Скелетизатсияи гистологӣ (skeletonization) усули биниши компютерист, ки объектҳои тасвири бинариро бо нигоҳ доштани робитаҳо ва сохтори асосии топологии онҳо то ҳадди имкон ба намоишҳои хаттии якпикселӣ табдил медиҳад. Ин таҳқиқоти ретроспективии мушоҳидавӣ бо истифода аз skeletonization дар тасвирҳои рақамии гистологии бо гематоксилин-эозин (H&E) рангшуда гетерогении топологии дученакаи лимфомаи диффузии калонҳуҷайраи B (Diffuse Large B-Cell Lymphoma, DLBCL)-ро омӯхтааст. Дар таҳқиқот 110 ҳолати DLBCL ва барои муқоиса 43 ҳолати бофтаи лимфоидии реактивӣ, ҷамъ 153 бемор, арзёбӣ шудаанд.

Ду натиҷае, ки дар назари аввал муҳим менамоянд, дар асл ба муқоисаҳои гуногун дахл доранд. Масоҳати миёнаи skeletonization дар бофтаи DLBCL нисбат ба бофтаи лимфоидии реактивӣ пасттар аст: 5665,20 ± 1012,82 дар муқобили 6341,16 ± 548,23; фарқ p < 0,001 аст. Аммо ҳангоми муқоисаи танҳо ҳолатҳои DLBCL бо ҳам, зиндамонии умумии гурӯҳи skeletonization-и баланд нисбат ба гурӯҳи skeletonization-и паст бадтар аст. Қимати hazard, ки барои skeletonization-и баланд гузориш шудааст, 2,484 мебошад; фосилаи эътимоди %95 1,362–4,531 ва p = 0,003 аст.

Skeletonization-и баланд инчунин бо марг дар ду соли аввал, мусбатии баландтари EBER-и вируси Epstein–Barr, entropy-и баландтари гистологӣ ва сатҳҳои пасттари баъзе маркерҳои сафедагӣ алоқаманд дониста шудааст. Дар гурӯҳи skeletonization-и паст марг дар ду соли аввал 9/45 (%20), дар гурӯҳи skeletonization-и баланд 28/65 (%43,1) гузориш шудааст. Мусбатии EBER дар ҳолатҳои қобили арзёбӣ мутаносибан 4/44 (%9,1) ва 24/64 (%37,5) будааст.

Экспрессияи ген танҳо дар зермаҷмӯае аз 30 ҳолати DLBCL арзёбӣ шудааст. Дар ин зермаҷмӯа 18 ҳолати skeletonization-и баланд ва 12 ҳолати skeletonization-и паст мавҷуд аст. Дар гурӯҳи skeletonization-и баланд 166 гени иммунӣ-онкологӣ ва дар гурӯҳи паст 8 ген экспрессияи баландтар нишон додаанд. Дар таҳлилҳои марбут ба гурӯҳи skeletonization-и баланд генҳое чун CD274 (PD-L1), NFKB1A, CD68, CSF1R, CCR5, ITGAM ва TGFB1, инчунин маҷмӯаҳои генҳои вобаста ба IL6–JAK–STAT3, посухи илтиҳобӣ, TNF/NFKB, KRAS, апоптоз ва вазифаҳои макрофагӣ барҷаста буданд.

Ин натиҷаҳо нишон медиҳанд, ки skeletonization метавонад барои миқдорисозии гетерогении гистологӣ дар DLBCL ва арзёбӣ дар таҳқиқоти прогностикӣ хусусияти эҳтимолии тасвирӣ бошад. Бо вуҷуди ин, таҳқиқот якмарказӣ, ретроспективӣ ва бар шумораи маҳдуди ҳолатҳо асос ёфтааст. Ҳадди ададие, ки барои ҷудокунии skeletonization-и баланд/паст истифода шудааст, ошкоро гузориш нашудааст; тасдиқи мустақили берунӣ ва истифодаи проспективии клиникӣ нишон дода нашудаанд. Аз ин рӯ, skeletonization имрӯз бар асоси танҳо ин таҳқиқот наметавонад ҳамчун санҷиши клиникие тафсир шавад, ки худ аз худ ташхис, интихоби табобат ё пешгӯии инфиродии беморро медиҳад.

Лимфомаи диффузии калонҳуҷайраи B чӣ мушкил эҷод мекунад?

Лимфомаи диффузии калонҳуҷайраи B (DLBCL) лимфомаи аз ҷиҳати морфологӣ ва клиникӣ гетерогенӣ мебошад, ки бо пролифератсияи диффузии лимфоситҳои калони неопластикии B тавсиф мешавад. Ҳолатҳои дохили ҳамон категорияи ташхисии DLBCL метавонанд аз рӯйи морфологияи ҳуҷайра, хусусиятҳои молекулавӣ, иммунофенотип ва рафтори клиникӣ аз ҳам фарқ кунанд. Ин гетерогенӣ омӯзиши на танҳо он чизеро, ки кадом сафедаҳоро ҳуҷайраҳо экспрессия мекунанд ё кадом тағйироти гениро доранд, балки тарзи ташкил ёфтани бофтаи гистологиро дар тасвир низ пурмаъно месозад.

Равиши асосии таҳқиқот табдил додани як қисми мураккабии микроскопии барои патолог намоён ба хусусияти ададии топологӣ бо истифода аз биниши компютерӣ мебошад. Таҳқиқотгарон қаблан тасодуфият ва мураккабии бофта дар гистологияи DLBCL-ро бо entropy омӯхта буданд. Дар ин таҳқиқот бошад хусусияти дигари топологӣ — skeletonization — арзёбӣ шудааст.

Skeletonization-и Гистологӣ Чист?

Skeletonization-и гистологӣ раванди коркарди тасвир аст, ки пас аз табдил додани тасвири H&E ба тасвири бинарӣ сохторҳои foreground-и тасвирро ба скелети хаттии топологии якпикселӣ коҳиш медиҳад; дар ин таҳқиқот ҳадаф чен кардани мустақими ҳаҷми варам нест, балки миқдорисозии зичии шабакаи хаттии дученакае мебошад, ки аз сарҳадҳои ҳуҷайравӣ ва ҷузъҳои муҳити микроӣ ба вуҷуд меояд.

Барои фаҳмидани ғояи асосии skeletonization аввал мафҳуми “топология”-ро ҷудо кардан лозим аст. Топология танҳо ба андозаи объект дахл надорад; он инчунин ба робитаҳо, шохабандиҳо, холигиҳо ва ташкилоти сохтории объект дахл дорад. Дар раванди skeletonization-и дученака ҳангоми борик кардани объекти ғафси тасвир ба самти хати марказӣ ҳадаф нигоҳ доштани тартиби асосии робитаҳои объект мебошад.

Манбаъ мегӯяд, ки раванди skeletonization объектҳоро ба хатҳои каҷи якпикселӣ коҳиш медиҳад ва ҳадаф дорад топология ва характеристикаи Euler-ро нигоҳ дорад. Характеристикаи Euler бузургии математикӣ аст, ки хусусиятҳои топологии шакл, аз ҷумла ҷузъҳои пайваст ва холигиҳои дохилии онро ҷамъбаст мекунад. Муҳим он аст, ки skeletonization тасвирро танҳо хурд намекунад, балки онро ба сохтори хаттии содатаре табдил медиҳад, ки тартиби робитаҳоро ифода мекунад.

