Escherichia coli-и уропатогенӣ (uropathogenic Escherichia coli, UPEC) гурӯҳи бактериявиеро ифода мекунад, ки штаммҳои E. coli-и марбут ба сироятҳои роҳҳои пешобро дар бар мегирад. Ин таҳқиқоти буришӣ дар 80 иштирокчие, ки таърихи сирояти такроршавандаи роҳҳои пешобро гузориш кардаанд, илтиҳоби мизбон вобаста ба фарбеҳӣ, вариатсияи генетикии IL6R rs2228145 ва хусусиятҳои бактериявии пешобро дар як чаҳорчӯбаи таҳқиқотӣ арзёбӣ кардааст. Чиҳил иштирокчӣ дар гурӯҳи фарбеҳӣ ва 40 иштирокчӣ дар гурӯҳи муқоисавии вазни муқаррарӣ буданд. Дар намунаҳои хун IL-6 ва ретсептори ҳалшавандаи IL-6 (sIL-6R) бо ELISA чен карда шуда, IL6R rs2228145 бо генотипкунии TaqMan муайян гардид; дар намунаҳои пешоб культура ва qPCR-и ҳадафнок барои 16S rRNA, fimH ва papG истифода шуда, дар ду изоляти интихобшудаи UPEC секвениронии тамоми геном анҷом дода шуд.

Дар гурӯҳи фарбеҳӣ сатҳи миёнаи IL-6, ки бо калибровкаи 4PL баҳогузорӣ шудааст, 28,04 ± 3,37 ng/L буд, дар ҳоле ки дар гурӯҳи вазни муқаррарӣ 18,43 ± 1,41 ng/L муайян гардид. Фарқи миёна 9,61 ng/L буда, фосилаи эътимоди %95 ҳамчун 8,45–10,77 ng/L ҳисоб карда шуд. Сатҳҳои sIL-6R низ дар гурӯҳи фарбеҳӣ баландтар буданд: 39,87 ± 9,15 ng/mL дар муқобили 33,69 ± 8,44 ng/mL. Баръакс, тақсимоти генотипҳои AA, AC ва CC барои IL6R rs2228145 байни ду гурӯҳи BMI фарқи назаррас нишон надод.

Робитаҳои генотип–биомаркер таҳлилҳои иктишофӣ мебошанд. Вақте ки гурӯҳи BMI ба модел дохил карда шуд, барои ҳар як аллели иловагии C тағйироти 1,06-карата дар сатҳи тахминии IL-6 ва 1,34-карата дар сатҳи sIL-6R гузориш шуд. Ин арзишҳо мутаносибан ба афзоиши зарбии тақрибан %6 ва %34 мувофиқанд; аммо моделҳои дахлдор ковариатҳои клиникии иловагиро дар бар нагирифтаанд ва ин p-арзишҳои иктишофӣ барои муқоисаҳои сершумор ислоҳ нашудаанд. Натиҷаҳо худ аз худ исбот намекунанд, ки варианти генетикӣ сабаби сатҳҳои биомаркер аст.

Дар культураҳои пешоб 37/80 намуна ҳамчун UPEC тасниф карда шуд. Натиҷаҳои дигари культура 10 Klebsiella pneumoniae, 6 Proteus mirabilis, 4 Enterococcus faecalis, 3 Staphylococcus saprophyticus ва 20 намуна бе афзоиши назарраси бактериявӣ буданд. Дар 37 намунаи UPEC-мусбат fimH дар 33/37 ва papG дар 18/37 бо qPCR ошкор шуд.

Секвениронии тамоми геном танҳо дар ду изоляти интихобшудаи UPEC гузаронида шуд. UPEC1 ҳамчун ST127/O6:H31 ва UPEC2 ҳамчун ST131/O25:H4 муайян гардид. Дар ҳар ду геном барои fimH мувофиқати WGS-и ҷавобгӯ ба меъёр ёфт шуд, дар ҳоле ки papG танҳо дар UPEC2 ба ҳадҳои WGS ҷавоб дод. Бо вуҷуди ин, азбаски ҳар ду намунаи интихобшуда дар qPCR papG-мусбат буданд, байни qPCR ва WGS дар мавриди UPEC1 номувофиқии ҳалнашуда вуҷуд дорад.

Маҳдудияти асосии тафсири таҳқиқот муҳим аст: чен кардани биомаркерҳои илтиҳобӣ, генотип ва хусусиятҳои бактериявӣ дар ҳамон иштирокчиён механизми мустақими сабабии мизбон–патогенро байни ин унсурҳо исбот намекунад. Илова бар ин, гарчанде таърихи “СРП-и такроршаванда” гузориш шудааст, аз сабаби мавҷуд набудани санаҳо ва ҳуҷҷатҳои ташхисии сироятҳои қаблӣ, муҳаққиқон натавонистанд тасдиқ кунанд, ки ин таърих ба таърифи муайяни стандартии такроршавӣ ҷавоб медиҳад ё не.

Масъалаи асосие, ки таҳқиқот баррасӣ мекунад, чист?

