Mapitio haya ya kimfumo yanachunguza matumizi ya maji taka yanayotokana na shughuli za ufugaji kama kiashiria cha tahadhari ya mapema kwa ufuatiliaji wa magonjwa ya virusi yanayoibuka na yanayoibuka tena. Ufuatiliaji wa maji taka unaohusiana na ufugaji (Livestock Wastewater-Based Surveillance, L-WBS), ni mkabala wa ufuatiliaji wa mazingira unaosaidia kufuatilia mzunguko wa virusi katika idadi za wanyama kwa kuchanganua viashiria vya molekuli vya vimelea vinavyopatikana katika maji taka ya mashamba, mazingira ya kimiminika yanayohusiana na samadi ya wanyama na mikondo ya taka za kilimo. Utafiti ulipitia machapisho yaliyotolewa hadi 30 Novemba 2025 katika Google Scholar, PubMed, Scopus na Web of Science kwa kufuata mfumo wa PRISMA 2020; kati ya rekodi 4394, tafiti 36 ziliingizwa katika mapitio ya kimfumo na 19 kati yake katika usanisi wa kimaelezo. Vimelea vya virusi vilivyopewa kipaumbele ni homa ya mafua ya ndege yenye uambukizaji mkubwa A(H5N1), virusi vya encephalitis ya Japani (JEV), virusi vya kuhara kwa mlipuko kwa nguruwe (PEDV), virusi vya homa ya nguruwe ya Afrika (ASFV) na virusi vya hepatitis E (HEV). Mapitio yanaonyesha kuwa viashiria vya virusi vya mazingira vinaweza kugunduliwa kabla ya taarifa za kliniki katika baadhi ya milipuko, lakini ufanisi wa tahadhari ya mapema kwa wakati halisi na uhusiano wake wa kiasi na kiwango cha maambukizi katika kundi bado haujathibitishwa vya kutosha.

Utafiti pia unatathmini njia ambazo virusi huingia katika maji taka, uimara wake katika mazingira, athari za hali ya hewa na mifumo ya uzalishaji wa kilimo kwa mienendo ya magonjwa, hasara za moja kwa moja na zisizo za moja kwa moja za kiuchumi, na uwezekano wa ufuatiliaji jumuishi kwa kutumia mkabala wa Afya Moja (One Health). Mifano ya kiuchumi iliyopitiwa inajumuisha hasara ya takribani dola 950 za Marekani kwa kila ng’ombe wa maziwa aliyeathiriwa na H5N1 na hasara ya uzalishaji ya takribani dola bilioni 25,9 za Marekani inayohusishwa na homa ya nguruwe ya Afrika nchini China. Thamani hizi ni athari za magonjwa zilizoripotiwa katika tafiti tofauti za awali; si akiba iliyopimwa iliyotokana na matumizi ya L-WBS. Vikwazo vikuu vya kimetodolojia ni muundo tata wa samadi na maji taka ya mashamba, mbinu zisizosanifishwa za maandalizi ya sampuli, tofauti kati ya asidi ya nukleiki ya virusi na virusi vinavyoambukiza, na utegemezi mkubwa wa uwezo wa tahadhari ya mapema kwa ushahidi wa nyuma.

Tatizo kuu la utafiti

Magonjwa ya kuambukiza yanayoibuka katika ufugaji hayaathiri afya ya wanyama pekee. Uzalishaji wa maziwa na nyama, mienendo ya wanyama, biashara ya kimataifa, maisha ya vijijini, usalama wa chakula na, pale ambapo vimelea fulani vya zoonosi vinahusika, afya ya binadamu pia inaweza kuathiriwa na matokeo ya magonjwa.

Katika mifumo ya ufugaji wa kiwango kikubwa, kuwepo kwa wanyama wengi katika maeneo madogo, usafirishaji wa wanyama na bidhaa zao kati ya maeneo, matumizi ya vyanzo vya pamoja vya maji na chakula, na hatua zisizotosha za usalama wa kibayolojia vinaweza kurahisisha kuenea kwa magonjwa.

Ufuatiliaji wa jadi wa mifugo mara nyingi hutegemea tathmini ya dalili za kliniki, sampuli za kibayolojia kutoka kwa wanyama binafsi na taarifa za magonjwa. Hata hivyo, si wanyama wote wanaobeba virusi huonyesha dalili za kliniki kwa wakati mmoja. Katika baadhi ya maambukizi, utoaji wa virusi unaweza kuanza kabla ya dalili za ugonjwa.

Kwa hiyo, ufuatiliaji unaotegemea maji taka hulenga kuchunguza alama za kibayolojia zinazotolewa kutoka kwa wanyama kwenda katika mazingira badala ya kuchukua sampuli kutoka kwa kila mnyama mmoja mmoja. Shimo la samadi shambani, maji ya kuosha yanayotoka katika banda la wanyama au njia fulani ya maji taka ya kilimo inaweza kubeba taarifa kuhusu vimelea vya virusi vinavyozunguka katika mazingira.

Hata hivyo, sampuli chanya ya maji taka haiwezi peke yake kuonyesha kwamba idadi fulani ya wanyama wameambukizwa, kwamba virusi bado vinaambukiza au kwamba maambukizi ya kimazingira yametokea. L-WBS ni kiashiria cha nyongeza kinachopaswa kufasiriwa pamoja na data za kliniki za mifugo.

Ufuatiliaji wa maji taka katika ufugaji hufanyaje kazi?

Ufuatiliaji wa maji taka katika ufugaji ni mchakato wa kukusanya viashiria vya virusi ambavyo wanyama wanaweza kutoa katika mazingira kupitia kinyesi, mkojo, majimaji au nyenzo nyingine za kibayolojia, kuvikoleza kwa mbinu zinazofaa na kuvigundua kwa uchanganuzi wa molekuli. Matokeo hutumika kufuatilia mzunguko wa virusi katika mazingira, kutambua uwezekano wa kuongezeka kwa magonjwa na kusaidia uchunguzi lengwa wa mifugo; hayachukui nafasi ya utambuzi wa maambukizi au uthibitisho wa mlipuko peke yake.

Njia ambazo virusi hufikia maji taka

Wakati wa maambukizi, wanyama wanaweza kutoa nyenzo za virusi katika mazingira kupitia kinyesi, mkojo, maziwa, damu au majimaji mengine. Njia ambayo nyenzo za virusi hufikia maji taka hutegemea mwenyeji wa virusi na sifa za kibayolojia za maambukizi.

Katika mashamba ya nguruwe, kinyesi na tope la samadi vinaweza kuwa mazingira muhimu ya kuchukulia sampuli. Katika mashamba ya ng’ombe wa maziwa, maji ya kuosha yanayotokana na kusafisha mabanda na shughuli za uzalishaji wa maziwa yanaweza kubeba nyenzo tofauti za kibayolojia.

Katika machinjio, damu, vimiminika vya tishu na maji ya kuosha; na katika mifereji ya kilimo, mtiririko wa juu ya ardhi unaobeba samadi unaweza kuathiri muundo wa sampuli ya mazingira.