Дар тафсири гистологии таҳқиқот хатҳои skeleton танҳо ҳуҷайраҳои неопластикии B-ро ифода намекунанд. Илова ба сарҳадҳои ҳуҷайравӣ, лимфоситҳо, нейтрофилҳо, ҳуҷайраҳои некротикӣ, ҳуҷайраҳои дар апоптозбуда ва сохторҳои дигар дар матрикси берунҳуҷайравӣ низ метавонанд ба мураккабии хаттии ҳосилшуда саҳм гузоранд. Аз ин рӯ, масоҳати skeletonization ҳаммаънои “шумораи ҳуҷайраҳои саратонӣ” ё “фоизи варам” нест.

Тасвирҳо барои skeletonization чӣ гуна омода шуданд?

Препаратҳои DLBCL H&E бо низоми пурраи тасвирбардории слайд NanoZoomer S360 рақамӣ карда шуданд, бо NDP.view2 дида шуданд ва аз ҳар ҳолат дар калонкунии 200×, 150 dpi тасвирҳои JPEG содир карда шуданд. Сипас барои беҳтар кардани самаранокии коркард тасвирҳо ба patch-ҳои андозаи 224 × 224 × 3 ҷудо карда шуданд.

Дар ифодаи “224 × 224 × 3” ду рақами аввал баландӣ ва паҳнои тасвирро бо пиксел, рақами сеюм се канали рангаи тасвири RGB-ро нишон медиҳад. Аз ин рӯ, patch-и ибтидоӣ тасвири ранга аст.

Ҳар як patch аз ҷониби патологи тиббӣ ба таври дастӣ дубора арзёбӣ шудааст. Patch-ҳои зерин хориҷ карда шуданд:

• тасвирҳое, ки андозаашон аз 224 × 224 × 3 фарқ мекунад,
• patch-ҳое, ки дар камтар аз %80 мундариҷаи онҳо бофта мавҷуд аст,
• минтақаҳое, ки шикаста, пахшшуда ё дорои дигар артефактҳои техникӣ мебошанд,
• минтақаҳои ғайриташхисӣ,
• минтақаҳои некроз ва бофтаи лимфоидии муқаррарӣ дар намунаҳои DLBCL.

Чаро complement ва тасвири бинарӣ муҳиманд?

Алгоритми skeletonization бояд донад, ки кадом пикселҳо “объект” ва кадомашон “замина” ҳисоб мешаванд. Матни усули манбаъ мегӯяд, ки сохторҳои мавриди таваҷҷуҳ хатҳои тира дар заминаи равшананд ва барои skeletonization foreground бояд аз ҷиҳати мантиқӣ сафед/1 ва замина сиёҳ/0 бошад. Аз ин рӯ, дар тавсифи усул гуфта мешавад, ки complement-и тасвири аслии хокистарӣ истифода шудааст.

Номувофиқии татбиқ дар дохили манбаъ: Гарчанде дар пораҳои коди MATLAB-и нашршуда дар Ҷадвали 1-и мақола даъватҳои rgb2gray, imbinarize ва bwskel дида мешаванд, қадами ошкори imcomplement дида намешавад. Verianla ин холигиро бо навиштани коди нав пур намекунад. Бояд ошкоро нигоҳ дошта шавад, ки тавсифи матнии усул ва коди нашршуда дар ин нуқта пурра мутобиқ нестанд.

Чаро pruning ҷузъиёти муҳими усул аст?

Пас аз skeletonization дар баъзе тасвирҳо шохаҳои хеле кӯтоҳи паҳлӯӣ ё сохторҳои “spur”, ки аз скелети асосӣ мебароянд, метавонанд боқӣ монанд. Дар баъзе барномаҳо ин шохаҳои хурд тоза карда шуда, skeleton содда карда мешавад; ин pruning ном дорад. Дар ин таҳқиқот pruning татбиқ нашудааст. Аз ин рӯ, шохаҳои кӯтоҳи паҳлӯӣ низ дар сохтори skeleton-и ченшуда боқӣ мондаанд.

Ин интихоб муҳим аст, зеро сохтори пикселии ташаккулдиҳандаи масоҳати skeletonization метавонад шохаҳои хурдро низ дар бар гирад. Агар таҳқиқотгари дигар ба ҳамин тасвирҳо pruning татбиқ кунад, фарз кардан мумкин нест, ки ҳамон қиматҳои масоҳатро ба даст меорад.

Масоҳати skeletonization чӣ гуна ҳисоб карда шуд?

Дар MATLAB ба тасвири skeletonizeшуда regionprops(...,"Area") татбиқ шуда, масоҳатҳои минтақаҳои ҳосилшуда ҷамъ карда шуданд. Вазифаи математикии коди манбаъро ба таври омӯзишӣ чунин ифода кардан мумкин аст:

\[ A_{\mathrm{skel}}=\sum_{k=1}^{m}A_k \]

Дар ин ҷо \(A_{\mathrm{skel}}\) масоҳати умумии skeletonization барои як patch-и тасвир, \(A_k\) масоҳати тасвирии минтақаи \(k\)-уми skeleton, ки аз ҷониби regionprops муайян шудааст, ва \(m\) шумораи минтақаҳои ёфтшударо нишон медиҳад.

Ин муодила дар манбаъ муодилаи математикӣ бо рақамгузорӣ нест; он намоиши омӯзишии математикии амали sum([stats.Area]) дар коди нашршудаи MATLAB мебошад.

Нуктаи муҳим аз ҷиҳати воҳид: Мақола қиматҳои skeletonization-ро бо воҳиди физикии mm² ё µm² гузориш намекунад. Аз ин рӯ, қиматҳои монанди 5665 ё 6341 набояд мустақиман ҳамчун масоҳати воқеии сатҳи бофта хонда шаванд. Онҳо қиматҳои масоҳати ба тасвир асосёфтаанд, ки pipeline-и коркарди тасвири манбаъ ҳосил кардааст.

Азбаски хатҳои skeleton то паҳнои як пиксел коҳиш дода мешаванд, масоҳати баланди skeletonization одатан нишон медиҳад, ки дар тасвир сохтори хаттии skeleton бештар ё зичтар аст. Бо вуҷуди ин, қимат ҳамчун метрикаи сирф геометрии “дарозии умумии хат” муайян нашудааст; тағйирёбандаи истифодашуда дар таҳқиқот ҷамъи масоҳатҳои regionprops мебошад.

Фарқи байни 4-connectivity ва 8-connectivity чист?

Манбаъ мегӯяд, ки bwskel, ки дар таҳлили ниҳоӣ истифода шудааст, ва равиши санҷидашудаи bwmorph(...,"skel") таърифҳои гуногуни пайвастагиро истифода мебаранд. Дар ҳамсоягии пикселии чорпайваста ҳамсояҳои асосӣ пикселҳои боло, поён, рост ва чап мебошанд; дар ҳамсоягии ҳаштпайваста чор пиксели диагоналӣ низ ба ҳамсоягӣ дохил мешаванд. Таърифи пайвастагӣ метавонад ба он таъсир расонад, ки кадом пикселҳо қисми як сохтор ҳисоб мешаванд ва дар натиҷа геометрияи skeleton чӣ гуна ташаккул меёбад.

Манбаъ барои таҳлили ниҳоӣ танҳо функсияи bwskel-ро истифода кардааст. Версияи MATLAB ҳамчун R2026a Update 4 (26.1.0.3312084) гузориш шудааст.

