Ierarxik hisoblash asosidagi fitokimyoviy ustuvorlashtirish, ko‘plab tabiiy birikmalarni bitta docking skoriga ko‘ra saralash o‘rniga statistika, molekulyar docking, bog‘lanish energiyasini baholash, farmakokinetika va toksiklik prognozlari, retseptor moslashuvchanligi, molekulyar dinamika va kvant-kimyoviy deskriptorlar kabi bir-birini to‘ldiruvchi hisoblash filtrlari yordamida bosqichma-bosqich toraytiradigan nomzod tanlash yondashuvidir. Ushbu tadqiqot Uvaria chamae o‘simligidan avval tuzilishi aniqlangan 105 fitokimyoviy moddani Ebola virusi glikoprotein tizimi GP1-GP2 va SARS-CoV-2 papainsimon proteazasi PLpro ga qarshi baholagan; Proanthocyanidin-ni Ebola nishoni, Uvangoletin-ni esa PLpro uchun keyingi eksperimental tekshiruvga o‘tkazilishi mumkin bo‘lgan hisoblash nomzodlari sifatida ustuvorlashtirgan. Tadqiqot hujayra, hayvon yoki insonda antiviral samaradorlikni ko‘rsatmagan.

Boshlang‘ich ma’lumotlar to‘plami 106 ta Uvaria chamae metabolitidan iborat bo‘lgan. Biroq joolanin deb ataladigan birikmaning kimyoviy tuzilishini mavjud adabiyotdagi bir-biriga zid strukturaviy tavsiflar sabab aniq belgilab bo‘lmagani uchun u tadqiqotdan chiqarilgan va hisoblashlar tuzilishi tavsiflangan 105 birikma ustida olib borilgan. Bu birikmalar ildiz, poya, barg va urug‘lardan xabar qilingan flavonoidlar, asetogeninlar, fenolik birikmalar, alkaloidlar, sterollar, terpenlar, uchuvchan moy komponentlari va boshqa fitokimyoviy sinflarni qamrab oladi.

Ebola virusi uchun PDB ID 5F1B ishlatilgan. Ushbu tuzilma qayta ishlangan Ebola glikoproteinining endosomal retseptor Niemann–Pick C1 (NPC1) bilan o‘zaro ta’sirini ifodalagani uchun virusning membrana qo‘shilishidan oldingi kirish bosqichini o‘rganish maqsadida tanlangan. SARS-CoV-2 uchun PDB ID 7CMD dagi papainsimon proteaza PLpro ishlatilgan. PLpro ham virus poliproteinlarini qayta ishlashda, ham deubiquitination va deISGylation faoliyatlari orqali mezbonning tug‘ma immun javobini susaytirishda qatnashadigan virus fermentidir. 7CMD tuzilmasida nokovalent inhibitor GRL0617 mavjud bo‘lgani uchun docking va dinamik taqqoslashlar uchun eksperimental ravishda aniqlangan referens bog‘lanish sohasi taqdim etadi.

Statistik tahlilda o‘simlik organi umumiy docking samaradorligining kuchli belgilovchisi sifatida namoyon bo‘lmagan. Ebola nishoni 5F1B uchun organlar o‘rtasida ahamiyatli farq topilmagan; 7CMD uchun Kruskal–Wallis testi umuman \(p=0.0316\) bergan bo‘lsa-da, Dunn ko‘p martalik taqqoslash tuzatishidan keyin hech bir organ juftligi ahamiyatli bo‘lib qolmagan. Bunga qarama-qarshi ravishda fitokimyoviy sinfning ta’siri aniqroq bo‘lgan: flavonoidlar har ikki nishonda ham eng past, ya’ni eng qulay o‘rtacha ranglarga ega bo‘lgan va flavonoidlar bilan asetogeninlar o‘rtasidagi farq 5F1B uchun \(p=0.0002\), 7CMD uchun \(p=0.0018\) deb topilgan.

Shunga qaramay, tadqiqot “ildiz va poya boshqa organlarga qaraganda antiviral jihatdan ustun” degan xulosaga kelmaydi. Eng yuqori rangli individual nomzodlarning muhim qismi ildiz va poyadan xabar qilingan; biroq organ darajasidagi taqsimotlar statistik jihatdan yetarlicha ajralmagan. Bundan tashqari, ayrim metabolitlar bir nechta o‘simlik organida uchragani sabab bir xil birikmaning bir necha guruhga hissa qo‘shishi guruh mustaqilligi farazini cheklaydi.

Ebola GP nishonida Proanthocyanidin GP1 zanjiridagi dastlabki docking tahlilida −6,17 kcal/mol XP skori va −45,66 kcal/mol Prime MM-GBSA qiymati bilan kuchli profil ko‘rsatgan. Biroq Proanthocyanidin barcha Ebola nomzodlari orasida yolg‘iz “eng manfiy energiyaga ega molekula” emas. Masalan, Squamocin GP2 zanjirida −54,86 kcal/mol, Neoannonin esa to‘liq GP1-GP2 tahlilida −58,35 kcal/mol Prime MM-GBSA qiymatini ko‘rsatgan. Proanthocyanidin-ning final bosqichga tanlanishiga sabab uning to‘liq kompleks va alohida GP1 hamda GP2 tahlillarida izchilroq profil ko‘rsatishi, retseptor moslashuvchanligi tahliliga o‘tkazilishi mumkinligi va molekulyar dinamika davomida barqaror bog‘lanish pozasini saqlab qolishidir.