Katika upeo wa utafiti, mifumo ya kawaida ya maji taka ya mijini ilionekana kuwa na maana kwa ufuatiliaji wa mifugo tu pale ambapo vyanzo vinavyohusiana na kilimo au ufugaji vinaweza kutenganishwa mahsusi. Tofauti hii ni muhimu ili kuepuka kuhusisha kimakosa ishara ya maji taka ya mijini na shamba fulani la mifugo.

Mchakato kutoka sampuli ya maji taka hadi matokeo ya molekuli

Mtiririko wa msingi wa kazi za L-WBS, kwa kuzingatia mbinu zilizopitiwa katika chanzo, unaweza kuelezwa kwa hatua zifuatazo:

1. Kutambua sehemu ya kuchukulia sampuli: Huchaguliwa mazingira yenye chanzo kinachoweza kutambulika, kama mfereji wa banda, bwawa la samadi, njia ya taka za kilimo au sehemu ya kutoka machinjioni.
2. Kuchukua sampuli: Hukusanywa sampuli wakilishi ya maji taka au kimiminika kinachohusiana na samadi. Muundo wa sampuli unaweza kutofautiana kulingana na aina ya mnyama na mfumo wa usimamizi wa taka.
3. Uchakataji wa awali: Hatua zinazofaa za kutenganisha hutumika kwa yabisi nyingi, nyuzi, mashapo na vipengele vinavyoweza kuzuia uchanganuzi.
4. Kukoleza virusi: Ili kurahisisha kugundua kiasi kidogo cha nyenzo za virusi, mbinu kama uambishaji, uchujaji au njia nyingine za kukoleza zinaweza kutumika.
5. Uchimbaji wa asidi ya nukleiki: RNA au DNA hupatikana kulingana na jenomu ya virusi lengwa.
6. Ugunduzi wa molekuli: Nyenzo ya virusi lengwa hutafutwa kwa uchanganuzi unaofaa kama RT-qPCR, qPCR, ddPCR au upangaji wa vinasaba.
7. Ufasiri wa data: Matokeo hutathminiwa pamoja na wakati wa kuchukua sampuli, vigezo vya mazingira, rekodi za afya ya wanyama na taarifa nyingine za ufuatiliaji.
8. Uingiliaji lengwa: Onyo la kimazingira linaweza, inapohitajika, kuanzisha vipimo vya ziada vya kliniki, ukaguzi wa usalama wa kibayolojia au hatua ya mifugo inayofaa kwa ugonjwa husika.

Mtiririko huu ni usanisi wa maelezo wa mbinu zilizopitiwa katika mapitio ya kimfumo; si mpangilio mpya wa majaribio ambapo waandishi wa mapitio walitekeleza hatua zote katika shamba moja.

Tofauti na ufuatiliaji wa kawaida wa kliniki

Ufuatiliaji wa kawaida mara nyingi hutumia sampuli kutoka kwa wanyama wagonjwa au wanaoshukiwa. Ufuatiliaji wa maji taka, kwa upande mwingine, huchunguza ishara za kibayolojia zilizounganishwa zinazotoka kwa kundi kwenda katika mazingira.

Mkabala huu unaweza kuwezesha kufuatilia nyenzo za virusi kutoka kwa wanyama wasioonyesha dalili za kliniki. Hata hivyo, sampuli ya pamoja haiwezi kubainisha moja kwa moja ni mnyama gani ameambukizwa.

Kwa hiyo, nguvu ya L-WBS haitokani na utambuzi wa mnyama mmoja mmoja, bali uwezo wa kubaini mabadiliko ya kimazingira ambayo yanaweza kuhitaji uchunguzi lengwa katika idadi kubwa ya wanyama.

Ufuatiliaji wa maji taka unaweza kutoa vipi tahadhari ya mapema kwa magonjwa ya wanyama?

Ufuatiliaji wa maji taka unaweza kutoa tahadhari ya mapema pale utoaji wa nyenzo za virusi kutoka kwa wanyama walioambukizwa kwenda katika mazingira unapotokea kabla ya kutambuliwa kwa dalili za kliniki au taarifa rasmi za visa. Mapitio yanaeleza hasa ishara zilizogunduliwa kabla ya taarifa za kliniki katika tafiti za maji taka nchini Marekani zinazohusiana na H5N1; hata hivyo, faida hii ya muda bado si muda maalumu uliothibitishwa kwa njia ya prospektivu kwa mashamba yote, virusi vyote au mifumo yote ya kuchukua sampuli.

Kwa nini ugonjwa wa kliniki na utoaji wa virusi katika mazingira vinaweza kutokea kwa nyakati tofauti?

Katika maambukizi ya virusi, utoaji wa nyenzo za virusi kutoka kwa mwenyeji na kuonekana kwa dalili wazi za ugonjwa si lazima vitokee kwa wakati mmoja. Aidha, kutambua dalili shambani, kuchukua sampuli ya mifugo, kukamilisha utambuzi wa maabara na kutoa taarifa rasmi kunaweza kuchukua muda.

Ufuatiliaji wa mara kwa mara wa ishara ya virusi katika maji taka unaweza, katika baadhi ya hali, kugundua mabadiliko ya mazingira kabla ya mnyororo huu wa utoaji taarifa.

Hata hivyo, ishara ya mazingira huonekana mapema kiasi gani hutegemea mara kwa mara ya kuchukua sampuli, mienendo ya utoaji wa virusi kwa wanyama, mtiririko wa maji taka, unyeti wa uchanganuzi wa maabara na kasi ya utoaji taarifa katika mifumo ya kumbukumbu.

Mfano wa tahadhari ya mapema unaohusiana na H5N1

Mapitio yanaripoti kuwa katika mwaka 2024, wakati wa milipuko ya homa ya mafua ya ndege yenye uambukizaji mkubwa A(H5N1) iliyohusishwa na ng’ombe wa maziwa na kuku nchini Marekani, nyenzo za kijenetiki za aina ndogo ya H5 ya influenza A ziligunduliwa katika mifumo ya maji taka ya manispaa.

Hasa, uchanganuzi wa nyuma uliripoti kuwa ongezeko la H5 RNA lililogunduliwa katika vituo vya kutibu maji taka huko Texas lilionekana wiki kadhaa kabla ya taarifa rasmi za kwanza kuhusu baadhi ya maambukizi ya ng’ombe wa maziwa katika maeneo hayo.

Mfano huu unaunga mkono uwezo wa ufuatiliaji wa mazingira kutoa tahadhari ya mapema. Hata hivyo, si kila wakati inawezekana kubainisha moja kwa moja ni sehemu gani ya ishara ya H5 katika maji taka inatokana na ng’ombe wa maziwa, kuku au ndege wa porini.

Kwa nini dai la tahadhari ya mapema linahitaji kuthibitishwa?