Агар DLBCL Нисбат Ба Бофтаи Реактивӣ Skeletonization-и Пасттар Нишон Диҳад, Чӣ Гуна Skeletonization-и Баланд Дар Дохили DLBCL Метавонад Бо Пешгӯии Бад Алоқаманд Бошад?

Инҳо як муқоиса нестанд: натиҷаи аввал гурӯҳи ташхисии DLBCL-ро бо бофтаи лимфоидии реактивӣ муқоиса мекунад, натиҷаи дуюм бошад танҳо 110 ҳолати DLBCL-ро дар дохили худ ба гурӯҳҳои skeletonization-и паст ва баланд ҷудо мекунад; аз ин рӯ, ёфтаи “DLBCL дар маҷмӯъ пасттар аст” ва ёфтаи “дар дохили DLBCL қимати нисбатан баланд бо зиндамонии бадтар алоқаманд аст” аз ҷиҳати математикӣ ё биологӣ ба ҳам зид нестанд.

Миёнаи бофтаи лимфоидии реактивӣ 6341,16 ± 548,23 ва миёнаи DLBCL 5665,20 ± 1012,82 аст. Қиматҳои DLBCL аз 3396,12 то 8176,94 тағйир ёфта, медиана 5591,65 гузориш шудааст. Ин тақсимоти васеъ нишон медиҳад, ки ҳолатҳои DLBCL сохтори якхелаи топологӣ надоранд.

Ин натиҷа барои фарқ кардани DLBCL аз бофтаи реактивӣ ҳадди ташхисии аз ҷиҳати клиникӣ тасдиқшударо пешниҳод намекунад. Таҳқиқот тақсимотҳоро дар сатҳи гурӯҳ муқоиса кардааст.

Гурӯҳҳои skeletonization-и баланд ва паст чӣ гуна ташкил шуданд?

Манбаъ аз 110 ҳолати DLBCL 45 ҳолатро skeletonization-и паст (%40,9) ва 65 ҳолатро skeletonization-и баланд (%59,1) тасниф мекунад. Аммо дар матни усул ва натиҷаҳо ҳадди ададӣ ё қоидаи қарор, ки ин таснифро ба вуҷуд овардааст, ошкоро гузориш нашудааст.

Додани медианаи DLBCL ҳамчун 5591,65 далели он нест, ки ҷудокунии баланд/паст аз рӯйи медиана анҷом шудааст. Агар ҷудокунии медианӣ татбиқ мешуд, интизор мерафт, ки ду гурӯҳ тақрибан андозаи баробар дошта бошанд; тақсимоти мушоҳидашудаи 45/65 худ аз худ нишон намедиҳад, ки кадом усули ҳадд истифода шудааст. Аз ин рӯ, Verianla ягон қимати cutoff эҷод намекунад.

Skeletonization-и Баланд Дар DLBCL Аз Нигоҳи Зиндамонӣ Чӣ Маъно Дорад?

Дар силсилаи DLBCL-и ин таҳқиқот гурӯҳи skeletonization-и баланд нисбат ба гурӯҳи паст бо зиндамонии умумии бадтар алоқаманд дониста шудааст; дар муқоисаи Kaplan–Meier/log-rank p = 0,002, дар таҳлили Cox HR/Exp(B)-и гузоришшуда тақрибан 2,48 ва фосилаи эътимоди %95 1,362–4,531 аст, аммо ин робита худ аз худ нишон намедиҳад, ки skeletonization сабаби марг аст ё ояндаи бемори алоҳидаро қатъӣ муайян мекунад.

Каҷи Kaplan–Meier чиро чен мекунад?

Усули Kaplan–Meier эҳтимоли зинда монданро дар давраи пайгирӣ то рух надодани ҳодиса арзёбӣ мекунад. Дар ин таҳқиқот ҳодиса марг, вақти оғоз бошад вақти ташхис ва биопсия мебошад. Агар бемор дар пайгирии охирин зинда бошад, мушоҳида метавонад сензура шавад; яъне то он нуқта зинда будани бемор маълум аст, аммо вақти воқеии ҳодисаи баъдӣ маълум нест.

Дар Шакли 4-и манбаъ каҷи зиндамонии гурӯҳи skeletonization-и баланд тезтар поён меравад. Санҷиши log-rank арзёбӣ мекунад, ки оё ду каҷи зиндамонӣ дар тамоми давраи пайгирӣ аз ҷиҳати оморӣ фарқ мекунанд ё не ва натиҷаи p = 0,002 гузориш шудааст.

Verianla ин каҷро дубора намекашад, зеро манбаъ вақтҳои инфиродии беморон ё зинаҳои Kaplan–Meier-ро дар шакли ҷадвали ададӣ пешниҳод намекунад. Хондани нуқтаҳои фосилавии вақт аз каҷи визуалӣ ва тавлиди маълумоти нав аз ҷиҳати илмӣ мувофиқ нест.

Hazard ratio 2,484 чӣ маъно дорад?

Hazard ratio (HR) дар модели Cox нисбати нисбии суръати рух додани ҳодисаро дар лаҳзаи муайян байни гурӯҳҳо ифода мекунад. Манбаъ истилоҳи “hazard risk”-ро низ истифода мебарад; дар ҷадвалҳои Cox бошад сутун ба шакли HR (Exp(B)) аст.

Қимати HR = 2,484 маънои онро дорад, ки дар шароити модел hazard-и фаврии марг дар гурӯҳи skeletonization-и баланд тақрибан 2,48 баробари гурӯҳи skeletonization-и паст арзёбӣ шудааст. Ин маънои онро надорад, ки “skeletonization-и баланд %148 бештар беморонро ҳатман мекушад” ё “эҳтимоли марг 2,48 баробар мешавад”.

Фосилаи эътимоди %95 1,362–4,531 аст. Он ки фосила 1-ро дар бар намегирад, бо аҳамиятнокии омории фарқи гурӯҳӣ дар ин таҳлил мувофиқ аст. Аммо паҳнои фосила инчунин нишон медиҳад, ки дар бузургии арзёбӣ номуайянии назаррас вуҷуд дорад.

Дар чорчӯбаи асосии омории тафсири Cox hazard ratio фарзияи hazard-и мутаносиб муҳим аст. Манбаъ дар бахшҳои баррасишуда барои ин фарзия санҷиши алоҳидаи диагностикӣ гузориш намекунад; аз ин рӯ, Verianla иддао намекунад, ки фарзия алоҳида тасдиқ шудааст.

Натиҷаи марг дар ду соли аввал

Ин ҷадвал робитаи мушоҳидавиро нишон медиҳад. Skeletonization дахолате нест, ки ба беморон татбиқ шуда бошад; бинобар ин, хулоса кардан мумкин нест, ки skeletonization-и баланд сабаби марг дар ду соли аввал аст.

Чаро таҳлили бисёртағйирёбандаи Cox муҳим аст?

Робитаи зиндамонии яктағйирёбанда метавонад бо дигар омилҳои прогностикӣ омехта шавад. Аз ин рӯ, таҳқиқотгарон модели Cox-ро сохтанд, ки International Prognostic Index (IPI), таснифоти пайдоиши ҳуҷайра аз рӯйи Hans, EBER ва тағйирёбандаи skeletonization-ро якҷоя дар бар мегирад.

Дар ин модел коэффисиенти skeletonization аҳамиятнокии омории худро нигоҳ доштааст. Аз ин рӯ, манбаъ хабар медиҳад, ки робитаи прогностикии skeletonization ҳангоми моделсозӣ якҷоя бо IPI, таснифоти Hans ва EBER низ идома меёбад.