Фарбеҳӣ ҳолати метаболикиест, ки бо илтиҳоби системавии дараҷаи паст алоқаманд аст. Сатҳҳои гардишии ситокинҳо, аз ҷумла IL-6, метавонанд аз ин муҳити илтиҳобӣ таъсир гиранд. Аз тарафи дигар, дар сироятҳои роҳҳои пешоб UPEC метавонад тавассути хусусиятҳои гуногун, аз ҷумла адгезия, ба даст овардани оҳан, гурез аз системаи иммунӣ, истеҳсоли токсин, ҳаёти дохилиҳуҷайравӣ ва ташаккули биофилм, сироятро дар системаи пешоб ба вуҷуд орад ё нигоҳ дорад.

Ин таҳқиқот ду қабати гуногуни биологиро дар як намуна паҳлуи ҳам мегузорад: дар як тараф меҳвари илтиҳобии IL-6/sIL-6R-и мизбони инсон ва генотипи IL6R rs2228145, дар тарафи дигар культураи бактерияҳои пешоб, qPCR-и гени адгезин ва профили WGS-и геномҳои интихобшуда ҷой доранд.

Ҳадафи ин равиши ҳамгирошуда нишон додани он нест, ки яке аз ин қабатҳо сабаби қабати дигар аст; балки тавсиф кардани он аст, ки онҳо дар заминаи фарбеҳӣ ва СРП-и такроршавандаи гузоришшуда чӣ гуна ҳамзамон тақсим шудаанд.

Оё Ин Таҳқиқот Байни Фарбеҳӣ ва Сирояти Такроршавандаи Роҳҳои Пешоб Робитаи Сабабӣ Муайян Мекунад?

Не. Азбаски таҳқиқот буришӣ аст, санаҳо ва сабтҳои ташхисии эпизодҳои қаблии СРП тасдиқ нашудаанд ва илтиҳоб, генотип ва хусусиятҳои бактериявӣ дар як чорчӯбаи вақт ба таври мушоҳидавӣ чен шудаанд, он нишон намедиҳад, ки фарбеҳӣ тавассути IL-6 сабаби вирулентнокии UPEC ё СРП-и такроршаванда мегардад; муаллифон низ дар бахши хулоса ошкоро таъкид мекунанд, ки ин маълумот байни фарбеҳӣ, илтиҳоби мизбон ва СРП-и такроршаванда робитаи сабабӣ барқарор намекунад.

Гурӯҳҳои иштирокчиён чӣ гуна ташкил карда шуданд?

Дар маҷмӯъ 80 иштирокчӣ дар синни 19–66 сола буданд; 66 нафарашон зан ва 14 нафарашон мард буданд. Гурӯҳи фарбеҳӣ аз 40 нафар бо BMI ≥ 30 kg/m² ва гурӯҳи вазни муқаррарӣ аз 40 нафар бо BMI 18,5–24,9 kg/m² иборат буд.

Таърихи сабтшудаи СРП аз ду то шаш эпизод тағйир мекард. Аммо таҳқиқот муайян карда наметавонад, ки ин эпизодҳо дар кадом фосилаи вақт рух додаанд. Азбаски санаҳои эпизодҳо ва ҳуҷҷатҳои ташхисӣ мавҷуд нестанд, тасдиқ нашудааст, ки таърихи “СРП-и рекуррентӣ” ба таърифи муайяни клиникии такроршавӣ ҷавоб медиҳад.

IL-6 ва sIL-6R чиро ифода мекунанд?

Интерлейкин-6 (IL-6) ситокинест, ки бо ҷавобҳои илтиҳобӣ ва иммунӣ алоқаманд аст. Ретсептори ҳалшавандаи IL-6 (soluble IL-6 receptor, sIL-6R) шакли гардишии ретсепторест, ки метавонад дар роҳи транс-сигнализатсияи IL-6 берун аз ретсептори ба мембрана пайваст нақш дошта бошад.

Таҳқиқот ин меҳварро барои тавсифи миқдории муҳити илтиҳобии вобаста ба фарбеҳӣ чен кардааст. Бо вуҷуди ин, баланд будани IL-6 ё sIL-6R худ аз худ ҳамчун сабаб, шиддат ё механизми такроршавии сирояти роҳҳои пешоб тафсир карда намешавад.

IL6R rs2228145 чист?

IL6R rs2228145 варианти генетикӣ дар дохили гени IL6R мебошад, ки ретсептори IL-6-ро рамзгузорӣ мекунад. Дар таҳқиқот аллелҳо A ва C ва генотипҳо AA, AC ва CC тасниф шудаанд.

Генотипкунӣ бо усули TaqMan анҷом дода шуд. Дар ҳар реаксияи 20 µL, 10 µL 2× TaqMan Genotyping Master Mix, 0,5 µL 20× assay working solution, 6,5 µL оби бе нуклеаза ва 3 µL DNA истифода шуд. Профили ҳароратӣ 95 °C барои 10 дақиқа; баъдан дар давоми 40 давр 95 °C барои 15 сония ва 60 °C барои 1 дақиқа татбиқ гардид.

Тақсимоти генотипҳои AA, AC ва CC чиро нишон дод?

Ин натиҷаҳо нишон надоданд, ки басомади генотипи rs2228145 ё аллели C байни гурӯҳҳои фарбеҳӣ ва вазни муқаррарӣ ба таври назаррас фарқ мекунад.

Чаро мувозинати Hardy–Weinberg санҷида шуд?

Hardy–Weinberg equilibrium (HWE) модели мувозинати генетикиест, ки робитаи интизоршавандаи байни басомадҳои аллел ва генотипро дар популятсия арзёбӣ мекунад. Дар таҳқиқот HWE дар гурӯҳҳои фарбеҳӣ ва вазни муқаррарӣ алоҳида бо санҷиши хи-квадрат арзёбӣ шуд.

