Uropatogen Escherichia coli (uropathogenic Escherichia coli, UPEC) siydik yoʻllari infeksiyalari bilan bogʻliq E. coli shtammlarini ifodalovchi bakterial guruhdir. Ushbu ko‘ndalang kesimli tadqiqot takrorlanuvchi siydik yoʻllari infeksiyasi tarixi haqida xabar bergan 80 ishtirokchida semizlik bilan bogʻliq xoʻjayin yalligʻlanishini, IL6R rs2228145 genetik variatsiyasini va siydikdagi bakterial xususiyatlarni bir xil tadqiqot doirasida baholagan. Qirq ishtirokchi semizlik guruhida, 40 ishtirokchi esa normal vazn taqqoslash guruhida bo‘lgan. Qon namunalarida IL-6 va eruvchan IL-6 retseptori (sIL-6R) ELISA bilan oʻlchangan, IL6R rs2228145 TaqMan genotiplash orqali aniqlangan; siydik namunalarida kultura hamda 16S rRNA, fimH va papG nishonli qPCR bajarilgan, tanlangan ikki UPEC izolatida butun genom sekvenslash oʻtkazilgan.
Semizlik guruhida 4PL kalibrlash orqali baholangan oʻrtacha IL-6 darajasi 28,04 ± 3,37 ng/L bo‘lgan, normal vazn guruhida esa 18,43 ± 1,41 ng/L topilgan. Oʻrtacha farq 9,61 ng/L bo‘lib, %95 ishonch oraligʻi 8,45–10,77 ng/L deb hisoblangan. sIL-6R darajalari ham semizlik guruhida yuqoriroq bo‘lgan: 39,87 ± 9,15 ng/mL ga qarshi 33,69 ± 8,44 ng/mL. Biroq IL6R rs2228145 uchun AA, AC va CC genotiplarining taqsimoti ikki BMI guruhi oʻrtasida sezilarli farq ko‘rsatmagan.
Genotip–biomarker munosabatlari eksplorativ tahlillardir. BMI guruhi modelga kiritilganda har bir qoʻshimcha C alleli uchun baholangan IL-6 darajasida 1,06 baravar va sIL-6R darajasida 1,34 baravar oʻzgarish xabar qilingan. Bu qiymatlar mos ravishda taxminan %6 va %34 ko‘paytma o‘sishga toʻgʻri keladi; biroq tegishli modellar qoʻshimcha klinik kovariatlarni o‘z ichiga olmagan va ushbu eksplorativ p qiymatlari ko‘p martalik taqqoslash uchun tuzatilmagan. Natijalar genetik variant biomarker darajalariga sabab bo‘lishini o‘z-o‘zicha isbotlamaydi.
Siydik kulturalarida 37/80 namuna UPEC sifatida tasniflangan. Boshqa kultura natijalari 10 Klebsiella pneumoniae, 6 Proteus mirabilis, 4 Enterococcus faecalis, 3 Staphylococcus saprophyticus va ahamiyatli bakterial oʻsish bo‘lmagan 20 namunadan iborat. UPEC-musbat 37 namunada fimH 33/37, papG 18/37 nisbatda qPCR orqali aniqlangan.
Butun genom sekvenslash faqat tanlangan ikki UPEC izolatida oʻtkazilgan. UPEC1 ST127/O6:H31, UPEC2 esa ST131/O25:H4 deb aniqlangan. Har ikkala genomda fimH uchun mezonlarga javob beruvchi WGS mosligi topilgan bo‘lsa, papG faqat UPEC2 da WGS chegaralariga javob bergan. Biroq tanlangan har ikki namuna qPCR da papG-musbat bo‘lganligi sababli qPCR va WGS oʻrtasida UPEC1 bo‘yicha hal etilmagan nomuvofiqlik mavjud.
Tadqiqotning asosiy talqin chegarasi muhim: bir xil ishtirokchilarda yalligʻlanish biomarkerlari, genotip va bakterial xususiyatlarning birgalikda oʻlchanishi ushbu omillar oʻrtasida toʻgʻridan-toʻgʻri sababiy xoʻjayin–patogen mexanizmini isbotlamaydi. Bundan tashqari, “takrorlanuvchi SYI” tarixi xabar qilingan bo‘lsa-da, avvalgi infeksiyalarning sanalari va diagnostik hujjatlari mavjud bo‘lmagani uchun tadqiqotchilar ushbu tarix maʼlum bir standart takrorlanish taʼrifiga mos kelish-kelmasligini tasdiqlay olmagan.
Tadqiqot o‘rgangan asosiy muammo nima?
Semizlik past darajali tizimli yalligʻlanish bilan bogʻliq metabolik holatdir. IL-6 kabi sitokinlarning qon aylanishidagi darajalari ushbu yalligʻlanish muhitidan taʼsirlanishi mumkin. Boshqa tomondan, siydik yoʻllari infeksiyalarida UPEC adgeziya, temirni egallash, immun tizimidan qochish, toksin ishlab chiqarish, hujayra ichida yashash va biofilm hosil qilish kabi turli xususiyatlar orqali siydik tizimida infeksiyani yuzaga keltirishi yoki davom ettirishi mumkin.
Ushbu tadqiqot bir xil namunada ikki xil biologik qatlamni yonma-yon qo‘yadi: bir tomonda inson xoʻjayinining IL-6/sIL-6R yalligʻlanish oʻqi va IL6R rs2228145 genotipi, ikkinchi tomonda esa siydikdagi bakteriyalarning kultura, adgezin geni qPCR i va tanlangan genomlarning WGS profili mavjud.
Ushbu integratsiyalashgan yondashuvning maqsadi bu qatlamlardan birortasi boshqasining sababi ekanini ko‘rsatish emas; semizlik va xabar qilingan takrorlanuvchi SYI kontekstida ular birgalikda qanday taqsimlanganini tavsiflashdir.