Аммо ифодаи “робитаи мустақили прогностикӣ” маънои мустақилияти сабабӣ ё санҷиши нави прогностикии аз ҷиҳати клиникӣ тасдиқшударо надорад. Он танҳо маънои онро дорад, ки ҳангоми назорат кардани тағйирёбандаҳои дохилшуда ба модел коэффисиенти skeletonization аз сифр фарқкунанда боқӣ мондааст.

Оё Entropy ва skeletonization як чизро чен мекунанд?

Не. Entropy хусусияти тасвирист, ки тақсимоти бетартибӣ ё тасодуфиятро дар тасвир аз ҷиҳати оморӣ ҷамъбаст мекунад; skeletonization бошад шабакаи хаттии топологии тасвири бинариро ифода мекунад. Ин ду ченак аз ҳам фарқ мекунанд.

Дар таҳқиқот байни skeletonization ва entropy-и гистологӣ коррелятсияи мусбат, вале бо бузургии маҳдуд ёфт шудааст:

\[ r=0{,}28,\quad n=109,\quad p=0{,}003 \]

Қимати \(r=0,28\) нишон медиҳад, ки ду тағйирёбанда як ченак нестанд, аммо афзоиши онҳо то дараҷаи муайян якҷоя ҳаракат мекунад.

Дар модели Cox, ки Entropy ва skeletonization якҷоя ҷой доранд, манбаъ дар Ҷадвали 9 қиматҳои зеринро медиҳад:

Ёддошти мутобиқати дохилии манбаъ: Матни фавран пеш аз ин ҷадвал ҳар ду p қиматро ба шакли “<0,001” тавсиф мекунад; аммо дар Ҷадвали 9-и нашршуда қиматҳо 0,004 ва 0,003 мебошанд. Verianla қиматҳои дар ҷадвали ададӣ нашршударо айнан нигоҳ дошта, ин фарқро хомӯшона ислоҳ намекунад.

Иммуногистохимия чӣ гуна миқдорисозӣ шуд?

Дар таҳқиқот бисёр маркерҳои сафедагӣ бо усулҳои автоматикии immunohistochemistry арзёбӣ шудаанд. Баъзе рангкуниҳо аввал бо категорияҳои тартибии шиддат дар шакли 0, +1, +2 ва +3 баррасӣ шуда, баъдан бо истифода аз Fiji/ImageJ барои миқдорисозии ҳиссаи ҳуҷайраҳои мусбат таҳлили рақамии тасвир анҷом дода шудааст.

Ҳисобкунии истифодашуда дар манбаъ:

\[ Pozitiflik\;(\%)= \frac{\text{DAB-pozitif pikseller}} {\text{tüm pikseller}} \times100 \]

DAB низоми аломатгузории хромогенӣ дар immunohistochemistry мебошад, ки дар минтақаҳои ҷойгиршавии ҳадафи антитело маҳсулоти реаксияи қаҳваранг ҳосил карда, муайян кардани минтақаҳои мусбатро дар тасвир имкон медиҳад.

Сурати формула шумораи пикселҳои мусбат ҳисобшударо ва махраҷ шумораи умумии пикселҳои ба арзёбӣ дохилшударо нишон медиҳад. Зарби натиҷа ба 100 таносубро ба фоиз табдил медиҳад.

Таснифоти Hans чӣ гуна сохта шуд?

Дар таҳқиқот барои таснифоти тахминии пайдоиши ҳуҷайравии DLBCL тавассути immunohistochemistry алгоритми Hans истифода шудааст. Алгоритм экспрессияи CD10, BCL6 ва MUM1-ро якҷоя арзёбӣ мекунад. Дар манбаъ мусбат будани зиёда аз %30 лимфоситҳои неопластикии B ҳадде мебошад, ки барои мусбат ҳисобидани маркери дахлдор истифода шудааст.

Ин таснифот ҳолатҳоро ба гурӯҳҳои GCB ва non-GCB ҷудо мекунад. Таҳқиқотгарон арзёбӣ карданд, ки гурӯҳи skeletonization-и баланд, ки бо пешгӯии бад алоқаманд аст, метавонад бо non-GCB низ робита дошта бошад, аммо чунин робита ёфт нашуд: дар гурӯҳи low non-GCB 30/44 (%68,2), дар гурӯҳи high 45/64 (%70,3), p = 0,834.

FISH кадом генҳоро арзёбӣ кард?

Гибридизатсияи флуоресцентии DNA in situ (FISH) барои арзёбии бозсозии генҳо бо зондҳои break-apart барои генҳои MYC, BCL2 ва BCL6 истифода шудааст. Дар силсила MYC rearrangement 5/94 (%5,3), BCL2 rearrangement 3/93 (%3,2) ёфт шуда, ҳолати double-hit вуҷуд надоштааст.

Байни гурӯҳҳои skeletonization барои ҳолатҳои MYC ва BCL2 rearrangement фарқи аз ҷиҳати оморӣ аҳамиятнок гузориш нашудааст.

EBER чиро нишон медиҳад?

EBER муайян кардани молекулаҳои хурди RNA, ки вируси Epstein–Barr ҳосил мекунад, дар дохили бофта бо RNA in situ hybridization мебошад. Аз ин рӯ, мусбатии EBER маркерест, ки барои омӯзиши робитаи EBV дар бофтаи варами таҳқиқшаванда истифода мешавад.

Бо вуҷуди ин робитаи қавӣ, skeletonization-и баландро танҳо бо EBV шарҳ додан мумкин нест. Илова бар ин, дар бахши муҳокимаи манбаъ гуфта мешавад, ки “%72,5 ҳолатҳои skeletonization-и баланд бо EBV алоқаманд нестанд”; аммо агар қимати мусбати 24/64 дар ҷадвал мустақиман истифода шавад, ҳиссаи EBER-манфӣ дар гурӯҳи баланди қобили арзёбӣ %62,5 аст. Аз ин рӯ, Verianla қимати %72,5-ро ҳамчун натиҷаи қатъӣ дубора истифода намекунад.

Кадом маркерҳои сафедагӣ бо skeletonization-и баланд алоқаманд буданд?

Ин натиҷаҳо робитаҳои гурӯҳие мебошанд, ки дар сатҳи сафеда мушоҳида шудаанд. Масалан, пасттар будани BCL2 маънои онро надорад, ки BCL2 gene rearrangement низ пасттар аст; экспрессияи сафеда ва бозсозии ген ченакҳои ҷудогона мебошанд.

Коррелятсия бо қиматҳои пайвастаи skeletonization чиро нишон дод?

Таҳқиқотгарон дар баробари муқоисаи гурӯҳҳои high/low, бо истифода аз масоҳати skeletonization ҳамчун тағйирёбандаи пайваста коррелятсияҳои Pearson-ро низ ҳисоб карданд. Ин ду таҳлил як саволро намепурсанд. Муқоисаи гурӯҳӣ фарқи миёна/тақсимоти ду категорияро меомӯзад, дар ҳоле ки коррелятсия арзёбӣ мекунад, ки ҳангоми афзоиши қимати skeletonization маркер чӣ гуна тағйир меёбад.

PD-L1 намунаи хуби ин фарқ аст. Дар муқоисаи категориявии high/low, гарчанде миёнаҳои PD-L1 8,5 ± 11,7% ва 15,7 ± 18,3% мебошанд, бо p = 0,235 аҳамиятнок нестанд. Баръакс, вақте skeletonization ҳамчун тағйирёбандаи пайваста истифода мешавад, коррелятсияи мусбат бо PD-L1 r = 0,309 ва p = 0,002 аст. Гуфтан дуруст нест, ки ин ду натиҷа бо ҳам “зид” ҳастанд; саволи омории истифодашуда ва талафи иттилоот гуногунанд.