Дар ҳар ду гурӯҳ инҳирофи аз ҷиҳати оморӣ назарраси HWE мушоҳида нашуд. Аммо, тавре ки мақола низ қайд мекунад, санҷиши HWE худ аз худ дурустии техникии генотипкуниро исбот намекунад.

Чаро Модели 4PL дар Ченкунии IL-6 Муҳим Аст?

Консентратсияҳои IL-6 рақамҳое нестанд, ки дастгоҳ мустақим медиҳад; қиматҳои зичии оптикӣ, ки дар 450 nm чен шудаанд, бо каҷи логистикии чорпараметрии бевазн, ки ба шаш стандарти калибровка мутобиқ карда шудааст, ба консентратсия табдил дода шуданд ва махсусан дар минтақаи консентратсияи паст, азбаски натиҷаҳо ба усули интихобшудаи калибровка ҳассосанд, номуайянии табдилдиҳии 4PL барои тафсири дурусти натиҷаҳои асосӣ муҳим аст.

Стандартҳои барои IL-6 истифодашуда

Муодилаи логистикии чорпараметрӣ

Формула чиро ҳисоб мекунад? Ин муодила робитаи сигмоидалии калибровка байни консентратсияи IL-6 ва зичии оптикии ELISA-ро тавсиф мекунад.

Тағйирёбандаҳо: OD қимати абсорбанс/зичии оптикии хом дар 450 nm аст. C консентратсияи IL-6 мебошад ва бо воҳиди ng/L ифода мешавад. a асимптотаи поёнӣ, d асимптотаи болоӣ, b параметре, ки шакли нишебиро муайян мекунад, ва k консентратсияи нуқтаи миёнаро ифода мекунад.

Нақши математикӣ: Вақте C хеле паст аст, каҷ ба асимптотаи поёнӣ наздик мешавад ва бо зиёд шудани C ба асимптотаи болоӣ меравад. k ва b ҷойгиршавӣ ва нишебии минтақаи гузаришро муайян мекунанд.

Дар таҳқиқот барои гузариш аз OD-и намуна ба консентратсия муодила баръакс гардонида шудааст:

Ин муодилаи баръакс аз қимати ченшудаи OD консентратсияи тахминии IL-6 медиҳад. Манбаъ ҳамаи шаш стандартро бе вазн fit кардааст; стандартҳо ва намунаҳоро дар як assay run чен кардааст; blank subtraction-и иловагӣ татбиқ нашудааст. Азбаски вариансҳои сатҳи репликат мавҷуд набуданд, дар калибровка вазнгузорӣ анҷом дода нашуд.

Чаро хатти 20 ng/L ҳадди квантификатсия нест?

Дар графикҳои манбаъ 20 ng/L ҳамчун аввалин стандарти ғайрисифрӣ ишора шудааст. Ин қимат дар таҳқиқот ҳамчун lower limit of quantification (LLOQ)-и тасдиқшуда муайян нашудааст.

Дар ҳисобкунии 4PL, қимати тахминии IL-6 дар 34 нафар аз 40 иштирокчии гурӯҳи вазни муқаррарӣ аз 20 ng/L пасттар буд. Баръакс, танҳо шаш намунаи вазни муқаррарӣ OD-и хомашон аз 0,276, яъне OD-и ченшудаи стандарти 20 ng/L, пасттар буд. Сабаби фарқ кардани ин ду рақам он аст, ки каҷи fitted 4PL маҷбур нест аз нуқтаи калибровка дақиқ гузарад.

Усулҳои алтернативии калибровка чиро нишон доданд?

Дар табдилдиҳиҳои алтернативӣ низ байни гурӯҳҳо фарқ дида мешавад; аммо баҳогузориҳои мутлақи консентратсия тағйир мекунанд. Ин таҳлил дурустии ченкуниро исбот намекунад, танҳо нишон медиҳад, ки натиҷаҳо то чӣ андоза ба модели калибровка ҳассосанд.

Табдилдиҳии барои sIL-6R истифодашуда

Ченкунии sIL-6R бо маҷмӯаи Human Soluble Interleukin 6 Receptor ELISA E0226Hu анҷом дода шуд. Манбаъ барои маҷмӯа доираи assay-и 0,5–150 ng/mL, ҳассосияти 0,24 ng/mL ва стандартҳои кории 0, 5, 10, 20, 40 ва 80 ng/mL-ро гузориш мекунад.

Ин муодилаи дараҷаи сеюм барои табдил додани қимати OD450 ба консентратсияи sIL-6R истифода шудааст. Коэффитсиентҳо коэффитсиентҳои эмпирикии ин робитаи калибровка мебошанд; таҳқиқот ин муодиларо ҳамчун механизми нави биологӣ арзёбӣ намекунад.

Натиҷаҳои биомаркер дар гурӯҳҳои фарбеҳӣ ва вазни муқаррарӣ

Барои IL-6 p-арзиши хоми Welch 1,57 × 10⁻²² ва барои sIL-6R 0,002399 буд. Пас аз ислоҳи Benjamini–Hochberg ҳар ду муқоиса дар манбаъ аз ҷиҳати оморӣ назаррас боқӣ монданд.

Hedges g чиро нишон медиҳад?