Ushbu Tadqiqot Semizlik bilan Takrorlanuvchi Siydik Yoʻllari Infeksiyasi Oʻrtasida Sababiy Bogʻlanish Oʻrnatadimi?
Yoʻq. Tadqiqot ko‘ndalang kesimli bo‘lgani, avvalgi SYI epizodlarining sanalari va diagnostik yozuvlari tasdiqlanmagani hamda yalligʻlanish, genotip va bakterial xususiyatlar bir xil vaqt doirasida kuzatuv asosida oʻlchangani sababli semizlik IL-6 orqali UPEC virulentligiga yoki takrorlanuvchi SYI ga sabab bo‘lishini ko‘rsatmaydi; mualliflar xulosa bo‘limida ham ushbu maʼlumotlar semizlik, xoʻjayin yalligʻlanishi va takrorlanuvchi SYI o‘rtasida sababiy bogʻlanish o‘rnatmasligini aniq taʼkidlaydi.
Ishtirokchi guruhlari qanday tuzildi?
Jami 80 ishtirokchi 19–66 yosh oraligʻida; 66 nafari ayol, 14 nafari erkak. Semizlik guruhi BMI ≥ 30 kg/m² bo‘lgan 40 kishidan, normal vazn guruhi esa BMI 18,5–24,9 kg/m² bo‘lgan 40 kishidan iborat.
Qayd etilgan SYI tarixi ikki dan olti epizodgacha o‘zgargan. Biroq tadqiqot ushbu epizodlar qaysi vaqt oraligʻida yuz berganini aniqlay olmaydi. Epizod sanalari va diagnostik hujjatlar mavjud bo‘lmagani uchun “rekurrent SYI” tarixi muayyan klinik takrorlanish taʼrifiga mos kelgani tasdiqlanmagan.
IL-6 va sIL-6R nimani anglatadi?
Interleykin-6 (IL-6) yalligʻlanish va immun javoblar bilan bogʻliq sitokindir. Eruvchan IL-6 retseptori (soluble IL-6 receptor, sIL-6R) IL-6 ning membranaga bogʻlangan retseptordan tashqari trans-signalizatsiya yo‘lida rol o‘ynashi mumkin bo‘lgan aylanib yuruvchi retseptor shaklidir.
Tadqiqot ushbu oʻqni semizlik bilan bogʻliq yalligʻlanish muhitini miqdoriy tavsiflash maqsadida oʻlchagan. Shunga qaramay, IL-6 yoki sIL-6R ning yuqori bo‘lishi o‘z-o‘zicha siydik yoʻllari infeksiyasining sababi, ogʻirligi yoki takrorlanish mexanizmi sifatida talqin qilinmaydi.
IL6R rs2228145 nima?
IL6R rs2228145 IL-6 retseptorini kodlaydigan IL6R geni ichidagi genetik variantdir. Tadqiqotda allellar A va C, genotiplar esa AA, AC va CC deb tasniflangan.
Genotiplash TaqMan usuli bilan bajarilgan. Har bir 20 µL reaksiyada 10 µL 2× TaqMan Genotyping Master Mix, 0,5 µL 20× assay working solution, 6,5 µL nukleazasiz suv va 3 µL DNA ishlatilgan. Termal profil 95 °C da 10 daqiqa; so‘ng 40 sikl davomida 95 °C da 15 soniya va 60 °C da 1 daqiqa qilib qoʻllangan.
AA, AC va CC genotip taqsimotlari nimani ko‘rsatdi?
| Genotip / allel | Semizlik guruhi | Normal vazn guruhi | Odds ratio (%95 IO) | p qiymati |
|---|---|---|---|---|
| AA | 15 (%37,5) | 16 (%40,0) | Referens | Referens |
| AC | 16 (%40,0) | 18 (%45,0) | 0,95 (0,36–2,51) | 1,000 |
| CC | 9 (%22,5) | 6 (%15,0) | 1,60 (0,46–5,59) | 0,539 |
| C alleli | 34/80 (%42,5) | 30/80 (%37,5) | 1,23 (0,65–2,32) | 0,628 |
Ushbu natijalar rs2228145 genotipi yoki C alleli chastotasi semizlik va normal vazn guruhlari o‘rtasida sezilarli farq qilganini ko‘rsatmagan.
Hardy–Weinberg muvozanati nima uchun tekshirildi?
Hardy–Weinberg equilibrium (HWE) populyatsiyadagi allel va genotip chastotalari o‘rtasidagi kutiladigan munosabatni baholaydigan genetik muvozanat modelidir. Tadqiqotda HWE semizlik va normal vazn guruhlarida alohida chi-kvadrat testi bilan baholangan.
| Guruh | AA kuzatilgan / kutilgan | AC kuzatilgan / kutilgan | CC kuzatilgan / kutilgan | χ² | p |
|---|---|---|---|---|---|
| Semizlik | 15 / 13,2 | 16 / 19,6 | 9 / 7,2 | 1,319 | 0,251 |
| Normal vazn | 16 / 15,6 | 18 / 18,8 | 6 / 5,6 | 0,064 | 0,800 |
Har ikki guruhda statistik jihatdan ahamiyatli HWE ogʻishi kuzatilmagan. Biroq maqolada ham qayd etilganidek, HWE testi o‘z-o‘zicha genotiplashning texnik toʻgʻriligini isbotlamaydi.
IL-6 Oʻlchovidagi 4PL Modeli Nima Uchun Muhim?
IL-6 konsentratsiyalari qurilma bevosita bergan raqamlar emas; 450 nm da oʻlchangan optik zichlik qiymatlari oltita kalibrlash standartiga moslashtirilgan vaznsiz toʻrt parametrli logistik egri yordamida konsentratsiyaga aylantirilgan va ayniqsa past konsentratsiya sohasida natijalar tanlangan kalibrlash usuliga sezgir bo‘lgani sababli 4PL oʻzgartirishidagi noaniqlik asosiy natijalarni toʻgʻri talqin qilish uchun muhimdir.