Katika tafiti za nyuma, muda ambao mlipuko ulitokea unajulikana. Watafiti wanaweza kulinganisha rekodi za zamani za maji taka na mstari huu wa muda unaojulikana.

Mfumo wa tahadhari ya mapema wa wakati halisi, kwa upande mwingine, lazima ufanye maamuzi kabla ya mlipuko kuthibitishwa huku ukidhibiti hatari za tahadhari za uongo na matukio yaliyokosekana.

Kwa hiyo, chanzo kinasisitiza kwamba tafiti za wakati halisi, za prospektivu za kohorti na za shambani katika maeneo mbalimbali ya kijiografia zinahitajika ili kubainisha muda sahihi wa kutabiri wa ufuatiliaji wa maji taka unaohusiana na ufugaji.

Ni virusi gani vya mifugo vinaweza kufuatiliwa katika maji taka?

Vimelea vya virusi vilivyopewa kipaumbele katika mapitio ni H5N1, JEV, PEDV, ASFV na HEV. Virusi hivi hutofautiana kwa muundo wa jenomu, aina ya mwenyeji, utoaji katika mazingira, njia ya maambukizi na mbinu ya ugunduzi wa molekuli. Kuweza kugunduliwa katika maji taka hakumaanishi kwamba vyote vinaenezwa kwa njia ileile kupitia maji au vina kiwango kilekile cha hatari ya zoonosi.

Homa ya mafua ya ndege yenye uambukizaji mkubwa A(H5N1)

H5N1 ni mojawapo ya aina ndogo za virusi vya influenza A katika familia ya Orthomyxoviridae zinazohusishwa na homa ya mafua ya ndege yenye uambukizaji mkubwa. Ni virusi vya RNA ya nyuzi moja yenye mwelekeo hasi, yenye sehemu nane na ukubwa wa jenomu wa jumla wa takribani 13,5 kb.

Virusi vinaweza kusababisha ugonjwa mkali na vifo vingi hasa kwa kuku. Kuonekana kwa uhamaji kwenda kwa ng’ombe wa maziwa katika milipuko ya hivi karibuni kumepanua wigo wa ufuatiliaji wa mifugo na afya ya umma.

Katika maambukizi yanayoweza kuathiri tishu ya kiwele cha ng’ombe wa maziwa, utoaji wa virusi katika maziwa ni muhimu. Maji ya kusafisha mashamba, mienendo ya wanyama, uchafuzi wa mazingira unaotokana na ndege wa porini na mikondo ya taka inayohusiana na uzalishaji wa maziwa vinaweza kuchangia ishara za mazingira.

Mapitio yanaeleza kwamba katika hali ya baridi H5N1 inaweza kudumu kwa vipindi fulani katika maji na maji taka; UV, joto na uondoaji vimelea vinaweza kupunguza uadilifu wa virusi na uwezo wake wa kuambukiza.

Katika uchanganuzi wa maji taka, mbinu kama upangaji wa viromu unaotegemea hybrid capture na RT-PCR ya kidijitali ya matone zinaweza kutumika.

Kugunduliwa kwa H5N1 katika maji taka kunaweza kutoa onyo kuhusu mzunguko wa virusi kwa wanyama wa shambani au katika mazingira. Hata hivyo, hili peke yake halithibitishi maambukizi ya binadamu au idadi ya visa katika kundi fulani.

Virusi vya encephalitis ya Japani (JEV)

Virusi vya encephalitis ya Japani ni virusi vya familia ya Flaviviridae vyenye jenomu ya RNA ya nyuzi moja yenye mwelekeo chanya, yenye urefu wa takribani 11 kb.

Katika epidemiolojia ya JEV, mbu kama vekta wana jukumu muhimu. Nguruwe ni wenyeji wanaochangia uzalishaji wa virusi; ndege kama hifadhi na mbu ni muhimu katika mzunguko wa mazingira wa ugonjwa.

Kwa nguruwe, kunaweza kutokea kushindwa kwa uzazi, kuzaliwa kwa wafu, vijusi vilivyokauka na ugonjwa mkali hasa kwa wanyama wanaohisi. Kwa binadamu, maambukizi makali ya neva yanaweza kutokea.

Mabanda ya nguruwe, mashimo, mabwawa ya samadi na mifumo husika ya maji taka ni maeneo ya mazingira ambako nyenzo za kijenetiki za virusi zinaweza kufuatiliwa.

Hata hivyo, matokeo chanya ya molekuli katika sampuli ya maji kwa JEV hayaonyeshi kwamba njia kuu ya maambukizi ya ugonjwa ni maji taka. Ufuatiliaji wa idadi ya mbu na hali za kiikolojia za msimu ni nyongeza muhimu za ufuatiliaji.

Mapitio yanapendekeza kufuatilia JEV kwa RT-qPCR na kutathmini data hizi pamoja na udhibiti wa mbu, ufuatiliaji wa afya ya wanyama, chanjo na mifumo ya taarifa ya Afya Moja.

Virusi vya kuhara kwa mlipuko kwa nguruwe (PEDV)

PEDV ni alphacoronavirus ya familia ya Coronaviridae yenye jenomu ya RNA ya nyuzi moja yenye mwelekeo chanya na ukubwa wa takribani 28 kb.

Virusi huathiri seli za utumbo wa nguruwe na vinaweza kusababisha kuhara kali, kutapika na upotevu wa maji hasa kwa watoto wachanga na wanaonyonya. Chanzo kinaripoti kuwa katika baadhi ya hali za mlipuko kiwango cha vifo kwa vitoto vya nguruwe wachanga wanaohisi kinaweza kufikia %100.

PEDV inaweza kutolewa kwa wingi kupitia kinyesi. Kusafisha mabanda yaliyochafuliwa, kuosha magari ya kusafirisha wanyama, mashimo ya samadi na tope la maji taka vinaweza kuwa na jukumu katika mzunguko wa virusi katika mazingira.

Katika tafiti zilizopitiwa, PEDV RNA imeripotiwa kugunduliwa katika samadi ya nguruwe, maji taka ya mashamba na baadhi ya mazingira ya maji.

Tofauti muhimu ya kimetodolojia kwa PEDV ni kati ya kugundua RNA ya virusi kwa RT-qPCR na kuthibitisha kwa majaribio ya kibayolojia kwamba sampuli ina virusi vinavyoweza kusababisha maambukizi.

Kwa hiyo, ufuatiliaji wa maji taka haupaswi kuzingatiwa tu kama uchanganuzi wa uwepo/kutokuwepo, bali pia pamoja na vipimo vya ziada vinavyotathmini uwezo wa virusi kuambukiza katika mazingira pale inapofaa.

Virusi vya homa ya nguruwe ya Afrika (ASFV)

ASFV ni virusi vya familia ya Asfarviridae vyenye jenomu kubwa ya DNA ya nyuzi mbili. Chanzo katika Jedwali 1 kinatoa ukubwa wa jenomu wa takribani 170–194 kb.