Hedges g андозаи таъсирест, ки фарқи миёнаҳои ду гурӯҳро дар миқёси тағйирёбии муштарак стандартӣ мекунад ва ислоҳро барои андозаи намуна дар бар мегирад. Дар ин ҷо барои IL-6 g = 3,683 ва барои sIL-6R g = 0,695 гузориш шудааст. Ин қиматҳо ба саволи дигар нисбат ба p-арзиш ҷавоб медиҳанд: p-арзиш мувофиқати омории фарқи мушоҳидашударо, Hedges g бошад бузургии стандартшудаи фарқро ифода мекунад.

Байни генотип ва сатҳҳои биомаркер чӣ пайдо шуд?

Санҷиши Kruskal–Wallis, ки ҳамаи генотипҳоро барои IL-6 якҷоя муқоиса мекунад, бо p = 0,051 дар сатҳи 0,05 назаррас нест. Баръакс, таҳлиле, ки гурӯҳи BMI ва дозаи аллели C-ро дар як модели лог-хаттӣ дохил кардааст, робитаи мусбат ёфт. Азбаски ин ду санҷиш саволҳои гуногун ва фарзияҳои гуногуни моделиро арзёбӣ мекунанд, тафсири натиҷаҳо ҳамчун “яке дигареро бекор мекунад” дуруст нест.

Дар манбаъ таҳлилҳои генотип–биомаркер ҳамчун иктишофӣ тавсиф шудаанд. Ин p-арзишҳо барои муқоисаҳои сершумор ислоҳ нашудаанд ва модели лог-хаттӣ ғайр аз гурӯҳи BMI ковариатҳои клиникии иловагӣ надорад.

Чаро ислоҳи Benjamini–Hochberg истифода шуд?

Вақте дар таҳқиқот шумораи зиёди санҷишҳои гипотеза анҷом дода мешавад, эҳтимоли танҳо аз тасодуф пайдо шудани p-арзишҳои паст зиёд мешавад. Равиши Benjamini–Hochberg ислоҳест, ки барои назорати ҳиссаи кашфиёти бардурӯғ дар байни санҷишҳои сершумор пешбинӣ шудааст.

Манбаъ ин ислоҳро ба 14 санҷиши пешакӣ муайяншуда татбиқ кардааст: чор муқоисаи гурӯҳҳои BMI, санҷишҳои тақсимоти генотип ва аллел, се муқоисаи ҳолати UPEC, коррелятсияи синну сол–эпизод ва чор муқоисаи марбут ба интихоби WGS. HWE, pairwise Fisher ва таҳлилҳои генотип–биомаркер иктишофӣ монда, ба ин оилаи ислоҳи 14-санҷишӣ дохил карда нашудаанд.

Натиҷаҳои культураи UPEC

Тақсимоти синну соли гурӯҳи UPEC-мусбат ҷавонтар буд. Синни иштирокчиёни UPEC-мусбат 37,16 ± 11,70 сол буд, дар ҳоле ки синни медиании гурӯҳи дорои организмҳои дигар ё бе афзоиши назаррас 46,00 [35,50–58,50] сол буд. Дар муқоисаи синну сол p = 0,004 хом, p = 0,013 бо ислоҳи Benjamini–Hochberg ва Cliff delta = −0,379 гузориш шуд.

Аз рӯи тақсимоти ҷинс ва шумораи эпизодҳои гузоришшудаи СРП-и такроршаванда дар манбаъ пас аз санҷишҳои сершумор фарқи назаррас ёфт нашуд. Барои шумораи эпизодҳо p = 0,734 ислоҳшуда; барои тақсимоти ҷинс 0,839 буд.

fimH ва papG чиро ифода мекунанд?

fimH ва papG генҳое мебошанд, ки барои тавсифи сохторҳои марбут ба адгезияи UPEC ҳадаф гирифта шудаанд. Дар таҳқиқот ошкор шудани ин ҳадафҳои DNA бо qPCR нишон медиҳад, ки пайдарпаии ҳадафи дахлдор дар намуна амплификатсия шудааст.

Маҳдудияти муҳими ин нукта чунин аст: ошкор шудани пайдарпаии ген мустақиман исбот намекунад, ки сафедаи адгезини дахлдор воқеан ифода шудааст ё бактерия вазифаи муайяни адгезияро иҷро мекунад.

Дар маҷмӯъ fimH дар 33/37 ва papG дар 18/37 намунаи UPEC бо qPCR ошкор шуданд.

Қимати Ct дар qPCR чӣ маъно дорад?

Ct шумораи даврҳоеро дар PCR-и вақти воқеӣ ифода мекунад, ки сигнали флуорессентӣ аз ҳадди муайяншуда мегузарад. Дар шароити якхелаи assay ва барои як ҳадаф қиматҳои Ct метавонанд барои тавсифи он истифода шаванд, ки сигнали амплификатсия чӣ қадар барвақт пайдо шудааст.

Аммо ин таҳқиқот қиматҳои Ct-и 16S, fimH ва papG-ро ба экспрессияи ген, шумораи мутлақи нусхаҳои ген ё бори бактериявӣ табдил надодааст. Фарқҳои байни қиматҳои Ct-и ҳадафҳои гуногун низ ҳамчун фарқи бори бактериявӣ ё экспрессия тафсир нашудаанд. Илова бар ин, “ND” нишон медиҳад, ки дар qPCR амплификатсия ошкор нашуд; он аз ҷиҳати биологӣ исбот намекунад, ки ген комилан вуҷуд надорад.