IL-6 uchun ishlatilgan standartlar
| IL-6 standarti (ng/L) | Oʻrtacha xom OD450 |
|---|---|
| 0 | 0,185 |
| 20 | 0,276 |
| 40 | 0,512 |
| 80 | 0,918 |
| 160 | 1,537 |
| 320 | 2,169 |
Toʻrt parametrli logistik tenglama
Formula nimani hisoblaydi? Ushbu tenglama IL-6 konsentratsiyasi bilan ELISA optik zichligi o‘rtasidagi sigmoidal kalibrlash munosabatini ifodalaydi.
Oʻzgaruvchilar: OD 450 nm dagi xom absorbans/optik zichlik qiymatidir. C IL-6 konsentratsiyasi bo‘lib, ng/L birlikda ifodalanadi. a quyi asimptotani, d yuqori asimptotani, b egri shaklini belgilovchi parametrni, k esa oʻrta nuqta konsentratsiyasini anglatadi.
Matematik roli: C juda past bo‘lganda egri quyi asimptotaga, C oshgani sari yuqori asimptotaga yaqinlashadi. k va b o‘tish sohasining joylashuvi va tikligini belgilaydi.
Tadqiqotda namuna OD sidan konsentratsiyaga o‘tish uchun tenglama teskari aylantirilgan:
Ushbu teskari tenglama oʻlchangan OD qiymatidan taxminiy IL-6 konsentratsiyasini hosil qiladi. Manba barcha oltita standartni vaznsiz tarzda fit qilgan; standartlar va namunalarni bir xil assay run ichida oʻlchagan; qoʻshimcha blank subtraction qoʻllamagan. Replikat darajasidagi dispersiyalar mavjud bo‘lmagani uchun kalibrlashda vaznlash bajarilmagan.
20 ng/L chizigʻi nima uchun kvantifikatsiya chegarasi emas?
Manba grafiklarida 20 ng/L birinchi nol bo‘lmagan standart sifatida belgilangan. Ushbu qiymat tadqiqotda tasdiqlangan lower limit of quantification (LLOQ) sifatida belgilanmagan.
4PL hisobida normal vazn guruhidagi 40 ishtirokchining 34 tasida taxminiy IL-6 qiymati 20 ng/L dan past bo‘lgan. Bunga qarshi, faqat oltita normal vazn namunasining xom OD qiymati 20 ng/L standartining oʻlchangan OD si bo‘lgan 0,276 dan past. Bu ikki sonning farq qilishi fitted 4PL egri kalibrlash nuqtasidan aynan o‘tishi shart emasligi bilan izohlanadi.
Muqobil kalibrlash usullari nimani ko‘rsatdi?
| Kalibrlash usuli | Semizlik guruhi oʻrtachasi (ng/L) | Normal vazn guruhi oʻrtachasi (ng/L) |
|---|---|---|
| 4PL | 28,04 | 18,43 |
| Teskari kubik | 27,01 | 16,56 |
| Mahalliy chiziqli interpolatsiya | 28,63 | 20,87 |
Muqobil oʻzgartirishlarda ham guruhlar o‘rtasida farq kuzatiladi; biroq mutlaq konsentratsiya baholari oʻzgaradi. Ushbu tahlil oʻlchov aniqligini isbotlamaydi, faqat natijalar kalibrlash modeliga qay darajada sezgirligini ko‘rsatadi.
sIL-6R uchun ishlatilgan oʻzgartirish
sIL-6R oʻlchovi Human Soluble Interleukin 6 Receptor ELISA E0226Hu toʻplami bilan bajarilgan. Manba toʻplam uchun 0,5–150 ng/mL assay oraligʻi, 0,24 ng/mL sezgirlik va 0, 5, 10, 20, 40 hamda 80 ng/mL ish standartlarini bildiradi.
Ushbu uchinchi darajali tenglama OD450 qiymatini sIL-6R konsentratsiyasiga aylantirish uchun ishlatilgan. Koeffitsiyentlar ushbu kalibrlash munosabatining empirik koeffitsiyentlaridir; tadqiqot bu tenglamani yangi biologik mexanizm sifatida talqin qilmaydi.
Semizlik va normal vazn guruhlaridagi biomarker natijalari
| Biomarker | Semizlik | Normal vazn | Oʻrtacha farq (%95 IO) | Taʼsir kattaligi | Koʻp testdan keyingi p |
|---|---|---|---|---|---|
| IL-6, 4PL bahosi | 28,04 ± 3,37 ng/L; median 28,42 | 18,43 ± 1,41 ng/L; median 18,44 | 9,61 ng/L (8,45–10,77) | Hedges g = 3,683 | 2,20 × 10−21 |
| sIL-6R | 39,87 ± 9,15 ng/mL; median 38,02 | 33,69 ± 8,44 ng/mL; median 33,66 | 6,18 ng/mL (2,26–10,10) | Hedges g = 0,695 | 0,011196 |
IL-6 uchun xom Welch p qiymati 1,57 × 10−22, sIL-6R uchun 0,002399. Benjamini–Hochberg tuzatishidan keyin har ikki taqqoslash manbada statistik jihatdan ahamiyatli bo‘lib qolgan.
Hedges g nimani anglatadi?
Hedges g ikki guruh oʻrtachalari farqini umumiy oʻzgaruvchanlik shkalasida standartlashtiradigan va namuna hajmi uchun tuzatishni oʻz ichiga oladigan taʼsir kattaligidir. Bu yerda IL-6 uchun g = 3,683, sIL-6R uchun g = 0,695 xabar qilingan. Ushbu qiymatlar p qiymatidan boshqa savolga javob beradi: p qiymati kuzatilgan farqning statistik mosligini, Hedges g esa farqning standartlashtirilgan kattaligini ifodalaydi.
