Virulence Profiling in Obesity and Recurrent Urinary Tract Infection

Yazarlar: Zahra K. Saeed; Hibbat Al-Rahman R. Rickad; Basil A. Abbas.

Sorumlu yazar: Basil A. Abbas.

Eş katkı: Kaynakta eş birinci yazarlık veya eş katkı beyanı belirtilmemiştir.

Kurum 1: College of Dentistry, University of Basrah, Basrah 61001, Iraq.

Kurum 2: College of Medical and Health Technology, Al-Kunooze University, Basrah 61001, Iraq.

Dergi: Acta Microbiologica Hellenica.

Yayınevi: MDPI, Hellenic Society for Microbiology adına.

Kaynak türü: Article; kesitsel gözlemsel insan çalışması.

Bibliyografik kayıt: Acta Microbiologica Hellenica, 2026, cilt 71, makale 45.

DOI: 10.3390/amh71040045

Yayın zaman çizelgesi: Received: 14 Eylül 2026; Revised: 16 Ekim 2026; Accepted: 22 Ekim 2026; Published: 27 Ekim 2026.

Hakemlik durumu: Yayımlanmış araştırma makalesidir; Acta Microbiologica Hellenica uluslararası hakemli açık erişimli bir tıbbi mikrobiyoloji dergisidir.

Lisans: Creative Commons Attribution (CC BY).

Preprint durumu: İncelenen kaynak yayımlanmış dergi sürümüdür; kaynakta ayrı bir preprint kimliği belirtilmemiştir.

Çalışma yeri ve zamanı: Irak'taki birden fazla hastane; Aralık 2025–Şubat 2026.

Örneklem: 19–66 yaş arasında 80 katılımcı; 66 kadın ve 14 erkek. Obezite n = 40, normal ağırlık n = 40.

BMI tanımları: Obezite BMI ≥ 30 kg/m²; normal ağırlık BMI 18,5–24,9 kg/m².

İYE öyküsü sınırı: İki ila altı epizot bildirilmiştir; epizot tarihleri ve tanısal dokümantasyon mevcut olmadığından standart rekürrens tanımı doğrulanamamıştır.

Konak ölçümleri: IL-6 ELISA, sIL-6R ELISA, IL6R rs2228145 TaqMan genotipleme.

Mikrobiyolojik ölçümler: İdrar kültürü, 16S rRNA/fimH/papG hedefli qPCR ve iki seçilmiş UPEC izolatında WGS.

IL-6 yöntemi: Human IL-6 kit E0090Hu; 450 nm; altı standarda ağırlıksız 4PL fit; konsantrasyon ters eğriyle hesaplanmıştır.

IL-6 ölçüm sınırı: 20 ng/L ilk sıfır-dışı standarttır; doğrulanmış LLOQ değildir. Düşük aralıktaki doğruluk belirsizdir.

sIL-6R yöntemi: Human Soluble Interleukin 6 Receptor kit E0226Hu; kaynakta assay aralığı 0,5–150 ng/mL ve duyarlılık 0,24 ng/mL olarak verilmiştir.

Bakteriyel qPCR yeniden üretilebilirlik sınırı: Reaksiyon karışımı bildirilmiştir; ana metin ayrı termal cycling profilini raporlamamaktadır.

WGS platformu: DNBSEQ-G99; paired-end 150 bp.

WGS kalite/tarama yazılımları: FastQC v0.12.1, MultiQC v1.33, fastp v1.1.0, SPAdes v4.2.0, mlst v2.19.0, ABRicate v1.2.0, minimap2 v2.30-r1287 ve samtools v1.20.

WGS hit eşiği: ≥%80 nükleotid kimliği ve ≥%80 referans kapsaması.

İstatistik yazılımı: Python 3.12.14; pandas 2.2.3; NumPy 2.3.5; SciPy 1.18.1; statsmodels 0.15.0; Matplotlib 3.10.9/3.11.2.

Çoklu test düzeltmesi: Önceden belirtilmiş 14 test için Benjamini–Hochberg.

Keşifsel analizler: HWE, pairwise Fisher ve genotip–biyobelirteç analizleri kaynakta keşifsel ve çoklu karşılaştırma için düzeltilmemiştir.

Ana biyobelirteç sonucu: Obezite grubunda IL-6 28,04 ± 3,37 ng/L, normal ağırlıkta 18,43 ± 1,41 ng/L; sIL-6R 39,87 ± 9,15'e karşı 33,69 ± 8,44 ng/mL.

Ana genetik sonucu: IL6R rs2228145 genotip frekansları BMI grupları arasında anlamlı farklılık göstermemiştir.

Keşifsel allel sonucu: BMI ayarlı modelde her ek C alleli başına fold-change IL-6 için 1,06 ve sIL-6R için 1,34'tür.

Kültür sonucu: UPEC 37/80; anlamlı üreme yok 20/80; K. pneumoniae 10/80; P. mirabilis 6/80; E. faecalis 4/80; S. saprophyticus 3/80.

qPCR sonucu: UPEC örneklerinde fimH 33/37, papG 18/37.

WGS sonucu: UPEC1 ST127/O6:H31; UPEC2 ST131/O25:H4.

qPCR–WGS uyumsuzluğu: Her iki seçilmiş örnek papG qPCR-pozitifken papG için nitelikli WGS eşleşmesi yalnız UPEC2'de bulunmuştur; neden kesin olarak belirlenmemiştir.

Etik kurul: University of Basrah Review Board Ethics Committee; UOB-ETH-2025-13; Kasım 2025.

Bilgilendirilmiş onam: Bütün bireysel katılımcılardan alınmış ve örnek toplanmadan önce yazılı dokümantasyon arşivlenmiştir.

Finansman: Dış finansman alınmamıştır.

Çıkar çatışması: Yazarlar çıkar çatışması bildirmemiştir.

Veri erişilebilirliği: Makalenin özgün katkıları makale içinde sunulmuştur. İki seçilmiş izolatın ham paired-end okumalarının NCBI SRA'ya yatırılması planlanmıştır; makale yayımlandığında BioProject, BioSample ve SRA run accession numaraları henüz mevcut değildir.

Yazar katkıları: Conceptualization, methodology, investigation, data curation, formal analysis, visualization, writing—original draft, writing—review and editing, supervision ve project administration Zahra K. Saeed ile Hibbat Al-Rahman R. Rickad tarafından bildirilmiştir. Basil A. Abbas'ın kaynakta belirtilen katkısı dergiyle correspondence'tır.

Ana yorum sınırı: Bulgular obezite grubunda daha yüksek IL-6 tahminleri ve sIL-6R konsantrasyonları ile iki UPEC genomunun ayrıntılı karakterizasyonunu göstermektedir; ancak obezite, konak inflamasyonu, UPEC virülansı ve tekrarlayan İYE arasında nedensel mekanizma kanıtlamamaktadır.