Чаро Натиҷаҳои papG дар qPCR ва WGS Яксон Набуданд?

Ҳар ду намунаи интихобшудаи UPEC дар qPCR ҳам барои fimH ва ҳам papG мусбат буданд, дар ҳоле ки скрининги гомологии асосёфта ба WGS fimH-ро дар ҳар ду геном ва papG-ро танҳо дар UPEC2 ҳамчун мувофиқати болотар аз ҳад ошкор кард; манбаъ ин номувофиқии UPEC1-ро ҳамчун хатои ҳалшуда тафсир намекунад ва танҳо хосияти assay, вариатсияи пайдарпаӣ, template-и омехта ё маҳдудияти assembly-ро ҳамчун шарҳҳои эҳтимолӣ номбар мекунад.

Чаро “no qualifying hit” маънои “ген вуҷуд надорад”-ро надорад?

Дар скрининги вирулентнокии WGS барои он ки мувофиқати ABRicate ҷавобгӯ ба меъёр ҳисоб шавад, ҳадди ақал %80 ҳаммонандии нуклеотидӣ ва ҳадди ақал %80 фарогирии референс талаб карда шуд. Натиҷаи поёнтар аз ин ҳадҳо ҳамчун “no qualifying hit” тасниф гардид.

Ин ибора нишон медиҳад, ки меъёри муайяни скрининг иҷро нашудааст. Он маънои онро надорад, ки ген аз ҷиҳати биологӣ комилан вуҷуд надорад. Манбаъ ҳуҷайраҳои хокистарии “NH”-ро дар Расми 8 низ на ҳамчун ҳаммонандии сифрфоиза, балки ҳамчун категорияи скрининг, ки дар он мувофиқати ҷавобгӯ ба меъёр ёфт нашудааст, тавсиф мекунад.

Усул ва Натиҷаҳои Таҳқиқот

Сохтори ҳамгирошудаи тарҳи таҳқиқот

Коркарди намунаҳои хун

Аз ҳар иштирокчӣ хуни венозии периферӣ ба таври асептикӣ гирифта шуд. 200 µL хуни пурра ба найчаи дорои EDTA ҷудо карда шуда, барои экстраксияи DNA-и геномӣ ва генотипкунии IL6R rs2228145 истифода гардид. Хуни боқимонда центрифуга карда шуд, плазмаи ҷудошуда ба микротубҳои нишондор гирифта шуда, то ченкунии IL-6 ва sIL-6R дар шароити яхкардашуда нигоҳ дошта шуд.

Культураи пешоб

Дар ҳамон боздид намунаҳои пешоб ба зарфҳои стерилӣ, нишондор ва даҳонашон васеъ гирифта шуданд. Намунаҳо зуд ба лабораторияи микробиологии Al-Arabi Hospital интиқол ёфта, ба муҳитҳои мувофиқи бактериологӣ кошта шуданд ва дар 37 °C дар шароити аэробӣ барои 18–24 соат инкубатсия шуданд. Организмҳои афзуда бо усулҳои стандартии микробиологӣ ва биохимиявӣ муайян карда шуданд.

Усули qPCR-и бактериявӣ

DNA-и геномии бактериявӣ бо ZymoBIOMICS DNA Miniprep Kit экстраксия карда шуд. Бо найчаҳои лизиси ZR BashingBead майдакунии механикӣ анҷом дода шуд; сипас тозакунии DNA дар асоси колонка ва хориҷ кардани ингибиторҳо татбиқ гардид.

Консентратсияи DNA бо Qubit dsDNA HS Assay Kit ва тозагӣ бо спектрофотометри Nabi арзёбӣ шуд.

Барои 16S rRNA, fimH ва papG PCR-и вақти воқеӣ истифода шуд. Ҳар реаксияи 20 µL аз 10 µL KAPA SYBR Green FAST qPCR Universal mix, 0,4 µL forward primer, 0,4 µL reverse primer, 3 µL DNA-и экстраксияшуда ва 6,2 µL оби бе нуклеаза иборат буд.

Ёддошт оид ба такроршавандагӣ: Манбаъ омехтаи реаксияи qPCR-и бактериявӣ ва манбаъҳои праймерҳоро гузориш мекунад; аммо дар матни асосӣ барои ин qPCR профили алоҳидаи termal cycling дода нашудааст. Verianla профили ҳароратии мавҷуднабудаи онро тахмин карда пур намекунад.

Хатти лабораторӣ ва биоинформатикии WGS

Китобхонаҳои ду изоляти интихобшудаи UPEC бо MGIEasy Fast FS Library Prep Set V2.0 омода карда шуданд. DNA ба таври ферментативӣ пора карда шуд, end-repair ва A-tailing татбиқ гардид, адаптерҳои dual-barcode пайваст карда шуданд ва PCR enrichment анҷом дода шуд.

Андозаи фрагмент бо Qsep1 fragment analyzer ва консентратсияи китобхона бо Qubit dsDNA HS арзёбӣ шуд. Аз китобхонаҳои якҷошуда бо истифода аз DNBSEQ OneStep DNB Make Reagent Kit template-ҳои ҳалқавии якзанҷираи DNA ва DNA nanoball-ҳо сохта шуданд.

Секвениронӣ дар платформаи DNBSEQ-G99 бо G99 FCL PE150 reagent set анҷом дода шуда, хонданҳои paired-end 150 bp истеҳсол шуданд.