Virusi huathiri nguruwe wa kufugwa na aina mbalimbali za nguruwe wa porini. Katika aina kali za kliniki, homa kali, kutokwa damu na viwango vya juu vya vifo vinaweza kutokea.

ASFV ni muhimu hasa kwa sababu inaweza kusababisha hasara kubwa sana za kiuchumi katika ufugaji wa nguruwe na inaweza kudumu katika mazingira.

Kinyesi, mkojo, damu na nyenzo nyingine zilizochafuliwa kutoka kwa wanyama walioambukizwa zinaweza kuingia katika maji taka ya shamba au mtiririko wa juu ya ardhi. Chanzo kinaeleza kwamba ASFV inaweza kudumu kwa muda mrefu katika halijoto ya chini na mazingira yenye nyenzo hai zinazofaa, kwa mfano zaidi ya siku 60 katika maji ya 4 °C.

ASFV DNA inaweza kugunduliwa kwa qPCR na mbinu nyingine za molekuli. Hata hivyo, kupatikana kwa DNA hakuhakikishi kwamba virusi bado vinaambukiza.

Mapitio yanaeleza kuwa ugunduzi wa virusi unaweza kuwa mgumu katika sampuli zenye vichafuzi vya kikaboni na kwamba mbinu za PCR zinazohusiana na uhai, kama PMA/EMA, zinachunguzwa ili kutofautisha virusi vinavyoambukiza na nyenzo zilizolemazwa.

Tofauti ya zoonosi: ASFV ni muhimu sana kwa afya ya wanyama na usalama wa kiuchumi, lakini si virusi vya zoonosi ambavyo vimeonyeshwa kusababisha maambukizi kwa binadamu. Kwa hiyo, athari zake za kiuchumi na kimazingira hazipaswi kuchanganywa na dai la maambukizi ya moja kwa moja kwa binadamu.

Virusi vya hepatitis E (HEV)

HEV ni virusi vya familia ya Hepeviridae vyenye jenomu ya RNA ya nyuzi moja yenye mwelekeo chanya na ukubwa wa takribani 7,2 kb. Nguruwe ni hifadhi muhimu za wanyama, hasa kwa genotaipu 3 na 4 za HEV zinazoweza kuambukiza binadamu.

Kwa nguruwe, maambukizi mara nyingi yanaweza kutokuwa na dalili wazi za kliniki. Hata hivyo, utoaji wa nyenzo za virusi kupitia kinyesi ni muhimu kwa maambukizi ya kimazingira na yanayohusiana na chakula.

Katika mzunguko wa mazingira wa HEV, maji taka, samadi ya nguruwe na vyanzo vya maji vilivyochafuliwa vinachunguzwa.

Chanzo kinaeleza kuwa HEV inaweza kupatikana katika kinyesi ikiwa haina gamba na katika damu ikiwa na gamba bandia. Tofauti hizi za kimuundo ni muhimu kwa kutathmini ustahimilivu wa mazingira na mbinu za uchanganuzi.

Uwezo wa HEV kuambukizwa kutoka kwa baadhi ya wanyama kwenda kwa binadamu huongeza hitaji la ufuatiliaji, hasa kwa wafanyakazi wa ufugaji, wafanyakazi wa machinjio na mifumo ya usalama wa chakula.

Ulinganisho wa virusi vitano vilivyopewa kipaumbele

Jedwali hili linaonyesha kwamba, ingawa virusi vinatathminiwa ndani ya mkabala mmoja wa ufuatiliaji wa mazingira, vina sifa tofauti za kibayolojia. Tofauti katika muundo wa jenomu huathiri mbinu ya molekuli inayotumika na mkakati wa uchimbaji wa asidi ya nukleiki.

Je, kugunduliwa kwa RNA au DNA ya virusi katika maji taka kunathibitisha kuwepo kwa virusi vinavyoambukiza?

Hapana. Kugunduliwa kwa RNA au DNA ya virusi kwa RT-qPCR, qPCR au ddPCR kunaonyesha kwamba sampuli iliyochanganuliwa ina nyenzo za kijenetiki za virusi lengwa; hakuthibitishi peke yake kwamba virusi vinaweza kusababisha maambukizi au kwamba chembe zote za virusi katika sampuli zimehifadhi uwezo wa kuishi. Hasa kwa PEDV na ASFV, mapitio yanasisitiza tofauti hii na yanaeleza kuwa tathmini ya ziada kwa vipimo vya uwezo wa kuambukiza au mbinu zinazofaa za molekuli zinazohusiana na uhai inahitajika.

Tofauti kati ya asidi ya nukleiki na virusi vinavyoambukiza

Baada ya virusi kulemazwa kwa sababu za kimwili au kikemia, baadhi ya sehemu za jenomu yake zinaweza kuendelea kubaki katika mazingira. Kipimo cha molekuli kinaweza kugundua mabaki haya pia.

Kwa hiyo, matokeo chanya ya kimazingira hayajibu maswali yote matatu tofauti: je, nyenzo za kijenetiki za virusi zipo, je, virusi vinavyoambukiza vipo, na je, ishara inayoonekana inatokana na maambukizi hai kwa wanyama?

Kutenganisha maswali haya huruhusu ufuatiliaji wa mazingira kutumika bila kutoa tahadhari zisizo za lazima au kupunguza umuhimu wa hatari halisi.

Aina ya virusi na uthabiti wa mazingira

Muda ambao virusi vinaweza kubaki katika mazingira hutegemea halijoto, pH, mwanga wa jua, muundo wa maji, kiasi cha nyenzo hai na muundo wa chembe ya virusi.

Mapitio yanaeleza sifa tofauti za kudumu kwa H5N1, JEV, PEDV, ASFV na HEV. Hata hivyo, muda huu wote haukupimwa katika muundo uleule wa majaribio wa maji taka.

Kwa mfano, uwezo wa ASFV kudumu kwa muda mrefu katika mazingira fulani ya baridi na uwezo wa muundo usio na gamba wa HEV kuchangia ustahimilivu katika maji ni mifumo tofauti ya kivirusi.

Kwa hiyo, muda wa kudumu au kasi ya kuharibika iliyotolewa kwa virusi kimoja haipaswi kutumika moja kwa moja kwa virusi vingine.

Sababu nne zinazoathiri kuibuka kwa magonjwa ya virusi

Kielelezo 3 cha chanzo kinawasilisha mfano wa kimawazo unaoeleza magonjwa ya virusi yanayoibuka katika mifumo ya maji taka ya ufugaji kupitia makundi manne ya sababu zinazohusiana.

Mfumo huu si mfano mmoja unaopima kwa majaribio mahusiano yote ya kisababishi. Ni maelezo ya kimawazo yaliyojengwa na mapitio kutokana na taarifa kutoka vyanzo mbalimbali.

Mabadiliko ya tabianchi na matukio makali ya hali ya hewa

Mvua kubwa, mafuriko na dhoruba zinaweza kusababisha kufurika, uharibifu wa mabomba na kupungua kwa uwezo wa kutibu maji taka. Hivyo, taka za kilimo ambazo hazijatibiwa vya kutosha zinaweza kufikia maji ya juu ya ardhi au mifumo ya umwagiliaji.