Genotip bilan biomarker darajalari o‘rtasida nima topildi?
| Tahlil | Tavsifiy natija | Taʼsir bahosi | Statistik talqin |
|---|---|---|---|
| IL-6 va genotip | AA: 19,70 [18,10–26,06]; AC: 20,76 [18,62–27,99]; CC: 28,73 [19,07–31,68] ng/L | Har bir qoʻshimcha C alleli uchun 1,06 baravar (%95 IO 1,03–1,09) | Kruskal–Wallis p = 0,051; BMI ga moslashtirilgan doza modeli p < 0,001; eksplorativ |
| sIL-6R va genotip | AA: 28,43 ± 4,13; AC: 37,89 ± 4,47; CC: 51,51 ± 3,56 ng/mL | Har bir qoʻshimcha C alleli uchun 1,34 baravar (%95 IO 1,30–1,38) | Kruskal–Wallis p < 0,001; BMI ga moslashtirilgan doza modeli p < 0,001; eksplorativ |
| IL-6 bilan sIL-6R | 80 juftlangan oʻlchov | Spearman ρ = 0,512 | p < 0,001; musbat korrelyatsiya, sababiy taʼsir emas |
IL-6 uchun barcha genotiplarni birga taqqoslagan Kruskal–Wallis testi p = 0,051 bilan 0,05 darajasida ahamiyatli emas. Bunga qarshi, BMI guruhi bilan C alleli dozasini bir xil log-chiziqli modelga kiritgan tahlil musbat munosabat topgan. Ushbu ikki test turli savollar va turli model farazlarini baholagani sababli natijalarni “biri ikkinchisini bekor qiladi” tarzida talqin qilish toʻgʻri emas.
Manbada genotip–biomarker tahlillari eksplorativ deb taʼriflangan. Ushbu p qiymatlari ko‘p martalik taqqoslash uchun tuzatilmagan va log-chiziqli model BMI guruhidan tashqari qoʻshimcha klinik kovariatlarni oʻz ichiga olmaydi.
Benjamini–Hochberg tuzatishi nima uchun ishlatilgan?
Tadqiqotda ko‘p sonli gipoteza testlari bajarilganda faqat tasodif tufayli past p qiymatlari kuzatilish ehtimoli ortadi. Benjamini–Hochberg yondashuvi ko‘p testlar ichida yolgʻon kashfiyot ulushini nazorat qilishga qaratilgan tuzatishdir.
Manba ushbu tuzatishni oldindan belgilangan 14 testga qoʻllagan: toʻrtta BMI guruh taqqoslashlari, genotip va allel taqsimoti testlari, uchta UPEC holati taqqoslashlari, yosh–epizod korrelyatsiyasi va WGS tanloviga oid toʻrtta taqqoslash. HWE, pairwise Fisher va genotip–biomarker tahlillari esa eksplorativ holda qoldirilgan va ushbu 14 testlik tuzatish oilasiga kiritilmagan.
UPEC kultura natijalari
| Kultura sinfi | n | Ulush |
|---|---|---|
| UPEC / E. coli | 37 | %46,2 |
| Ahamiyatli bakterial oʻsish yoʻq | 20 | %25,0 |
| Klebsiella pneumoniae | 10 | %12,5 |
| Proteus mirabilis | 6 | %7,5 |
| Enterococcus faecalis | 4 | %5,0 |
| Staphylococcus saprophyticus | 3 | %3,8 |
UPEC-musbat guruhning yosh taqsimoti yoshroq bo‘lgan. UPEC-musbat ishtirokchilarning yoshi 37,16 ± 11,70 yil bo‘lsa, boshqa organizm yoki ahamiyatli oʻsish bo‘lmagan guruhning median yoshi 46,00 [35,50–58,50] yil. Yosh taqqoslashida xom p = 0,004, Benjamini–Hochberg tuzatilgan p = 0,013 va Cliff delta = −0,379 xabar qilingan.
Jins taqsimoti va xabar qilingan takrorlanuvchi SYI epizodlari soni bo‘yicha manbada ko‘p testdan keyin ahamiyatli farq topilmagan. Epizod soni uchun tuzatilgan p = 0,734; jins taqsimoti uchun 0,839.
fimH va papG nimani ifodalaydi?
fimH va papG UPEC ning adgeziya bilan bogʻliq tuzilmalarini tavsiflash maqsadida nishonga olingan genlardir. Tadqiqotda ushbu DNA nishonlarining qPCR bilan aniqlanishi tegishli nishon ketma-ketligi namunada amplifikatsiya qilinganini ko‘rsatadi.
Buning muhim chegarasi shuki: gen ketma-ketligining aniqlanishi tegishli adgezin oqsili haqiqatan ifodalanganini yoki bakteriya muayyan adgeziya funksiyasini bajarayotganini bevosita isbotlamaydi.
| Profil | n | UPEC ichidagi ulush |
|---|---|---|
| fimH+ / papG− | 18 | %48,6 |
| fimH+ / papG+ | 15 | %40,5 |
| fimH− / papG+ | 3 | %8,1 |
| fimH− / papG− | 1 | %2,7 |
Umuman, fimH 33/37, papG 18/37 UPEC namunasida qPCR orqali aniqlangan.
qPCR dagi Ct qiymati nimani anglatadi?
Ct real vaqt PCR da fluoresans signali belgilangan chegaradan o‘tgan sikllar sonini ifodalaydi. Bir xil assay sharoitlari va bir xil nishon doirasida Ct qiymatlari amplifikatsiya signali qanchalik erta paydo bo‘lganini tavsiflash uchun ishlatilishi mumkin.
Biroq ushbu tadqiqot 16S, fimH va papG Ct qiymatlarini gen ekspressiyasiga, mutlaq gen nusxalari soniga yoki bakterial yuklamaga aylantirmagan. Turli nishonlarning Ct qiymatlari o‘rtasida kuzatilgan farqlar ham bakterial yuklama yoki ekspressiya farqi sifatida talqin qilinmagan. Bundan tashqari, “ND” qPCR da amplifikatsiya aniqlanmaganini bildiradi; biologik jihatdan gen mutlaqo mavjud emasligini isbotlamaydi.
qPCR bilan WGS dagi papG Natijalari Nima Uchun Bir Xil Emasdi?