Skeletonization Бо Экспрессияи Ген Чӣ Гуна Алоқаманд Карда Шуд?

Экспрессияи ген на дар ҳамаи 110 ҳолати DLBCL, балки дар зермаҷмӯаи 30 ҳолат бо панели NanoString-асоси pan-cancer immune profiling чен карда шуд; 18 ҳолат дар гурӯҳи skeletonization-и баланд ва 12 ҳолат дар гурӯҳи паст буданд ва таҳлил 166 гени иммунӣ-онкологии дорои экспрессияи баландтарро дар гурӯҳи баланд ва 8 генро дар гурӯҳи паст муайян кард.

RNA чӣ гуна омода шуд ва кадом панел истифода гардид?

RNA аз буришҳои бофтаи бо формалин фикса ва ба парафин ҷойгиршуда (FFPE) гирифта шудааст. Ғафсии буриш 10 µm мебошад. Пеш аз экстраксияи RNA гистология дубора арзёбӣ шуда, ҳолатҳое интихоб шуданд, ки ҳадди ақал %80 минтақаи неопластикӣ доштанд.

RNA-и аз назорати сифат гузашта бо истифода аз nCounter PanCancer Profiling Panel таҳлил шудааст. Панел 730 гени иммунӣ-онкологӣ ва 40 housekeeping ген-ро дар бар мегирад.

Нормализатсияи housekeeping ген чӣ кор мекунад?

Housekeeping генҳо ҳамчун истинод барои нормализатсияи фарқиятҳои умумии миқёси ченкунӣ байни намунаҳо истифода мешаванд. Дар манбаъ барои ҳар намуна миёнаи геометрии housekeeping генҳо ҳисоб шуда, шумориши ҳар ген ба ин миёна тақсим ва натиҷа ба миқёси log₂ табдил дода шудааст.

Амали дар манбаъ додашуда чунин аст:

\[ \log_2\left( \frac{\mathrm{normData}_{g,i}} {\mathrm{hkGeoMean}_{i}} \right) \]

ва ҳангоми истифодаи коэффисиенти миқёсбандӣ:

\[ \log_2\left( \frac{\mathrm{normData}_{g,i}} {\mathrm{hkGeoMean}_{i}} \times SF \right) \]

Дар ин ҷо \(\mathrm{normData}_{g,i}\) шумориши нормализатсияшавандаро дар намунаи \(i\) барои гени \(g\) ифода мекунад; \(\mathrm{hkGeoMean}_{i}\) миёнаи геометрии housekeeping генҳои ҳамон намуна; \(SF\) бошад коэффисиенти ихтиёрии миқёсбандиро ифода мекунад. Манбаъ мегӯяд, ки омили миқёсбандӣ метавонад, масалан, як доимии монанди 1000 бошад.

Табдили Log₂ қиматҳои экспрессияро дар диапазони васеи динамикӣ фишурда, ба намоиши мутавозинтари тағйироти чандкарата кӯмак мекунад. Ин табдили математикӣ худ аз худ исбот намекунад, ки ген аз ҷиҳати биологӣ фаъол аст.

Дар экспрессияи дифференсиалии ген чӣ ёфт шуд?

Ҳашт гене, ки дар гурӯҳи skeletonization паст экспрессияи баландтар нишон додаанд, ҳамчун BLNK, TNFRSF13B, CD3EAP, ILF3, CD1C, CD37, POU2F2 ва TLR9 гузориш шудаанд.

Дар таҳлили шабакаи функсионалии гурӯҳи skeletonization баланд, дар байни генҳои марказие, ки бо патогенези DLBCL алоқаманд дониста шудаанд, CD274 (PD-L1), NFKB1A, CD68, CSF1R, CCR5, ITGAM ва TGFB1 ҷой доштанд.

Шабакаи STRING чиро нишон медиҳад?

STRING v12.0 барои таҳқиқи робитаҳои функсионалии маълум ё пешбинишудаи байни генҳое, ки дар гурӯҳи skeletonization баланд зиёд шудаанд, дар шакли шабака истифода шудааст. Дар манбаъ ҳадди ақали холи ҳамтаъсирӣ 0,4 муқаррар шуда, категорияҳои Gene Ontology biological process истифода гардидаанд, истилоҳҳои дорои монандии ≥ 0,8 гурӯҳбандӣ шуда ва шабака ба чор кластери K-means ҷудо шудааст.

Доштани шумораи зиёди пайвастҳо дар маркази шабака нишон медиҳад, ки ген дар дохили шабакаи функсионалӣ пайвастагии бештар дорад; ин ҳолат худ аз худ исбот намекунад, ки он ген сабаби беморӣ аст.

Дар қисми ғанисозии Gene Ontology-и Шакли 15-и манбаъ сигналдиҳии миёнаравии ситокинҳо, посухи илтиҳобӣ, хемотаксиси лейкоситҳо, муҳоҷирати лейкоситҳои миелоидӣ ва дигар равандҳои муҳоҷирати ҳуҷайраҳои иммунӣ ба таври намоён ҷудо мешаванд. Инҳо натиҷаҳои ғанисозии функсионалӣ мебошанд; онҳо таҷрибаҳои мустақими механизми ҳуҷайравӣ нестанд.

GSEA чист ва дар ин таҳқиқот чӣ гуна татбиқ шуд?

Gen Set Enrichment Analysis (GSEA), ба ҷои арзёбии аҳамиятнокии ҳар як ген ба таври ҷудогона, меомӯзад, ки оё гурӯҳҳои генҳои аз ҷиҳати биологӣ муайяншуда дар рӯйхати тартибдодашудаи генҳо дар як тарафи фенотип ба таври систематикӣ ҷамъ мешаванд ё не.

Дар таҳқиқот GSEA 4.4.0 build 18 истифода шудааст. Параметрҳои асосӣ:

• 1000 пермутатсия,
• phenotype permutation,
• weighted enrichment statistic,
• метрикаи signal-to-noise барои тартибдиҳии генҳо,
• тартибдиҳии коҳишёбанда,
• андозаи максималии маҷмӯи генҳо 1000,
• андозаи минималии маҷмӯи генҳо 10,
• маҷмӯаҳои генҳои MSigDB Hallmark.

Дар гурӯҳи skeletonization баланд ғанисозиҳое, ки матни манбаъ махсусан таъкид мекунад, IL6–JAK–STAT3 signaling, inflammatory response, TNF/NFKB signaling, KRAS signaling, apoptosis ва macrophage function мебошанд. Шакли GSEA-и манбаъ ҳамчунин каҷҳои ғанисозии epithelial–mesenchymal transition ва дигар маҷмӯаҳои генҳои вобаста ба масуният/муҳоҷиратро нишон медиҳад.

Ғанисозии GSEA исбот намекунад, ки ҳар яке аз ин равандҳои биологӣ дар ҳамаи ҳуҷайраҳои варам мустақиман чен шуда, фаъол мебошанд. Натиҷа таҳлили омории ғанисозист, ки ба тақсимоти систематикии маҷмӯаҳои генҳои дахлдор дар тартиббандии экспрессияи генҳо асос меёбад.