Ukame na kuongezeka kwa halijoto vinaweza kubadilisha kiasi cha maji, mkusanyiko wa nyenzo hai na hali za matibabu.

Hata hivyo, haiwezi kuhitimishwa kwamba halijoto hubadilisha uthabiti wa mazingira wa virusi vyote katika mwelekeo mmoja. Athari hutofautiana kulingana na muundo wa virusi na hali ya mazingira.

Ufugaji wa kiwango kikubwa na usimamizi wa samadi

Katika mifumo inayofuga aina zaidi ya moja za wanyama pamoja, kuchanganyika kwa mikondo ya taka kunaweza kufanya iwe vigumu kubainisha chanzo cha nyenzo za virusi katika mazingira.

Kufurika kwa mabwawa ya samadi, uhifadhi usiotosha, uhamaji wa magari yaliyochafuliwa na matumizi ya taka ambazo hazijatibiwa kwenye ardhi za kilimo vinaweza kuathiri hatari ya mfiduo wa kimazingira.

Katika hali hizi, inakuwa wazi kwamba L-WBS inahitaji si uchanganuzi wa maabara pekee bali pia kuelewa muundo halisi wa usimamizi wa taka wa shamba.

Kuruka kati ya spishi na mkabala wa Afya Moja

Kuruka kati ya spishi (spillover), ni mchakato wa epidemiolojia unaohusiana na kuhamia kwa pathojeni kutoka kwa hifadhi au aina ya mwenyeji iliyopo kwenda kwa aina mpya ya mwenyeji.

Mchakato huu hautokei kwa namna ileile kwa virusi vyote. Baadhi ya vimelea vinaweza kuambukizwa kutoka kwa wanyama kwenda kwa binadamu, huku vingine vikibaki katika aina fulani za wanyama.

Afya Moja (One Health), ni mkabala jumuishi wa afya unaotambua kwamba afya ya binadamu, wanyama na mazingira imeunganishwa.

Thamani kuu ya ufuatiliaji wa maji taka kwa mtazamo wa Afya Moja ni kusaidia kuweka taarifa za mifugo, uchanganuzi wa mazingira na, inapohitajika, data za afya ya binadamu katika muundo mmoja wa tathmini ya hatari.

Matokeo ya moja kwa moja ya kiuchumi ya magonjwa

Kielelezo 4 cha chanzo kinawasilisha mfano wa njia ya athari unaogawanya matokeo ya kiuchumi ya magonjwa ya virusi katika hasara za moja kwa moja na zisizo za moja kwa moja.

Hasara za moja kwa moja mara nyingi huhusiana na matukio kama ugonjwa, kifo cha wanyama, kuangamizwa kwa lazima, na kupungua kwa uzalishaji wa maziwa au nyama.

Mapitio yanaripoti hasara ya jumla ya takribani dola 950 za Marekani kwa kila ng’ombe wa maziwa aliyeathirika kliniki na H5N1. Takribani dola 335 za Marekani za thamani hii zimehusishwa na hasara ya uzalishaji wa maziwa na dola 615 za Marekani na gharama ya kubadilisha mnyama.

Katika tafiti za awali kuhusu milipuko ya PEDV, hasara ya uzalishaji wa takribani nguruwe milioni 3,7 nchini Marekani na ongezeko kubwa la vifo vya vitoto vya nguruwe katika baadhi ya maeneo zimeripotiwa.

Katika tathmini iliyonukuliwa katika mapitio kuhusu athari za ASFV nchini China, hasara ya uzalishaji ya takribani dola bilioni 25,9 za Marekani imeripotiwa.

Hasara zisizo za moja kwa moja za kiuchumi na kijamii

Athari zisizo za moja kwa moja zinaweza kuendelea hata baada ya mlipuko kudhibitiwa. Vipimo vya mifugo, uwekezaji katika usalama wa kibayolojia, kupotea kwa wafanyakazi, kuvurugika kwa mipango ya uzalishaji, vikwazo vya mauzo ya nje na matatizo ya mnyororo wa usambazaji huingia katika kundi hili.

Mapitio yanaeleza kuwa nchini Japani gharama za usalama wa kibayolojia na chanjo zinazohusiana na PEDV zilikuwa takribani yen bilioni 1,18 za Japani, yaani takribani dola milioni 11 za Marekani katika tathmini ya utafiti husika.

Mifano ya kiuchumi iliyotolewa kwa mlipuko wa ASFV nchini Vietnam inajumuisha makadirio ya kupungua kwa pato la taifa kwa takribani %0,4–1,8 na kupotea kwa ajira kati ya 247 elfu na milioni 1,2.

Thamani hizi zinatokana na nyakati, nchi na mifumo tofauti ya tathmini ya kiuchumi. Haziwezi kujumlishwa moja kwa moja ili kutengeneza jumla moja ya gharama za dunia.

Mbinu na Matokeo ya Utafiti

Muundo wa utafiti

Utafiti huu ni mapitio ya kimfumo yanayofuata mfumo wa kuripoti wa PRISMA 2020. Badala ya kupima upya data za msingi za utafiti, unatathmini matokeo ya tafiti zilizochapishwa kwa kutumia vigezo vilivyoainishwa vya uteuzi.

Watafiti walitafuta tafiti za Kiingereza zilizochapishwa hadi 30 Novemba 2025 katika Google Scholar, PubMed, Scopus na Web of Science.

Katika utafutaji, visawe mbalimbali vya maji taka, maji ya majitaka, ufuatiliaji wa mazingira, ufugaji, vimelea vya virusi, kinyesi, ugonjwa na dhana zinazohusiana vilitumika.

Sehemu zinazofaa za utafutaji na viendeshaji vya Boolean vilitumika katika hifadhidata; vyanzo viliunganishwa katika programu ya EndNote 21.3. Uondoaji wa kiotomatiki wa rekodi marudio ulifuatiwa na uthibitisho wa mkono.

Vigezo vya kujumuisha tafiti

Chanzo kilitumia mkabala wa PICO uliorekebishwa katika vitalu vitatu vikuu: ufugaji au idadi husika ya wanyama; maji taka au ufuatiliaji wa mazingira; vimelea vya virusi vinavyoibuka au kuibuka tena.

Tafiti zilihitajika kuhusiana na mifumo ya ufugaji na kuchunguza matritsi za mazingira zinazofaa kama maji taka, maji ya majitaka, vimiminika vinavyohusiana na samadi au mikondo ya taka za kilimo.

Tafiti za maji taka ya mijini yanayotokana na binadamu pekee zilitengwa pale ambapo mikondo ya taka za mifugo haikuweza kutenganishwa mahsusi.

Tafiti zilizolenga tu jeni za usugu wa dawa za kuua vijidudu bila kubainisha kwa wakati mmoja pathojeni lengwa ya mifugo pia zilitengwa.