Tanlangan ikki UPEC namunasi qPCR da ham fimH, ham papG bo‘yicha musbat bo‘lgan bo‘lsa, WGS asosidagi homolog skrining fimH ni ikki genomda, papG ni esa faqat UPEC2 da chegaradan yuqori moslik sifatida aniqlagan; manba UPEC1 dagi ushbu nomuvofiqlikni hal qilingan xato deb talqin qilmaydi va assay spetsifikligi, ketma-ketlik variatsiyasi, aralash template yoki assembly cheklovini faqat ehtimoliy izohlar sifatida sanaydi.
“No qualifying hit” nima uchun “gen yoʻq” degani emas?
WGS virulentlik skriningida ABRicate mosligi mezonga javob beruvchi deb hisoblanishi uchun kamida %80 nukleotid identikligi va kamida %80 referens qamrovi talab qilingan. Ushbu chegaralardan past natija “no qualifying hit” sifatida tasniflangan.
Bu ibora muayyan skrining mezoni bajarilmaganini ko‘rsatadi. Gen biologik jihatdan mutlaqo mavjud emas degani emas. Manba 8-rasmdagi kulrang “NH” kataklarini ham nol foiz identiklik sifatida emas, mezonga javob beruvchi moslik topilmagan skrining toifasi sifatida taʼriflaydi.
Tadqiqot Usuli va Natijalari
Tadqiqot dizaynining integratsiyalashgan tuzilishi
Qon namunalarini qayta ishlash
Har bir ishtirokchidan aseptik periferik venoz qon olingan. 200 µL toʻliq qon EDTA saqlovchi naychaga ajratilib, genomik DNA ekstraksiyasi va IL6R rs2228145 genotiplashi uchun ishlatilgan. Qolgan qon sentrifugalangan, ajratilgan plazma yorliqlangan mikronaychalarga olingan va IL-6 hamda sIL-6R oʻlchovigacha muzlatilgan sharoitda saqlangan.
Siydik kulturasi
Shu tashrif vaqtida steril va yorliqlangan keng ogʻizli idishlarga siydik namunalari olingan. Namunalar Al-Arabi Hospital mikrobiologiya laboratoriyasiga tezda yetkazilgan, tegishli bakteriologik oziqa muhitlariga ekilgan va 37 °C da aerob sharoitda 18–24 soat inkubatsiya qilingan. Oʻsgan organizmlar standart mikrobiologik va biokimyoviy usullar bilan aniqlangan.
Bakterial qPCR usuli
Bakterial genomik DNA ZymoBIOMICS DNA Miniprep Kit yordamida ekstraksiya qilingan. ZR BashingBead lizis naychalari bilan mexanik parchalanish bajarilgan; so‘ng ustun asosidagi DNA tozalash va inhibitorlarni olib tashlash qoʻllangan.
DNA konsentratsiyasi Qubit dsDNA HS Assay Kit bilan, tozaligi esa Nabi spektrofotometri bilan baholangan.
16S rRNA, fimH va papG uchun real vaqt PCR ishlatilgan. Har bir 20 µL reaksiya 10 µL KAPA SYBR Green FAST qPCR Universal mix, 0,4 µL forward primer, 0,4 µL reverse primer, 3 µL ekstraksiya qilingan DNA va 6,2 µL nukleazasiz suvdan iborat bo‘lgan.
Takror ishlab chiqarish mumkinligi haqida izoh: Manba bakterial qPCR reaksiya aralashmasi va primer manbalarini bildiradi; biroq asosiy matnda ushbu qPCR uchun alohida termal cycling profili berilmagan. Verianla yetishmayotgan termal profilni taxmin qilib toʻldirmaydi.
WGS laboratoriya va bioinformatika liniyasi
Tanlangan ikki UPEC izolatining kutubxonalari MGIEasy Fast FS Library Prep Set V2.0 bilan tayyorlangan. DNA fermentativ ravishda parchalangan, end-repair va A-tailing qoʻllangan, dual-barcode adapterlari biriktirilgan va PCR enrichment bajarilgan.
Fragment o‘lchami Qsep1 fragment analyzer bilan, kutubxona konsentratsiyasi esa Qubit dsDNA HS bilan baholangan. Birlashtirilgan kutubxonalardan DNBSEQ OneStep DNB Make Reagent Kit yordamida doiraviy bir zanjirli DNA template lari va DNA nanoball lar hosil qilingan.
Sekvenslash DNBSEQ-G99 platformasida G99 FCL PE150 reagent set bilan bajarilgan va paired-end 150 bp oʻqishlar hosil qilingan.
| Bosqich | Dastur / usul | Versiya / sharoit |
|---|---|---|
| Oʻqish sifat nazorati | FastQC | v0.12.1 |
| Yigʻma sifat xulosasi | MultiQC | v1.33 |
| Oʻqishlarni tozalash | fastp | v1.1.0 |
| Genome assembly | SPAdes | v4.2.0, isolate mode |
| MLST tiplash | mlst | v2.19.0 |
| Virulentlik/gomologiya skriningi | ABRicate | v1.2.0; ecoh, ecoli_vf, VFDB |
| Read mapping | minimap2 | v2.30-r1287 |
| Coverage xulosasi | samtools | v1.20 |
| Mezonga javob beruvchi virulentlik mosligi | ABRicate hit | ≥ %80 nukleotid identikligi va ≥ %80 referens qamrovi |
Tanlangan ikki genom natijalari
| Xususiyat | UPEC1 | UPEC2 |
|---|---|---|
| MLST / serotip | ST127/O6:H31 | ST131/O25:H4 |
| Q30 | %98,89 | %98,90 |
| Oʻrtacha mapping depth | 256,7× | 212,5× |
| Assembly N50 | 197.534 bp | 159.148 bp |
| fimH | Aniqlandi | Aniqlandi |
| papG | Mezonga javob beruvchi WGS mosligi yoʻq | Aniqlandi |
| 1-tip fimbria tizimi | 8/8 gen | 8/8 gen |
| p fimbria tizimi | 0/12 mezonga javob beruvchi gen mosligi | 12/12 gen |
| Heme temir tizimi | 8/8 gen | 8/8 gen |
| Yersiniabactin tizimi | 11/11 gen | 11/11 gen |
Ushbu jadval faqat ikki genomni tavsiflaydi. UPEC1 va UPEC2 da aniqlangan virulentlik genlari barcha 37 UPEC namunasida ushbu genlarning tarqalishini ko‘rsatmaydi va genlar ifodalanganini yoki funksional faol ekanini isbotlamaydi.