Усул ва Натиҷаҳои Таҳқиқот

Тарҳи таҳқиқот

Истифода шудани намунаҳои DLBCL ҳамчун 6 mm tissue microarray core ва бофтаҳои реактивӣ ҳамчун намунаҳои whole-tissue як фарқи методологии интихоб аст. Манбаъ таъсири ин фарқро ба арзишҳои skeletonization бо таҷрибаи ҷудогона чен намекунад; аз ин рӯ Verianla онро ҳамчун ғаразнокии исботшуда не, балки ҳамчун хусусияти тарҳи таҷриба, ки бояд дониста шавад, сабт мекунад.

Хусусиятҳои асосии клиникопатологии беморон

Ёддошти ҷадвали манбаъ: Дар Ҷадвали 3-и манбаъ барои ҳолати фаъолияти ECOG ≥2 “11/81 (73,6%)” навишта шудааст. Азбаски таносуби 11/81 аз ҷиҳати математикӣ тақрибан %13,6 мебошад, ин сатр дар дохили манбаъ аз ҷиҳати арифметикӣ номувофиқ менамояд. Аз ин рӯ Verianla ин фоизро ба ҷадвали ҷамъбастии боло нагузаронидааст.

Назорати консептуалии алгоритм бо тасвирҳои санҷишӣ

Муҳаққиқон дар ҳашт тасвири санҷишии консептуалӣ санҷидаанд, ки оё ченкунии масоҳат бо bwskel афзоиши мураккабии топологиро пайгирӣ мекунад ё не. Масоҳатҳои skeletonization аз Тасвири 1 то 8 мутаносибан:

0, 40, 100, 215, 526, 857, 1786 ва 2603

гузориш шудаанд. Ин санҷиш маҷмӯи валидацияи натиҷаҳои беморони воқеӣ нест; он назорати консептуалӣ мебошад, ки нишон медиҳад алгоритм дар тасвирҳои намунавии аз содда ба мураккаб омодашуда масоҳатро дар самти интизоршуда тавлид мекунад ё не.

Натиҷаи асосӣ байни DLBCL ва бофтаи реактивӣ

Масоҳати skeletonization-и DLBCL аз 3396,12 то 8176,94 тағйир ёфтааст. Миёна 5665,20 ± 1012,82 ва медиана 5591,65 мебошад. Миёнаи бофтаи реактивии лимфоидӣ 6341,16 ± 548,23 аст. Фарқи байни гурӯҳҳо p < 0,001 мебошад.

Ин натиҷаро набояд ба шакли “бофтаи реактивӣ нисбат ба саратон гетерогентари бештар дорад” ба ҳамаи намудҳои гетерогении биологӣ умумӣ кард. Натиҷа танҳо ба хусусияти дученакаи skeletonization, ки бо ҳамин pipeline-и коркарди тасвир чен шудааст, тааллуқ дорад.

Робитаи skeletonization баланд бо тағйирёбандаҳои клиникӣ

Барои синну сол, ҷинс, ҷойгиршавии анатомӣ, категорияи табобат, LDH, марҳилаи беморӣ, категорияи IPI, посухи клиникӣ, sIL2R-и баланд ва нишонаҳои B байни гурӯҳҳои high/low skeletonization дар манбаъ фарқи аҳамиятнок гузориш нашудааст.

Баръакс, барои марг дар ду соли аввал, EBER мусбат, CD5, E2F1, BCL2, ISY1 ва TNFAIP8 робитаҳои аҳамиятнок ёфт шудаанд. Ҳамаи ин муқоисаҳои сершумор маънои якхелаи биологӣ надоранд; вазифаи ҳуҷайравӣ ва тарзи ченкунии ҳар як marker ҷудогона аст.

Оё rearrangement-ҳои MYC ва BCL2 skeletonization-ро шарҳ доданд?

Не. Дар гурӯҳи skeletonization баланд MYC rearrangement 4/52 (%7,7), дар гурӯҳи паст 1/42 (%2,4) гузориш шуда, p = 0,376 ёфт шудааст. BCL2 rearrangement дар гурӯҳи паст 0/42, дар гурӯҳи баланд 3/51 (%5,9) буда, p = 0,249 мебошад.

Аз ин рӯ, дар ин маҷмӯи додаҳо байни MYC ё BCL2 rearrangement ва гурӯҳи skeletonization робитаи аз ҷиҳати оморӣ аҳамиятнок нишон дода нашудааст. Дар силсила ҳолати double-hit низ вуҷуд надорад.

Номувофиқии манбаъ вобаста ба модели Cox-и EBER–skeletonization

Бахши муҳокимаи мақола мегӯяд, ки дар таҳлили Cox, ки EBER ва skeletonization якҷоя арзёбӣ шудаанд, ҳар ду ҳамчун нишондиҳандаҳои мустақили пешгӯӣ боқӣ мондаанд. Аммо гарчанде унвони Ҷадвали 10-и нашршуда “EBER ва skeletonization дохил шудаанд” мегӯяд, сатрҳои намоёни ҷадвал:

чунин мебошанд. Азбаски дар ҷадвал сатри skeletonization дида намешавад, Verianla кӯшиш намекунад HR ва фосилаи эътимоди skeletonization-ро барои ин модели махсуси дутағйирёбанда тахмин кунад ё онро аз ҷадвали дигар гирифта пур намояд.

Модели бисёртағйирёбандае, ки дар он skeletonization якҷоя бо EBER, IPI ва таснифоти Hans мавҷуд аст ва ба таври равшан гузориш шудааст, Ҷадвали 8 мебошад; дар он барои skeletonization HR = 2,21, %95 GA 1,08–4,53 ва p = 0,030 мебошад.

Хусусиятҳои зермаҷмӯи экспрессияи генҳо

Аз зермаҷмӯи 30 ҳолати экспрессияи генҳо 18 ҳолат ба гурӯҳи skeletonization баланд ва 12 ҳолат ба гурӯҳи skeletonization паст тааллуқ доранд. Дар ин зермаҷмӯъ 23/30 бемор синни зиёда аз 60 сол доранд, 18/30 мард мебошанд, дар таснифоти Hans 19/30 non-GCB мебошанд ва аз 29 ҳолати қобили арзёбӣ 8 ҳолат EBER мусбат аст.

Дар 21 ҳолат аз ин 30 ҳолат ҳодисаи марг ва дар 15 ҳолат марг дар ду соли аввал гузориш шудааст. Ин зермаҷмӯъ аз ҳамаи 110 ҳолати DLBCL хурдтар аст; номуайянӣ ва қобилияти умумисозии натиҷаҳои экспрессияи генҳо бояд мутаносибан арзёбӣ карда шавад.

Профили молекулавӣ дар гурӯҳи skeletonization баланд

Дар гурӯҳи skeletonization баланд 166 гени иммуно-онкологӣ экспрессияи баландтар нишон додаанд. Таҳлили шабакаи функсионалӣ махсусан генҳои дорои пайвастагии баланд ва вобаста ба биологияи DLBCL, аз ҷумла CD274, NFKB1A, CD68, CSF1R, CCR5, ITGAM ва TGFB1-ро таъкид кардааст.

Дар GSEA ғанисозиҳои IL6–JAK–STAT3 signaling, inflammatory response, TNF/NFKB signaling, KRAS signaling, apoptosis ва macrophage function гузориш шудаанд.