Mtiririko wa uteuzi wa PRISMA

Katika Kielelezo 2, kati ya tafiti 135 zilizoondolewa katika tathmini ya kufaa, 78 zilikuwa tafiti za maji taka zinazohusu binadamu pekee, 13 hazikuwa na mwelekeo wa ugonjwa unaoibuka, 13 zilikuwa tafiti za mwenyeji asiyehusika, 4 zililenga matritsi za mazingira zisizo maji taka na 27 zilihusu jeni za usugu wa dawa za kuua vijidudu pekee.

Tofauti ya kimetodolojia: Tafiti 36 zilizochaguliwa kwa mapitio ya kimfumo na tafiti 19 zilizoingizwa katika usanisi wa kimaelezo si idadi sawa. Tofauti hii imehifadhiwa katika chanzo; haipaswi kudhaniwa kuwa tafsiri zote za kiasi na za kimaelezo zilitolewa moja kwa moja kutoka kwa tafiti zilezile 36.

Tathmini ya hatari ya upendeleo

Waandishi wanaeleza kuwa walitumia zana ya Cochrane RoB 2 kutathmini hatari ya upendeleo katika tafiti zilizojumuishwa.

Maeneo matano yalichunguzwa:

• D1: Mchakato wa kuweka nasibu.
• D2: Mikengeuko kutoka kwa uingiliaji uliopangwa.
• D3: Data za matokeo zinazokosekana.
• D4: Upimaji wa matokeo.
• D5: Uteuzi wa matokeo yaliyoripotiwa.

Katika Kielelezo 1 cha chanzo, alama ya kijani inaonyesha hatari ndogo ya upendeleo, ya njano inaonyesha baadhi ya wasiwasi, na ya nyekundu inaonyesha hatari kubwa ya upendeleo.

Grafu inaonyesha tathmini ya maeneo kwa tafiti tisa. Matatizo yaliyo wazi zaidi yanahusu hasa upimaji wa matokeo na tofauti za kimetodolojia katika baadhi ya miundo ya utafiti.

Tahadhari ya kimetodolojia: RoB 2 ilitengenezwa hasa kwa tafiti zilizowekwa nasibu. Hata hivyo, katika mapitio ilitumika kwa tafiti za uchunguzi na sampuli za kimazingira. Kwa hiyo, kufaa kwa maeneo ya tathmini kwa aina ya utafiti kunapaswa kuzingatiwa pia. Grafu inayoonekana ya tafiti tisa haionyeshi peke yake jinsi tafiti zote 36 zilivyopimwa kwa kiwango kilekile cha undani.

Katika maandishi, herufi M.S. na M.M.R. zimetolewa kwa tathmini ya awali na M.D.G. kwa kutatua kutokubaliana. Mgawanyo huu wa majukumu haujaelezwa kikamilifu pamoja na usemi wa maandishi wa “watathmini watatu huru”.

Teknolojia kuu za ugunduzi wa molekuli

Kwa nini maji taka ya shamba ni magumu kwa maabara?

Maji taka yanayotokana na ufugaji mara nyingi yana kiasi kikubwa cha nyenzo hai, yabisi isiyoyeyuka, nyuzi za mimea, chakula ambacho hakijameng’enywa, nyenzo za humic, chumvi za nyongo na vipengele vingine vya kibayokemia.

Vipengele hivi vinaweza kufanya uchujaji wa sampuli kuwa mgumu na kuzuia mmenyuko wa PCR. Uzuiaji unaweza kusababisha ishara dhaifu, matokeo hasi ya uongo au kukadiria mzigo wa virusi kuwa chini kuliko ulivyo katika sampuli ambayo kwa kweli ina nyenzo za virusi.

Aidha, aina ya mnyama, mfumo wa makazi, usimamizi wa samadi na matumizi ya maji vikibadilika, muundo wa kimwili na kikemia wa maji taka unaweza kubadilika pia.

Kwa hiyo, haipaswi kutarajiwa kwamba itifaki ya maandalizi iliyofanikiwa katika maji taka ya manispaa yanayotokana na binadamu itatoa utendaji uleule katika tope la samadi ya nguruwe lenye yabisi nyingi.

Mbinu za kukoleza na kuchimba virusi

Mapitio yanajadili mbinu kama uambishaji wa polyethylene glycol (PEG), ultrafiltration, uchujaji kwa membrani yenye chaji hasi, ultracentrifugation, uambishaji kwa misombo ya alumini na flokulesheni ya maziwa yasiyo na mafuta.

Miongoni mwa itifaki zilizoboreshwa zilizopitiwa katika chanzo pia kuna uambishaji wa PEG unaosaidiwa na ekstrakti ya nyama ya ng’ombe. Kama mfano, mkabala unaojumuisha %8 PEG-8000, 0,3 M NaCl na inkubeshaji usiku kucha katika 4 °C umetajwa.

Katika baadhi ya matritsi zilizolinganishwa na ultrafiltration ya Amicon, urejeshaji wa virusi wa takribani %10–14 uliripotiwa.

Thamani hizi si dhamana ya utendaji wa jumla kwa aina zote za maji taka. Zinaweza kutofautiana kulingana na aina ya virusi, mkusanyiko wa awali, sifa za matriksi na hali za maandalizi ya sampuli.

Mahitaji makuu ya usanifishaji

Mapitio yanapendekeza kulinganisha kiasi cha sampuli, muda, uhifadhi, kukoleza, uchimbaji wa asidi ya nukleiki, kuondoa vizuizi, udhibiti wa ubora na utoaji wa taarifa za uchanganuzi ili matokeo kutoka maabara tofauti yaweze kulinganishwa.

Chanzo pia kinajadili mifano maalum ya itifaki kama kiasi cha sampuli cha 40 mL, PEG-8000 na kusentrifugi kwa saa mbili katika 12.000 × g. Hii ni mifano ya mapendekezo ya mbinu na fasihi katika upeo wa mapitio; haijaonyeshwa kuwa imekuwa kiwango kimoja cha lazima kwa vimelea vyote.

Ulinganisho kati ya maabara na nyenzo rejea ni muhimu hasa kwa kutambua tofauti zinazotokana na mbinu.

Matokeo ya kiuchumi yaliyochaguliwa

Kikomo cha ufasiri wa namba: Jedwali hili halijumuishi vipimo vipya vya kiuchumi kutoka kwa utafiti mmoja. Matokeo ni ya tafiti tofauti za awali zilizotathminiwa katika Jedwali 3 la mapitio. Kwa sababu ya tofauti za muda, nchi, mbinu na upeo wa kiuchumi, thamani hizi haziwezi kujumlishwa moja kwa moja kuwa jumla moja ya kimataifa.