Tanlangan ikki WGS namunasi boshqa UPEC namunalarini ifodalaydimi?
Yoʻq. Ikki WGS izolatining ikkalasi ham qPCR da fimH+/papG+ bo‘lgan bo‘lsa, boshqa 35 UPEC namunasining 13 tasi ikki karra musbat. Fisher exact testida xom p = 0,158 va tuzatilgan p = 0,441 topilgan. Ikki namunadan iborat WGS kichik toʻplami butun UPEC guruhining vakilligini isbotlay olmaydi.
| Oʻlchov | WGS uchun tanlangan ikki namuna | Boshqa UPEC namunalari | Tuzatilgan p |
|---|---|---|---|
| 16S Ct | 22,65 ± 0,35; median 22,65 | 22,88 ± 0,60; median 22,90 | 0,781 |
| fimH Ct | 22,20 ± 0,14; median 22,20 | 22,64 ± 0,84; median 22,70 | 0,734 |
| papG Ct | 22,90 ± 0,85; median 22,90 | 22,85 ± 0,70; median 22,75 | 0,888 |
Manba ushbu Ct taqqoslashlarini mutlaq bakterial yuklama taqqoslashlari sifatida talqin qilmaydi.
Statistik tahlil qanday bajarildi?
Qayta ko‘rib chiqilgan maqola statistikasi Python 3.12.14 bilan qayta ishlab chiqarilgan. pandas 2.2.3, NumPy 2.3.5, SciPy 1.18.1 va statsmodels 0.15.0 ishlatilgan; rasmlar Matplotlib 3.10.9 va 3.11.2 bilan tayyorlangan.
Uzluksiz oʻzgaruvchilar mean ± SD yoki median [IQR], kategorik oʻzgaruvchilar son va foiz sifatida umumlashtirilgan. Biomarker tahlillarining barchasi 80 ishtirokchini oʻz ichiga olgan, boshqa tahlillarda esa mavjud kuzatuvlar ishlatilgan va yetishmayotgan qiymatlar imputatsiyasi bajarilmagan.
- Taqsimot va varians baholash: Shapiro–Wilk va Brown–Forsythe/Levene.
- Uzluksiz oʻzgaruvchilar taqqoslash: Welch t-testi yoki Mann–Whitney U.
- Kategorik taqqoslashlar: chi-kvadrat yoki Fisher exact.
- Genotiplarga ko‘ra biomarker: Kruskal–Wallis.
- Hardy–Weinberg muvozanati: har bir BMI guruhida 1 erkinlik darajali chi-kvadrat.
- Taʼsir kattaliklari: Hedges g, Cliff delta, odds ratio yoki Cramer V.
- Korrelyatsiya: Spearman rho.
- Koʻp test nazorati: oldindan belgilangan 14 test uchun Benjamini–Hochberg.
- Genotip–biomarker modeli: log-oʻzgartirilgan konsentratsiya ustida BMI guruhi va C alleli dozasini oʻz ichiga olgan ordinary least squares model.
Log-chiziqli genotip modellarida koeffitsiyentlar eksponensial shaklga oʻtkazilgan va har bir qoʻshimcha C alleli uchun fold-change sifatida xabar qilingan. Ushbu modellar qoʻshimcha klinik kovariatlarni oʻz ichiga olmagan.
IL-6 ishonch oraligʻlari va p qiymatlari kalibrlash egrisidagi noaniqlikni modelga alohida kiritmagan. Bu tafsilot ayniqsa past IL-6 sohasidagi oʻlchov talqinida muhimdir.
Tadqiqot qoʻllab-quvvatlaydigan va qoʻllab-quvvatlamaydigan natijalar
| Tadqiqot qoʻllab-quvvatlaydi | Tadqiqot qoʻllab-quvvatlamaydi |
|---|---|
| Semizlik guruhida IL-6 baholari va sIL-6R konsentratsiyalari normal vazn guruhidan yuqoriroq. | Semizlik IL-6 oshishi orqali takrorlanuvchi SYI ga sabab bo‘lishi. |
| IL6R rs2228145 genotip chastotalari ikki BMI guruhida sezilarli farq ko‘rsatmagan. | rs2228145 semizlikni yoki SYI ni bevosita belgilashi. |
| C alleli dozası bilan sIL-6R va kuchsizroq tarzda IL-6 o‘rtasida eksplorativ munosabat kuzatilgan. | Ushbu genotip–biomarker munosabatlarining sababiy bo‘lishi. |
| 37/80 kultura UPEC sifatida tasniflangan. | 80 ishtirokchining barchasida faol UPEC infeksiyasi mavjudligi. |
| fimH va papG nishon DNA lari ko‘plab UPEC namunalarida qPCR bilan aniqlangan. | Ushbu genlar barcha namunalarda ifodalangani yoki funksional adgeziya hosil qilgani. |
| Tanlangan ikki genom ST127/O6:H31 va ST131/O25:H4. | Ushbu ikki naslning 37 UPEC ichidagi tarqalishi yoki ustunligi aniqlangani. |
| WGS ikki izolatning virulentlik bilan bogʻliq gen tarkibini tavsiflaydi. | Ushbu genlarning transkripsiyasi, oqsil darajasi yoki funksional faolligi oʻlchangani. |
| UPEC-musbat guruhning yosh taqsimoti boshqa guruhdan yoshroq. | Yoshroq yosh UPEC uchun sababiy xavf omili ekanini ushbu tadqiqot ko‘rsatgani. |
Tadqiqotning kuchli tomonlari
- Ayni 80 ishtirokchida xoʻjayin va mikrobiologik oʻlchovlarning birgalikda bajarilishi.