Ҳадди муҳими тафсири ин натиҷаҳо дар он аст, ки намунаи экспрессияи генҳо танҳо аз 30 ҳолат иборат мебошад. Илова бар ин, “ғанисозӣ” мавқеи омории маҷмӯи генро дар маълумоти тартибдодашудаи экспрессия ифода мекунад; он натиҷа намедиҳад, ки роҳи мазкур худ аз худ сабаби skeletonization аст.

Хулосаи таҳлилҳои оморӣ

Қимати p дар ин ҷо чиро мегӯяд?

Қимати p бо эҳтимолияти ба даст омадани натиҷаи омории мушоҳидашуда ё шадидтар дар шароити гипотезаи сифрӣ алоқаманд аст. Ҳадди p < 0,05 дар ин таҳқиқот ҳамчун остонаи аҳамиятнокии оморӣ интихоб шудааст.

Аммо қимати хурди p маънои онро надорад, ки робита калон, аз ҷиҳати клиникӣ муҳим ё сабабӣ аст. Масалан, дар коррелятсияи skeletonization–entropy, гарчанде p = 0,003 аст, коэффисиенти коррелятсия танҳо r = 0,28 мебошад. Аз ин рӯ қимати p ва андозаи таъсир бояд аз ҳам ҷудо карда шаванд.

Натиҷаҳое, ки таҳқиқот дастгирӣ мекунад

• DLBCL дар ин усули коркарди тасвир нисбат ба бофтаи реактивии лимфоидӣ масоҳати миёнаи skeletonization-и пасттар нишон додааст.
• Дар дохили гурӯҳи DLBCL skeletonization баланд бо зиндамонии умумии бадтар алоқаманд аст.
• Дар гурӯҳи skeletonization баланд сатҳи марг дар ду соли аввал баландтар аст.
• Skeletonization баланд бо EBER мусбат алоқаманд аст.
• Байни skeletonization ва entropy-и гистологӣ коррелятсияи мусбат вуҷуд дорад.
• Байни skeletonization ва E2F1, BCL2, ISY1, TNFAIP8 ва баъзе ченакҳои дигари сафеда робитаҳои манфӣ мушоҳида шудаанд.
• Қимати пайвастаи skeletonization бо PD-L1 коррелятсияи мусбат нишон додааст.
• Дар зермаҷмӯи 30 ҳолати экспрессияи генҳо гурӯҳи skeletonization баланд шумораи хеле зиёди генҳои иммуно-онкологии дорои экспрессияи зиёдро нишон додааст.
• Дар гурӯҳи skeletonization баланд маҷмӯаҳои гуногуни генҳои сигналдиҳии илтиҳобӣ ва иммунӣ ғанӣ шудаанд.
• Робитаи skeletonization бо зиндамонӣ дар модели Cox, ки IPI, таснифоти Hans ва EBER-ро якҷоя дар бар мегирад, аҳамиятнокии омории худро нигоҳ доштааст.

Натиҷаҳое, ки таҳқиқот дастгирӣ намекунад

• Нишон дода нашудааст, ки skeletonization сабаби DLBCL мебошад.
• Нишон дода нашудааст, ки skeletonization баланд сабаби мустақими биологии марг мебошад.
• Нишон дода нашудааст, ки skeletonization имрӯз метавонад танҳо барои ташхиси клиникӣ ё интихоби табобат истифода шавад.
• Байни DLBCL ва бофтаи реактивӣ қимати skeletonization cutoff-и барои мақсадҳои клиникӣ тасдиқшуда таҳия нашудааст.
• Остонаи рақамие, ки барои ҷудокунии DLBCL-и баланд/паст истифода шудааст, дар манбаъ ошкоро гузориш нашудааст.
• Натиҷаҳои экспрессияи генҳо дар ҳамаи 110 бемор чен нашудаанд.
• Нишон дода нашудааст, ки яке аз CD274/PD-L1, NFKB1A, CSF1R ё дигар генҳои шабакавӣ сабаби ягонаи skeletonization баланд мебошад.
• EBV ҳамаи ҳолатҳои skeletonization баландро шарҳ намедиҳад.
• MYC ва BCL2 rearrangement бо гурӯҳи skeletonization робитаи аҳамиятнок нишон надодаанд.
• Дар ин мақола валидацияи проспективӣ ё когорти мустақили беруна гузориш нашудааст.
• Нишон дода нашудааст, ки skeletonization дар сканерҳо, лабораторияҳо ё pipeline-ҳои гуногуни пешкоркарди тасвир бо ҳамон cutoff-и рақамӣ кор хоҳад кард.

Нуқтаҳои бозмонда аз нигоҳи такрорпазирӣ

Нуқтаи якум: Қимати рақамии cutoff барои ҷудокунии skeletonization баланд ва паст ошкоро дода нашудааст.

Нуқтаи дуюм: Шарҳи complement дар матни усул бо коди нашршудаи MATLAB пурра мувофиқат намекунад.

Нуқтаи сеюм: Воҳиди физикии масоҳати skeletonization гузориш нашудааст; қимат ҳамчун метрикаи масоҳати тасвир пешниҳод мешавад.

Нуқтаи чорум: Манбаъ барои фарзияи proportional hazard-и моделҳои Cox натиҷаи диагностикӣ ҷудогона гузориш намекунад.

Нуқтаи панҷум: Экспрессияи генҳо танҳо дар 30 ҳолат мавҷуд аст ва манбаъ ошкоро эътироф мекунад, ки силсилаҳои калонтари экспрессияи генҳо заруранд.

Нуқтаи шашум: Байни Ҷадвали 9 ва Ҷадвали 10-и манбаъ ва матни атроф баъзе номувофиқиҳои рақамӣ/нишонӣ вуҷуд доранд; онҳо аз ҷониби Verianla хомӯшона тағйир дода нашудаанд.

Нуқтаи ҳафтум: Дар баъзе бахшҳои манбаъ номи “Ki69”, аммо дар усул ва шаклҳои дахлдори immunohistochemistry номи “Ki67” истифода шудааст. Verianla фарз намекунад, ки ин нишондиҳандаи нав аст ва онро ҳамчун номувофиқии терминологии дохили манбаъ сабт мекунад.

Маънои клиникии таҳқиқот дар кадом ҳад бояд нигоҳ дошта шавад?

Таҳқиқот аз он ҷиҳат муҳим аст, ки нишон медиҳад хусусияти топологии тасвир, ки аз тасвирҳои муқаррарии H&E гирифта мешавад, метавонад бо гетерогении морфологӣ ва зиндамонии DLBCL робита дошта бошад. Азбаски препаратҳои H&E дар патологияи клиникӣ аллакай васеъ истифода мешаванд, арзёбии чунин хусусиятҳои тасвир дар оянда якҷоя бо тағйирёбандаҳои дигари клиникӣ ва молекулавӣ мавзӯи арзандаи таҳқиқот мебошад.

Бо вуҷуди ин, таҳқиқоти мавҷуда skeletonization-ро ба биомаркери тасдиқшуда ё низоми қароргирии клиникӣ табдил намедиҳад. Барои ин марҳилаҳои иловагӣ, аз ҷумла муайян кардани cutoff-и такрорпазир дар когорти калонтар ва мустақил, валидацияи техникӣ дар системаҳои гуногуни тасвирбардорӣ, протоколҳои таҳлилии пешакӣ муайяншуда ва арзёбии проспективӣ лозиманд. Инҳо натиҷаҳое нестанд, ки дар ин мақола анҷом дода шудаанд, балки навъҳои валидация мебошанд, ки барои табдил додани далели мавҷуда ба татбиқи клиникӣ заруранд.