Натиҷаҳои ду геноми интихобшуда

Ин ҷадвал танҳо ду геномро тавсиф мекунад. Генҳои вирулентнокие, ки дар UPEC1 ва UPEC2 ошкор шудаанд, паҳншавии ин генҳоро дар ҳамаи 37 намунаи UPEC нишон намедиҳанд ва исбот намекунанд, ки генҳо ифода шудаанд ё аз ҷиҳати функсионалӣ фаъоланд.

Оё ду намунаи интихобшудаи WGS дигар намунаҳои UPEC-ро намояндагӣ мекунанд?

Не. Ҳар ду изоляти WGS дар qPCR fimH+/papG+ буданд, дар ҳоле ки 13 аз 35 намунаи дигари UPEC дукарата мусбат буданд. Дар санҷиши Fisher exact p = 0,158 хом ва p = 0,441 ислоҳшуда ёфт шуд. Зермаҷмӯи WGS-и иборат аз ду намуна намояндагии тамоми гурӯҳи UPEC-ро исбот карда наметавонад.

Манбаъ ин муқоисаҳои Ct-ро ҳамчун муқоисаи бори мутлақи бактериявӣ тафсир намекунад.

Таҳлили оморӣ чӣ гуна анҷом дода шуд?

Омори мақолаи таҷдидшуда бо Python 3.12.14 аз нав истеҳсол шуд. pandas 2.2.3, NumPy 2.3.5, SciPy 1.18.1 ва statsmodels 0.15.0 истифода шуданд; расмҳо бо Matplotlib 3.10.9 ва 3.11.2 омода карда шуданд.

Тағйирёбандаҳои пайваста ҳамчун mean ± SD ё median [IQR], тағйирёбандаҳои категориявӣ ҳамчун шумора ва фоиз ҷамъбаст шуданд. Ҳамаи таҳлилҳои биомаркер 80 иштирокчиро дар бар гирифтанд, дар таҳлилҳои дигар мушоҳидаҳои дастрас истифода шуданд ва imputatsiya-и қиматҳои гумшуда анҷом дода нашуд.

• Арзёбии тақсимот ва варианс: Shapiro–Wilk ва Brown–Forsythe/Levene.
• Муқоисаи тағйирёбандаҳои пайваста: Welch t-test ё Mann–Whitney U.
• Муқоисаҳои категориявӣ: хи-квадрат ё Fisher exact.
• Биомаркер аз рӯи генотипҳо: Kruskal–Wallis.
• Мувозинати Hardy–Weinberg: хи-квадрат бо 1 дараҷаи озодӣ дар ҳар гурӯҳи BMI.
• Андозаҳои таъсир: Hedges g, Cliff delta, odds ratio ё Cramer V.
• Коррелятсия: Spearman rho.
• Назорати санҷишҳои сершумор: Benjamini–Hochberg барои 14 санҷиши пешакӣ муайяншуда.
• Модели генотип–биомаркер: ordinary least squares model, ки гурӯҳи BMI ва дозаи аллели C-ро дар консентратсияи log-трансформатсияшуда дар бар мегирад.

Дар моделҳои лог-хаттии генотип коэффитсиентҳо ба шакли экспоненсиалӣ табдил дода шуда, ҳамчун fold-change барои ҳар аллели иловагии C гузориш шуданд. Ин моделҳо ковариатҳои клиникии иловагиро дар бар нагирифтанд.

Фосилаҳои эътимод ва p-арзишҳои IL-6 номуайянии каҷи калибровкаро алоҳида ба модел дохил накардаанд. Ин ҷузъ махсусан дар тафсири ченкунӣ дар минтақаи пасти IL-6 муҳим аст.

Натиҷаҳое, ки таҳқиқот дастгирӣ мекунад ва намекунад

Ҷиҳатҳои қавии таҳқиқот

• Андозагириҳои мизбон ва микробиологӣ дар ҳамон 80 иштирокчӣ якҷоя анҷом дода шуданд.
• Дар баробари IL-6 ва sIL-6R генотипкунии IL6R rs2228145 арзёбӣ шуд.
• Натиҷаҳои культура бо qPCR-и ҳадафнок дастгирӣ шуданд.
• Дар изолятҳои интихобшуда бо WGS профилсозии хат ва вирулентнокӣ анҷом дода шуд.
• Барои мувофиқатҳои WGS ҳади равшани ≥%80 ҳаммонандӣ ва ≥%80 фарогирӣ нишон дода шуд.
• Барои оилаи 14-санҷишии муқоисаҳои сершумор ислоҳи Benjamini–Hochberg истифода шуд.
• Равишҳои алтернативии калибровка барои IL-6 ҳамчун таҳлили ҳассосият нишон дода шуданд.
• Муаллифон ҳудудҳои тафсирро барои Ct, WGS hit ва робитаҳои иктишофии генотип равшан баён карданд.