Hitimisho linaloungwa mkono na utafiti

• Mifumo ya maji taka inayohusiana na ufugaji inaweza kutumika kufuatilia mzunguko wa kimazingira wa vimelea mbalimbali vya virusi.
• Ugunduzi wa H5N1, JEV, PEDV, ASFV na HEV katika maji taka au sampuli husika za mazingira umeripotiwa katika fasihi.
• Katika baadhi ya tafiti za nyuma, ishara za kijenetiki za virusi ziligunduliwa kabla ya taarifa za kliniki.
• Aina ya matriksi ya maji taka huathiri unyeti wa uchanganuzi wa molekuli.
• Kiasi kikubwa cha nyenzo hai na vizuizi vya PCR vinaweza kufanya ulinganisho wa kiasi unaoaminika kuwa mgumu.
• Ufuatiliaji wa mazingira unaweza kusaidia vipimo lengwa vya mifugo na maamuzi ya usalama wa kibayolojia.
• Mkabala wa Afya Moja unatoa mfumo unaofaa wa kuunganisha ufuatiliaji wa mazingira na data za mifugo na afya ya umma.
• Ukubwa wa hasara za kiuchumi hufanya uchunguzi wa ugunduzi wa mapema kuwa muhimu.

Hitimisho lisiloungwa mkono na utafiti

• Haithibitishi kwamba kipimo cha maji taka kitagundua virusi vyote vya mifugo kabla ya dalili za kliniki.
• Haionyeshi kwamba RNA au DNA ya virusi katika sampuli ya maji taka daima inamaanisha virusi vinavyoambukiza.
• Haionyeshi kwamba idadi ya wanyama walioambukizwa inaweza kuhesabiwa kwa usahihi kutoka sampuli moja chanya ya maji taka.
• Haithibitishi kwamba maji taka ndiyo njia kuu ya maambukizi kwa virusi vyote vilivyogunduliwa.
• Haionyeshi kwamba ASFV husababisha maambukizi ya moja kwa moja ya zoonosi kwa binadamu.
• Haiufanyi muda wa tahadhari ya mapema wa H5N1 uliopatikana kwa uchanganuzi wa nyuma kuwa muda thabiti wa utabiri kwa maeneo yote.
• Haionyeshi kwamba L-WBS imefikia utendaji sanifu katika hali zote za maabara na mashamba.
• Haihesabu kwamba asilimia fulani ya hasara za kiuchumi za mlipuko zitazuiliwa kwa uhakika mara ufuatiliaji wa maji taka utakapoanzishwa.
• Haithibitishi gharama-ufanisi wa kiuchumi wa mfumo kwa jaribio jipya huru la shambani.

Mapengo makuu ya maarifa

Pengo muhimu zaidi la maarifa katika mapitio ni kwamba uhusiano wa kiasi kati ya mzigo wa virusi katika mazingira na kiwango halisi cha maambukizi katika kundi haujathibitishwa vya kutosha.

Upungufu wa pili ni kwamba mbinu zinazoweza kulinganishwa kwa virusi tofauti na aina tofauti za maji taka ya mashamba bado hazijasanifishwa vya kutosha.

Upungufu wa tatu ni kwamba virusi vinavyoambukiza na mabaki ya nyenzo za kijenetiki za virusi hayawezi kutenganishwa katika kila uchanganuzi.

Upungufu wa nne ni hitaji la kupima utendaji wa tahadhari ya mapema kwa wakati halisi katika mazingira tofauti ya kilimo.

Upungufu wa tano ni kwamba baadhi ya virusi vya wanyama vinavyoenezwa na mbu au vekta nyingine za arthropoda haviwezi kufuatiliwa vya kutosha kupitia maji taka. Chanzo kinajadili virusi vya bluetongue (BTV), virusi vya ugonjwa wa ngozi wenye vinundu kwa ng’ombe (LSDV) na virusi vya homa ya Bonde la Rift (RVFV) kama mifano ya kikomo hiki.

Mkabala wa matumizi unaopendekezwa kwa siku zijazo

Mapitio yanapendekeza kuendeleza ushirikishwaji wa data wa wakati halisi kati ya upangaji wa kizazi kijacho, metagenomiki ya mazingira na mifumo ya mifugo katika nchi zenye miundombinu ya maabara iliyoendelea.

Katika maeneo yenye rasilimali chache zaidi, inapendekezwa kuweka kipaumbele kwa uchunguzi wa gharama ya chini unaotegemea RT-qPCR katika maeneo kama machinjio yenye hatari kubwa, masoko ya wanyama hai na njia maalum za taka za mifugo.

Katika mikabala yote miwili, matokeo ya maji taka yanapaswa kutathminiwa pamoja na ufuatiliaji wa kliniki wa wanyama, ufuatiliaji wa vekta inapohitajika na mifumo husika ya taarifa za afya ya umma.

Maelezo ya Chanzo na Mbinu

Utafiti asili: Wastewater as Sentinel for Emerging Viral Diseases in Livestock: A Systematic Review.

Waandishi: Mishuk Shaha; Ashutosh Das; Joyshri Saha; Md. Mizanur Rahaman; Mukta Das Gupta; Saranika Talukder; Subir Sarker.

Mwandishi wa mawasiliano: Subir Sarker.

Taasisi: Department of Genetics and Animal Breeding, Faculty of Veterinary Medicine, Chattogram Veterinary and Animal Sciences University, Bangladesh; Department of Economics, Noakhali Government College, Bangladesh; Biomedical Sciences and Molecular Biology, College of Medicine and Dentistry, James Cook University, Australia; Australian Institute of Tropical Health and Medicine, James Cook University, Australia; Department of Microbiology and Veterinary Public Health, Chattogram Veterinary and Animal Sciences University, Bangladesh; College of Science and Engineering, James Cook University, Australia.

Jarida: Viruses.

Mchapishaji: MDPI.

Rekodi ya bibliografia: Viruses 2026, 18(3), 385.

DOI: 10.3390/v18030385.

Kiungo rasmi cha chapisho: https://www.mdpi.com/1999-4915/18/3/385

Tarehe ya kuchapishwa: 19 Machi 2026. Makala ilipokelewa 22 Februari 2026, ikarekebishwa 11 Machi 2026 na kukubaliwa 17 Machi 2026.

Aina ya utafiti: Mapitio ya kimfumo yaliyopitiwa na wataalamu. Yanatathmini vipengele vya kimazingira, vya mifugo, vya epidemiolojia na vya kiuchumi vya ufuatiliaji wa virusi unaotegemea maji taka yanayohusiana na ufugaji.

Mbinu ya utafiti: Utafutaji wa fasihi unaotegemea PRISMA 2020; hifadhidata za Google Scholar, PubMed, Scopus na Web of Science; mfumo wa PICO uliorekebishwa; vigezo vilivyoainishwa vya kujumuisha na kuondoa; usimamizi wa rekodi na marudio kwa EndNote 21.3; tathmini ya hatari ya upendeleo ya Cochrane RoB 2 iliyoripotiwa katika chanzo; usanisi wa kisayansi wa kimaelezo.

Kipindi cha utafutaji: Tafiti zilizochapishwa hadi 30 Novemba 2025.