Ёддошт оид ба Манбаъ ва Усул

Унвони аслӣ: High Histological Skeletonization as a Measure of Heterogeneity Is Associated with Poor Overall Survival and Death Within 2 Years of Diffuse Large B-Cell Lymphoma.

Муаллифон: Joaquim Carreras; Yara Yukie Kikuti; Shunsuke Nagase; Giovanna Roncador; Haruka Ikoma; Atsushi Ito; Makoto Orita; Sakura Tomita; Yuki Tanigaki; Akihisa Ueno; Yusuke Kondo; Naoya Nakamura; Yohei Masugi.

Тартиби муаллифон: Тартиби манбаъ бетағйир нигоҳ дошта шудааст.

Саҳми баробар: Дар манбаъ изҳороти саҳми баробар/ҳаммуаллифи аввал вуҷуд надорад.

Муаллифи масъул: Joaquim Carreras.

Муассисаи 1: Department of Pathology, School of Medicine, Tokai University, Isehara, Japan.

Муассисаи 2: Monoclonal Antibodies Unit, Spanish National Cancer Research Center (CNIO), Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas, Madrid, Spain.

Маҷалла: Cancers.

Ношир: MDPI.

Ҷилд / шумора / рақами мақола: 18 / 17 / 2828.

DOI: 10.3390/cancers18172828.

Санаи пешниҳод: 6 Июл 2026.

Санаи бознигарӣ: 11 Август 2026.

Санаи қабул: 28 Август 2026.

Санаи нашр: 1 Сентябр 2026.

Пайванди расмӣ: https://doi.org/10.3390/cancers18172828

Навъи манбаъ: Мақолаи аслии таҳқиқотии тақризшуда; таҳқиқоти ретроспективии мушоҳидавии гистопатологияи рақамӣ, биниши компютерӣ, иммуногистохимия ва экспрессияи генҳо.

Ҳолати preprint: Дар мақолаи манбаъ рақами ҷудогонаи preprint ё версияи қаблии preprint нишон дода нашудааст.

Литсензия: Creative Commons Attribution (CC BY).

Намунаи таҳқиқот: 110 ҳолати DLBCL ва 43 ҳолати бофтаи реактивии лимфоидӣ; ҷамъ 153 бемор.

Давраи намунаҳои DLBCL: Биопсияҳои ташхисӣ аз давраи 2007–2011 интихоб шудаанд.

Кумитаи этикӣ: Tokai University School of Medicine Institutional Review Board; протокол IRB20/156; санаи тасдиқ 1 Апрел 2026.

Ризоияти огоҳона: Манбаъ хабар медиҳад, ки аз ҳамаи шахсони ба таҳқиқот дохилшуда ризоияти огоҳона гирифта шудааст.

Маблағгузорӣ: Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (MEXT), Grants-in-Aid for Scientific Research, KAKENHI ва JSPS; рақамҳои грант 25K10272, 23K06454, 18K15100, 15K19061 ва 24590430.

Дастрасии маълумот: Манбаъ мегӯяд, ки маълумот дар дохили мақола ва бо дархост аз Joaquim Carreras дастрас аст.

Бархӯрди манфиатҳо: Муаллифон изҳор кардаанд, ки бархӯрди манфиатҳо вуҷуд надорад.

Саҳми муаллифон: Консептуализатсия, усул, нармафзор, таҳлили формалӣ, куратсияи маълумот ва навиштан аз ҷониби Joaquim Carreras анҷом дода шудааст. Ба фаъолияти таҳқиқотӣ Joaquim Carreras, Yara Yukie Kikuti, Shunsuke Nagase, Giovanna Roncador, Haruka Ikoma, Atsushi Ito, Makoto Orita, Sakura Tomita, Yuki Tanigaki, Akihisa Ueno, Yusuke Kondo, Naoya Nakamura ва Yohei Masugi саҳм гузоштаанд.

Занҷираи дастгоҳ/нармафзори skeletonization: Препаратҳои H&E бо Tissue-Tek Prisma Plus ранг карда шудаанд; бо NanoZoomer S360 рақамӣ шудаанд; бо NDP.view2 намоиш дода шудаанд; бо PhotoScape v3.7 ба patch-ҳои 224 × 224 × 3 ҷудо шудаанд; skeletonization-и ниҳоӣ бо функсияи bwskel дар MATLAB R2026a Update 4 анҷом дода шудааст. Spur-ҳои хурд бо pruning хориҷ карда нашудаанд.

Иммуногистохимия: Низоми автоматии рангкунии Leica Bond Max II ва панели сершумори антителаҳо истифода шудаанд; таҳлили рақамии мусбатӣ бо Fiji/ImageJ анҷом дода шудааст.

FISH: Пробҳои break-apart барои генҳои MYC, BCL2 ва BCL6 истифода шудаанд. EBER бо RNA in situ hybridization арзёбӣ шудааст.

Экспрессияи генҳо: RNA аз буришҳои 10 µm FFPE ҷудо карда шуда, намунаҳои дорои ҳадди ақал %80 минтақаи неопластикӣ интихоб шудаанд ва бо nCounter PanCancer Profiling Panel 730 гени иммуно-онкологӣ ва 40 housekeeping ген арзёбӣ шудаанд.

Шабакаи функсионалӣ: STRING v12.0; Gene Ontology biological process; монандӣ ≥ 0,8; чор кластери K-means; minimum interaction score 0,4.

GSEA: GSEA 4.4.0 build 18; 1000 пермутатсия; phenotype permutation; weighted enrichment statistic; signal-to-noise ranking; маҷмӯаҳои генҳои MSigDB Hallmark.

Омор: Mann–Whitney U, Kruskal–Wallis H, Pearson ki-kare, Fisher exact, коррелятсияи Pearson, Kaplan–Meier, log-rank ва регрессияи Cox. Ҳадди аҳамиятнокӣ p < 0,05 мебошад. Таҳлилҳо бо IBM SPSS Statistics 27 анҷом дода шудаанд.

Ёддоштҳои мувофиқати дохилии манбаъ: Қадами complement дар матни усул дар коди нашршудаи MATLAB ошкоро дида намешавад. Дар Ҷадвали 3 барои ECOG ≥2 қимати 11/81 ҳамчун %73,6 навишта шудааст ва аз ҷиҳати арифметикӣ мувофиқат намекунад. Ифодаи “p <0,001” дар матни атрофи таҳлили Cox-и Entropy–skeletonization бо қиматҳои p = 0,004 ва p = 0,003 дар Ҷадвали 9 мувофиқат намекунад. Гарчанде унвони Ҷадвали 10 модели EBER ва skeletonization-ро муайян мекунад, сатрҳои намоён Entropy ва EBER мебошанд. Дар баъзе бахшҳо истилоҳи Ki69 ва дар бахшҳои дигар Ki67 истифода шудааст. Ин нуқтаҳо аз ҷониби Verianla хомӯшона тағйир дода нашудаанд.

Ҳадди асосии илмӣ: Таҳқиқот робитаҳои байни skeletonization ва хусусиятҳои клиникопатологӣ, зиндамонии умумӣ ва профили молекулавиро нишон медиҳад. Тарҳи ретроспективии мушоҳидавӣ сабабиятро исбот намекунад. Азбаски қимати cutoff барои ҷудокунии skeletonization баланд/паст ошкоро гузориш нашудааст, усулро танҳо аз ин мақола ҳамчун қоидаи қароргирии клиникӣ бозтавлид кардан мумкин нест.