Маҳдудиятҳои асосии таҳқиқот

• Тарҳи буришӣ сабабият ва тартиби вақтро муқаррар карда наметавонад.
• Азбаски санаҳо ва сабтҳои ташхисии эпизодҳои қаблии СРП мавҷуд нестанд, таърифи стандартии такроршавӣ тасдиқ нашудааст.
• Дурустии мутлақи IL-6 дар минтақаи консентратсияи паст номуайян аст.
• Фосилаҳои эътимод ва p-арзишҳои IL-6 номуайянии калибровкаро дар бар намегиранд.
• Азбаски дар fit-и 4PL варианси сатҳи репликат мавҷуд набуд, вазнгузорӣ иҷро нашуд.
• Таҳлилҳои генотип–биомаркер иктишофӣ мебошанд ва ислоҳи муқоисаҳои сершумор татбиқ нашудааст.
• Моделҳои лог-хаттии генотип ғайр аз гурӯҳи BMI ковариатҳои клиникии иловагӣ надоранд.
• Функсияи ретсептор чен нашудааст.
• qPCR ошкоркунии DNA-и ҳадаф аст; функсияи адгезин ё экспрессияи генро чен намекунад.
• WGS танҳо дар ду изоляти интихобшудаи UPEC анҷом дода шуд.
• Ду геном ҳамаи намунаҳои UPEC-ро намояндагӣ карда наметавонанд.
• Номувофиқии UPEC1 papG байни qPCR ва WGS ҳал нашудааст.
• “No qualifying hit” маънои набудани биологии генро надорад.
• Бо WGS мавҷудияти ген, экспрессияи ген ё вирулентнокии функсионалӣ нишон дода нашудааст.
• Рақамҳои хоми SRA accession барои ду геном дар санаи нашр ҳанӯз барои ҷомеа дастрас набуданд.

Паёми асосии илмии таҳқиқот

Хулосаи асосии ин таҳқиқот “фарбеҳӣ сабаби СРП-и такроршавандаи аз UPEC ба вуҷудомада мебошад” нест. Таҳқиқот нишон медиҳад, ки дар ин намунаи 80-нафара, ки таърихи СРП-и такроршавандаро гузориш карданд, гурӯҳи фарбеҳӣ баҳогузориҳои баландтари IL-6 ва консентратсияҳои баландтари sIL-6R дошт; тақсимоти генотипи IL6R rs2228145 байни гурӯҳҳои BMI фарқи назаррас нишон надод; байни дозаи аллели C ва махсусан sIL-6R робитаи иктишофӣ пайдо шуд ва таҳлилҳои культураи пешоб/qPCR/WGS хусусиятҳои гуногуни адгезин ва вирулентнокиро дар гурӯҳи UPEC тавсиф карданд.

Чен кардани илтиҳоби мизбон, вариатсияи генетикӣ ва хусусиятҳои бактериявӣ дар як таҳқиқот аз ҷиҳати илмӣ арзишманд аст; аммо тарҳи мавҷуда нишон намедиҳад, ки онҳо дар як механизми ягонаи сабабӣ ба ҳам пайвастанд.

Ёддошт оид ба Манбаъ ва Усул

Унвони аслӣ: Integrated Host IL-6 Axis, IL6R rs2228145, and Uropathogenic Escherichia coli Virulence Profiling in Obesity and Recurrent Urinary Tract Infection

Муаллифон: Zahra K. Saeed; Hibbat Al-Rahman R. Rickad; Basil A. Abbas.

Муаллифи масъул: Basil A. Abbas.

Саҳми баробар: Дар манбаъ изҳорот дар бораи муаллифии якуми баробар ё саҳми баробар зикр нашудааст.

Муассиса 1: College of Dentistry, University of Basrah, Basrah 61001, Iraq.

Муассиса 2: College of Medical and Health Technology, Al-Kunooze University, Basrah 61001, Iraq.

Маҷалла: Acta Microbiologica Hellenica.

Ношир: MDPI, аз номи Hellenic Society for Microbiology.

Навъи манбаъ: Article; таҳқиқоти буришии мушоҳидавии инсон.

Сабти библиографӣ: Acta Microbiologica Hellenica, 2026, ҷилди 71, мақолаи 45.

DOI: 10.3390/amh71040045

Ҷадвали вақти нашр: Received: 14 Сентябр 2026; Revised: 16 Октябр 2026; Accepted: 22 Октябр 2026; Published: 27 Октябр 2026.

Вазъи ҳамсанҷӣ: Мақолаи таҳқиқотии нашршуда мебошад; Acta Microbiologica Hellenica маҷаллаи байналмилалии ҳамсанҷишудаи дастрасии кушода дар микробиологияи тиббӣ мебошад.

Иҷозатнома: Creative Commons Attribution (CC BY).

Вазъи preprint: Манбаи баррасишуда версияи нашршудаи маҷалла мебошад; дар манбаъ идентификатори алоҳидаи preprint зикр нашудааст.

Ҷой ва вақти таҳқиқот: Якчанд беморхона дар Ироқ; Декабр 2025–Феврал 2026.

Намуна: 80 иштирокчии 19–66 сола; 66 зан ва 14 мард. Фарбеҳӣ n = 40, вазни муқаррарӣ n = 40.

Таърифҳои BMI: Фарбеҳӣ BMI ≥ 30 kg/m²; вазни муқаррарӣ BMI 18,5–24,9 kg/m².

Маҳдудияти таърихи СРП: Аз ду то шаш эпизод гузориш шудааст; азбаски санаҳои эпизодҳо ва ҳуҷҷатҳои ташхисӣ мавҷуд нестанд, таърифи стандартии такроршавӣ тасдиқ нашудааст.

Ченкуниҳои мизбон: IL-6 ELISA, sIL-6R ELISA, генотипкунии IL6R rs2228145 бо TaqMan.