Uteuzi wa tafiti: Rekodi 4394 zilitambuliwa; vichwa na muhtasari 1435 vilichunguzwa; maandishi kamili 171 yalitathminiwa kwa kufaa; tafiti 36 zilichaguliwa kwa mapitio ya kimfumo na tafiti 19 zikaingizwa katika usanisi wa kimaelezo.

Vimelea vya virusi vilivyopewa kipaumbele: Homa ya mafua ya ndege yenye uambukizaji mkubwa A(H5N1), virusi vya encephalitis ya Japani (JEV), virusi vya kuhara kwa mlipuko kwa nguruwe (PEDV), virusi vya homa ya nguruwe ya Afrika (ASFV) na virusi vya hepatitis E (HEV).

Teknolojia kuu za molekuli: RT-PCR, RT-qPCR, qPCR, PCR ya kidijitali ya matone, mbinu za ukuzaji wa isothermal, mifumo ya PCR inayohusiana na uhai na upangaji wa kizazi kijacho.

Mazingira yaliyochunguzwa: Njia za maji taka zinazohusiana na ufugaji, tope la samadi ya wanyama, mifereji ya mashamba, mabwawa ya samadi, maji taka ya machinjio na mikondo mingine ya taka inayoweza kuhusishwa na vyanzo vya kilimo.

Data mpya za majaribio: Utafiti haukutengeneza kampeni mpya ya kuchukua sampuli wala seti huru ya data za maabara. Matokeo yalitolewa kutoka tafiti zilizochapishwa.

Kielelezo 1: Onyesho la taa za barabarani la tathmini ya hatari ya upendeleo ya RoB 2 kwa tafiti tisa.

Kielelezo 2: Mtiririko wa uteuzi wa tafiti wa PRISMA; rekodi 4394 za mwanzo, tafiti 36 za mapitio ya kimfumo na tafiti 19 za usanisi wa kimaelezo.

Kielelezo 3: Mfano wa kimawazo unaounganisha viashiria vya kimazingira, vya kilimo, vya vijidudu na vya kijamii na kiuchumi vya virusi vya mifugo vinavyoibuka katika maji taka.

Kielelezo 4: Mfano wa njia ya athari unaoonyesha athari za moja kwa moja na zisizo za moja kwa moja za kiuchumi za magonjwa.

Jedwali 1: Sifa za kimofolojia, kijenomu, mwenyeji na ugunduzi za virusi vitano vilivyopewa kipaumbele.

Jedwali 2: Ugunduzi wa virusi ulioripotiwa katika maji taka yanayohusiana na ufugaji, nchi, vyanzo vya mazingira na miunganisho ya epidemiolojia.

Jedwali 3: Matokeo kutoka tafiti tofauti kuhusu athari za magonjwa ya virusi kwa uzalishaji, biashara, uchumi na jamii.

Leseni: Leseni ya ufikiaji wazi ya Creative Commons Attribution (CC BY).

Ufadhili: Waandishi waliripoti kuwa utafiti huu haukupokea ufadhili wa nje.

Shukrani na taarifa tofauti ya msaada: Imeripotiwa kuwa Subir Sarker ni mpokeaji wa Australian Research Council Discovery Early Career Researcher Award (DE200100367) inayofadhiliwa na Serikali ya Australia. Chanzo pia kinaeleza kwamba Serikali ya Australia haikuwa na jukumu katika muundo wa utafiti, uchanganuzi wa data, uamuzi wa kuchapisha au maandalizi ya makala. Taarifa hii ya tuzo binafsi haikutafsiriwa kuwa utafiti wenyewe ulipokea ufadhili wa nje wa moja kwa moja.

Kamati ya maadili: Iliripotiwa kuwa haitumiki.

Ridhaa iliyoarifiwa: Iliripotiwa kuwa haitumiki.

Upatikanaji wa data: Ilielezwa kuwa hakuna data mpya zilizotengenezwa.

Mgongano wa maslahi: Waandishi waliripoti kutokuwa na mgongano wa maslahi.

Michango ya waandishi: Uundaji wa dhana M.S., A.D. na S.S.; mbinu M.S., A.D. na J.S.; programu M.S. na M.M.R.; uthibitishaji M.S., A.D., J.S. na S.S.; uchanganuzi rasmi M.S. na M.M.R.; utafiti M.S. na J.S.; utunzaji wa data M.S. na J.S.; rasimu ya awali M.S.; mapitio na uhariri M.S., A.D., M.M.R., M.D.G., S.T. na S.S.; ushauri A.D. na S.S.; upatikanaji wa ufadhili S.S., kama ilivyoripotiwa.

Nyenzo za ziada: Table S1: PRISMA checklist; Table S2: Risk-of-bias assessment. Nyenzo za ziada zinapatikana katika ukurasa rasmi wa chapisho wa MDPI.

Tahadhari ya kimetodolojia 1: Katika chanzo, zana ya RoB 2 ilitumika kwa tafiti za uchunguzi wa mazingira. Ulinganifu wa kimetodolojia kati ya eneo la kawaida la matumizi ya zana na miundo ya tafiti katika mapitio unapaswa kuzingatiwa tofauti.

Tahadhari ya kimetodolojia 2: Wakati Kielelezo 1 cha chanzo kinaonyesha tathmini inayoonekana ya hatari ya upendeleo kwa tafiti tisa, mtiririko wa PRISMA unaonyesha kuwa tafiti 36 zilichaguliwa na 19 zikaingizwa katika usanisi wa kimaelezo. Viwango hivi havipaswi kuchanganywa.

Tahadhari ya kimetodolojia 3: Faida ya tahadhari ya mapema inaungwa mkono katika mifano mingi na matokeo ya uchanganuzi wa nyuma. Hakuna muda wa tahadhari ya mapema uliothibitishwa kwa matumizi ya prospektivu na unaoweza kujumlishwa kwa mifumo yote ya ufugaji uliotolewa.

Tahadhari ya kimetodolojia 4: Kugunduliwa kwa nyenzo za kijenetiki katika maji taka hakuwezi kufasiriwa kama kuwepo kwa virusi vinavyoambukiza au kiwango sahihi cha maambukizi katika kundi.

Tahadhari ya kimetodolojia 5: Matokeo ya kiuchumi ni makadirio ya athari za magonjwa kutoka tafiti tofauti za awali zilizotajwa katika mapitio; si akiba ya gharama iliyopimwa ya ufuatiliaji wa maji taka.

Kikomo cha matumizi ya kisayansi: Makala hii ya Verianla inaeleza kwa muundo huru wa kielimu mbinu, mfumo wa epidemiolojia, vimelea vya virusi, matatizo ya kiufundi na matokeo ya kiuchumi ya mapitio ya kimfumo ya awali. Kwa utambuzi wa kliniki, tathmini ya hatari ya mazingira, kuunda itifaki ya maabara au maamuzi rasmi kuhusu mienendo ya wanyama, tafiti za awali na miongozo ya kiufundi ya sasa ya mamlaka husika za mifugo zinapaswa kutumika kama msingi.