- IL-6 va sIL-6R bilan birga IL6R rs2228145 genotiplashining baholanishi.
- Kultura natijalarining nishonli qPCR bilan qoʻllab-quvvatlanishi.
- Tanlangan izolatlarda WGS orqali nasl va virulentlik profillashi bajarilishi.
- WGS mosliklari uchun aniq ≥%80 identiklik va ≥%80 qamrov chegarasi ko‘rsatilishi.
- 14 testlik ko‘p taqqoslash oilasi uchun Benjamini–Hochberg tuzatishi ishlatilishi.
- IL-6 uchun muqobil kalibrlash yondashuvlari sezgirlik tahlili sifatida ko‘rsatilishi.
- Mualliflar Ct, WGS hit va eksplorativ genotip munosabatlari uchun talqin chegaralarini aniq belgilashi.
Tadqiqotning asosiy cheklovlari
- Ko‘ndalang kesimli dizayn sababiylik va vaqt ketma-ketligini o‘rnata olmaydi.
- Avvalgi SYI epizodlarining sanalari va diagnostik yozuvlari mavjud bo‘lmagani sababli standart takrorlanish taʼrifi tasdiqlanmagan.
- IL-6 ning past konsentratsiya sohasidagi mutlaq aniqligi noaniq.
- IL-6 ishonch oraligʻlari va p qiymatlari kalibrlash noaniqligini oʻz ichiga olmaydi.
- 4PL fitida replikat darajasidagi dispersiya mavjud bo‘lmagani sababli vaznlash bajarilmagan.
- Genotip–biomarker tahlillari eksplorativ va ko‘p taqqoslash tuzatishi qoʻllanmagan.
- Log-chiziqli genotip modellari BMI guruhidan tashqari qoʻshimcha klinik kovariatlarni o‘z ichiga olmaydi.
- Retseptor funksiyasi oʻlchanmagan.
- qPCR nishon DNA aniqlashdir; adgezin funksiyasi yoki gen ekspressiyasini oʻlchamaydi.
- WGS faqat tanlangan ikki UPEC izolatida bajarilgan.
- Ikki genom barcha UPEC namunalarini ifodalay olmaydi.
- qPCR va WGS oʻrtasidagi UPEC1 papG nomuvofiqligi hal qilinmagan.
- “No qualifying hit” biologik gen yoʻqligini anglatmaydi.
- WGS bilan gen mavjudligi, gen ekspressiyasi yoki funksional virulentlik ko‘rsatilmagan.
- Ikki genomning xom SRA accession raqamlari nashr vaqtida hali ommaga ochiq emas.
Tadqiqotning asosiy ilmiy xabari
Ushbu tadqiqotning asosiy xulosasi “semizlik UPEC sababli takrorlanuvchi SYI ga sabab bo‘ladi” emas. Tadqiqot takrorlanuvchi SYI tarixi haqida xabar bergan ushbu 80 kishilik namunada semizlik guruhining yuqoriroq IL-6 baholari va sIL-6R konsentratsiyalariga ega ekanini; IL6R rs2228145 genotip taqsimoti BMI guruhlari o‘rtasida sezilarli farq qilmaganini; C alleli dozası bilan ayniqsa sIL-6R o‘rtasida eksplorativ munosabat topilganini va siydik kulturasi/qPCR/WGS tahlillari UPEC guruhida turli adgezin va virulentlik xususiyatlarini tavsiflaganini ko‘rsatadi.
Xoʻjayin yalligʻlanishi, genetik variatsiya va bakterial xususiyatlarning ayni tadqiqotda birgalikda oʻlchanishi ilmiy jihatdan qimmatli; biroq mavjud dizayn ularning bitta sababiy mexanizm ustida o‘zaro bogʻlanganini ko‘rsatmaydi.
Manba va Usul Haqida Izoh
Asl sarlavha: Integrated Host IL-6 Axis, IL6R rs2228145, and Uropathogenic Escherichia coli Virulence Profiling in Obesity and Recurrent Urinary Tract Infection
Mualliflar: Zahra K. Saeed; Hibbat Al-Rahman R. Rickad; Basil A. Abbas.
Masʼul muallif: Basil A. Abbas.
Teng hissa: Manbada teng birinchi mualliflik yoki teng hissa bayonoti ko‘rsatilmagan.
Muassasa 1: College of Dentistry, University of Basrah, Basrah 61001, Iraq.
Muassasa 2: College of Medical and Health Technology, Al-Kunooze University, Basrah 61001, Iraq.
Jurnal: Acta Microbiologica Hellenica.
Nashriyot: MDPI, Hellenic Society for Microbiology nomidan.
Manba turi: Article; ko‘ndalang kesimli kuzatuvli inson tadqiqoti.
Bibliografik qayd: Acta Microbiologica Hellenica, 2026, jild 71, maqola 45.
DOI: 10.3390/amh71040045
Nashr vaqt jadvali: Received: 14 Sentyabr 2026; Revised: 16 Oktyabr 2026; Accepted: 22 Oktyabr 2026; Published: 27 Oktyabr 2026.
Taqriz holati: Nashr qilingan tadqiqot maqolasidir; Acta Microbiologica Hellenica xalqaro taqrizdan o‘tadigan ochiq kirishli tibbiy mikrobiologiya jurnalidir.
Litsenziya: Creative Commons Attribution (CC BY).