Ченкуниҳои микробиологӣ: Культураи пешоб, qPCR-и ҳадафнок барои 16S rRNA/fimH/papG ва WGS дар ду изоляти интихобшудаи UPEC.

Усули IL-6: Human IL-6 kit E0090Hu; 450 nm; fit-и 4PL-и бевазн ба шаш стандарт; консентратсия бо каҷи баръакс ҳисоб карда шуд.

Маҳдудияти ченкунии IL-6: 20 ng/L аввалин стандарти ғайрисифрӣ аст; LLOQ-и тасдиқшуда нест. Дурустӣ дар диапазони паст номуайян аст.

Усули sIL-6R: Human Soluble Interleukin 6 Receptor kit E0226Hu; дар манбаъ доираи assay 0,5–150 ng/mL ва ҳассосият 0,24 ng/mL дода шудааст.

Маҳдудияти такроршавандагии qPCR-и бактериявӣ: Омехтаи реаксия гузориш шудааст; матни асосӣ профили алоҳидаи termal cycling-ро пешниҳод намекунад.

Платформаи WGS: DNBSEQ-G99; paired-end 150 bp.

Нармафзори сифат/скрининги WGS: FastQC v0.12.1, MultiQC v1.33, fastp v1.1.0, SPAdes v4.2.0, mlst v2.19.0, ABRicate v1.2.0, minimap2 v2.30-r1287 ва samtools v1.20.

Ҳадди WGS hit: ≥%80 ҳаммонандии нуклеотидӣ ва ≥%80 фарогирии референс.

Нармафзори оморӣ: Python 3.12.14; pandas 2.2.3; NumPy 2.3.5; SciPy 1.18.1; statsmodels 0.15.0; Matplotlib 3.10.9/3.11.2.

Ислоҳи санҷишҳои сершумор: Benjamini–Hochberg барои 14 санҷиши пешакӣ муайяншуда.

Таҳлилҳои иктишофӣ: HWE, pairwise Fisher ва таҳлилҳои генотип–биомаркер дар манбаъ иктишофӣ ва барои муқоисаҳои сершумор ислоҳнашуда мебошанд.

Натиҷаи асосии биомаркер: Дар гурӯҳи фарбеҳӣ IL-6 28,04 ± 3,37 ng/L, дар вазни муқаррарӣ 18,43 ± 1,41 ng/L; sIL-6R 39,87 ± 9,15 дар муқобили 33,69 ± 8,44 ng/mL.

Натиҷаи асосии генетикӣ: Басомадҳои генотипи IL6R rs2228145 байни гурӯҳҳои BMI фарқи назаррас нишон надоданд.

Натиҷаи иктишофии аллел: Дар модели бо BMI ислоҳшуда fold-change барои ҳар аллели иловагии C барои IL-6 1,06 ва барои sIL-6R 1,34 аст.

Натиҷаи культура: UPEC 37/80; афзоиши назаррас нест 20/80; K. pneumoniae 10/80; P. mirabilis 6/80; E. faecalis 4/80; S. saprophyticus 3/80.

Натиҷаи qPCR: Дар намунаҳои UPEC fimH 33/37, papG 18/37.

Натиҷаи WGS: UPEC1 ST127/O6:H31; UPEC2 ST131/O25:H4.

Номувофиқии qPCR–WGS: Ҳар ду намунаи интихобшуда papG qPCR-мусбат буданд, аммо мувофиқати WGS-и ҷавобгӯ ба меъёр барои papG танҳо дар UPEC2 ёфт шуд; сабаб дақиқ муайян нашудааст.

Кумитаи ахлоқ: University of Basrah Review Board Ethics Committee; UOB-ETH-2025-13; Ноябр 2025.

Ризоияти огоҳона: Аз ҳамаи иштирокчиёни инфиродӣ гирифта шуда, ҳуҷҷатҳои хаттӣ пеш аз ҷамъоварии намуна бойгонӣ шудаанд.

Маблағгузорӣ: Маблағгузории беруна гирифта нашудааст.

Бархӯрди манфиатҳо: Муаллифон бархӯрди манфиатҳоро гузориш накардаанд.

Дастрасии маълумот: Саҳмҳои аслии мақола дар дохили мақола пешниҳод шудаанд. Ҷойгир кардани хонданҳои хоми paired-end-и ду изоляти интихобшуда дар NCBI SRA ба нақша гирифта шудааст; ҳангоми нашри мақола рақамҳои BioProject, BioSample ва SRA run accession ҳанӯз дастрас набуданд.

Саҳмҳои муаллифон: Conceptualization, methodology, investigation, data curation, formal analysis, visualization, writing—original draft, writing—review and editing, supervision ва project administration аз ҷониби Zahra K. Saeed ва Hibbat Al-Rahman R. Rickad гузориш шудааст. Саҳми Basil A. Abbas, ки дар манбаъ нишон дода шудааст, correspondence бо маҷалла мебошад.

Маҳдудияти асосии тафсир: Натиҷаҳо дар гурӯҳи фарбеҳӣ баҳогузориҳои баландтари IL-6 ва консентратсияҳои баландтари sIL-6R, инчунин тавсифи муфассали ду геноми UPEC-ро нишон медиҳанд; аммо механизми сабабӣ байни фарбеҳӣ, илтиҳоби мизбон, вирулентнокии UPEC ва СРП-и такроршавандаро исбот намекунанд.