Preprint holati: Ko‘rib chiqilgan manba nashr qilingan jurnal versiyasidir; manbada alohida preprint identifikatori ko‘rsatilmagan.
Tadqiqot joyi va vaqti: Iroqdagi bir nechta shifoxona; Dekabr 2025–Fevral 2026.
Namuna: 19–66 yosh oraligʻidagi 80 ishtirokchi; 66 ayol va 14 erkak. Semizlik n = 40, normal vazn n = 40.
BMI taʼriflari: Semizlik BMI ≥ 30 kg/m²; normal vazn BMI 18,5–24,9 kg/m².
SYI tarixi chegarasi: Ikki dan olti epizodgacha xabar qilingan; epizod sanalari va diagnostik hujjatlar mavjud bo‘lmagani uchun standart takrorlanish taʼrifi tasdiqlanmagan.
Xoʻjayin oʻlchovlari: IL-6 ELISA, sIL-6R ELISA, IL6R rs2228145 TaqMan genotiplash.
Mikrobiologik oʻlchovlar: Siydik kulturasi, 16S rRNA/fimH/papG nishonli qPCR va tanlangan ikki UPEC izolatida WGS.
IL-6 usuli: Human IL-6 kit E0090Hu; 450 nm; oltita standartga vaznsiz 4PL fit; konsentratsiya teskari egri bilan hisoblangan.
IL-6 oʻlchov chegarasi: 20 ng/L birinchi nol bo‘lmagan standart; tasdiqlangan LLOQ emas. Past diapazondagi aniqlik noaniq.
sIL-6R usuli: Human Soluble Interleukin 6 Receptor kit E0226Hu; manbada assay oraligʻi 0,5–150 ng/mL va sezgirlik 0,24 ng/mL deb berilgan.
Bakterial qPCR takror ishlab chiqarish mumkinligi chegarasi: Reaksiya aralashmasi xabar qilingan; asosiy matn alohida termal cycling profilini bermaydi.
WGS platformasi: DNBSEQ-G99; paired-end 150 bp.
WGS sifat/skrining dasturlari: FastQC v0.12.1, MultiQC v1.33, fastp v1.1.0, SPAdes v4.2.0, mlst v2.19.0, ABRicate v1.2.0, minimap2 v2.30-r1287 va samtools v1.20.
WGS hit chegarasi: ≥%80 nukleotid identikligi va ≥%80 referens qamrovi.
Statistik dastur: Python 3.12.14; pandas 2.2.3; NumPy 2.3.5; SciPy 1.18.1; statsmodels 0.15.0; Matplotlib 3.10.9/3.11.2.
Koʻp test tuzatishi: Oldindan belgilangan 14 test uchun Benjamini–Hochberg.
Eksplorativ tahlillar: HWE, pairwise Fisher va genotip–biomarker tahlillari manbada eksplorativ va ko‘p taqqoslash uchun tuzatilmagan.
Asosiy biomarker natijasi: Semizlik guruhida IL-6 28,04 ± 3,37 ng/L, normal vaznda 18,43 ± 1,41 ng/L; sIL-6R 39,87 ± 9,15 ga qarshi 33,69 ± 8,44 ng/mL.
Asosiy genetik natija: IL6R rs2228145 genotip chastotalari BMI guruhlari o‘rtasida sezilarli farq ko‘rsatmagan.
Eksplorativ allel natijasi: BMI ga moslashtirilgan modelda har bir qoʻshimcha C alleli uchun fold-change IL-6 uchun 1,06 va sIL-6R uchun 1,34.
Kultura natijasi: UPEC 37/80; ahamiyatli oʻsish yoʻq 20/80; K. pneumoniae 10/80; P. mirabilis 6/80; E. faecalis 4/80; S. saprophyticus 3/80.
qPCR natijasi: UPEC namunalarida fimH 33/37, papG 18/37.
WGS natijasi: UPEC1 ST127/O6:H31; UPEC2 ST131/O25:H4.
qPCR–WGS nomuvofiqligi: Tanlangan har ikki namuna papG qPCR-musbat bo‘lsa-da, papG uchun mezonga javob beruvchi WGS mosligi faqat UPEC2 da topilgan; sababi aniq belgilanmagan.
Etika qoʻmitasi: University of Basrah Review Board Ethics Committee; UOB-ETH-2025-13; Noyabr 2025.
Axborotli rozilik: Barcha individual ishtirokchilardan olingan va namuna to‘planishidan oldin yozma hujjatlar arxivlangan.
Moliyalashtirish: Tashqi moliyalashtirish olinmagan.
Manfaatlar toʻqnashuvi: Mualliflar manfaatlar toʻqnashuvi haqida xabar bermagan.
Maʼlumotlarning mavjudligi: Maqolaning original hissalari maqola ichida taqdim etilgan. Tanlangan ikki izolatning xom paired-end oʻqishlarini NCBI SRA ga joylashtirish rejalashtirilgan; maqola nashr qilinganda BioProject, BioSample va SRA run accession raqamlari hali mavjud emas edi.
Muallif hissalari: Conceptualization, methodology, investigation, data curation, formal analysis, visualization, writing—original draft, writing—review and editing, supervision va project administration Zahra K. Saeed hamda Hibbat Al-Rahman R. Rickad tomonidan xabar qilingan. Basil A. Abbas ning manbada ko‘rsatilgan hissasi jurnal bilan correspondence.
Asosiy talqin chegarasi: Natijalar semizlik guruhida yuqoriroq IL-6 baholari va sIL-6R konsentratsiyalarini hamda ikki UPEC genomining batafsil tavsifini ko‘rsatadi; biroq semizlik, xoʻjayin yalligʻlanishi, UPEC virulentligi va takrorlanuvchi SYI o‘rtasida sababiy mexanizmni isbotlamaydi.
Izoh qoldiring
E-pochta manzilingiz chop etilmaydi. Majburiy maydonlar * bilan belgilangan