SARS-CoV-2 PLpro uchun Uvangoletin-ning dastlabki XP docking skori −6,20 kcal/mol, Prime MM-GBSA bahosi −41,69 kcal/mol. Induced-fit docking dan keyin docking skori −9,43 kcal/mol gacha yaxshilangan. Diuvaretin-ning IFD skori pastroq, ya’ni qulayroq −11,57 kcal/mol bo‘lishiga qaramay, Uvangoletin docking, bog‘lanish energiyasi, ADMET, medicinal-chemistry xususiyatlari va muhim PLpro qoldiqlari bilan davomiy o‘zaro ta’sirlarning umumiy muvozanati sabab molekulyar dinamika uchun tanlangan.

100 ns molekulyar dinamika simulyatsiyalari Proanthocyanidin-ni Ebola GP1-GP2 da Toremifene bilan, Uvangoletin-ni esa PLpro da GRL0617 bilan bir xil retseptor sharoitlarida taqqoslagan. Protein backbone RMSD lari to‘rtta asosiy tizimda tezda platoga chiqqan va katta strukturaviy siljish kuzatilmagan. Biroq trayektoriya asosidagi MM-GBSA referens inhibitorlar har ikki nishonda ham qulayroq energiya baholarini berganini ko‘rsatgan: Toremifene −49,7 ± 0,3 kcal/mol bo‘lsa Proanthocyanidin −37,2 ± 0,3 kcal/mol; GRL0617 −33,7 ± 0,2 kcal/mol bo‘lsa Uvangoletin −26,8 ± 0,2 kcal/mol. Demak nomzodlarni ustuvorlashtirish “referens inhibitordan kuchliroq bog‘lanadi” degan da’voga asoslanmaydi.

Konseptual zichlik funksionali nazariyasi (DFT) tahlilida Proanthocyanidin uchun HOMO-LUMO bo‘shlig‘i 5,37 eV, Uvangoletin uchun 4,81 eV deb hisoblangan. Manba bu qiymatlarni pastroq frontier-orbital reaktivlik va nisbatan yuqori ichki elektron barqarorlik bilan bog‘laydi. Biroq DFT deskriptorlari izolyatsiyalangan ligandning eritmadagi elektron xususiyatlarini ifodalaydi; protein-ligand bog‘lanish affinitetini o‘lchamaydi va MM-GBSA o‘rnida ishlatilmaydi.

Tadqiqotning asosiy natijasi antiviral dori kashfiyoti yakunlangani emas, balki katta va kimyoviy jihatdan geterogen tabiiy mahsulotlar kutubxonasini eksperimental sinovga o‘tishdan oldin uch darajada — o‘simlik organi, fitokimyoviy sinf va individual metabolit — tizimli ravishda ustuvorlashtirish mumkinligini ko‘rsatishdir. Shu sababli Proanthocyanidin va Uvangoletin “tasdiqlangan antiviral agentlar” emas, balki eksperimental tasdiqqa olib borish tavsiya etilgan hisoblash nomzodlaridir.

Nega bu tadqiqot antiviral dori samaradorligi tadqiqoti emas, balki nomzodlarni ustuvorlashtirish tadqiqotidir?

Chunki tadqiqotda Ebola yoki SARS-CoV-2 bilan zararlangan hujayralarda antiviral samaradorlik, virus yuklamasi, IC50/EC50, sitotoksiklik, hayvonlarni davolash yoki klinik natija o‘lchanmagan; tadqiqotchilar 105 tabiiy mahsulotni hisoblash modellari yordamida eksperimental sinov uchun toraytirgan va o‘z natijalarida Proanthocyanidin hamda Uvangoletin-ni “prioritized computational candidates” deb ta’riflagan.

105 birikmaga qanday erishildi?

Tadqiqotning kimyoviy ma’lumotlar to‘plami mualliflar guruhi ilgari nashr etgan keng qamrovli Uvaria chamae fitokimyo ma’lumotlar to‘plamidan olingan. Bu ma’lumotlar to‘plami PubMed, Scopus, ScienceDirect va Google Scholar qidiruvlaridan yig‘ilgan va faqat Uvaria chamae dan ajratilgani yoki ishonchli strukturaviy tavsifi xabar qilingan birikmalar saqlangan.

Boshida:

\[ N_{\mathrm{başlangıç}}=106 \]

fitokimyoviy modda mavjud edi. Joolanin tuzilishi adabiyotda izchil aniqlanmagani uchun:

\[ N_{\mathrm{analiz}}=105 \]

fitokimyoviy modda hisoblashga kiritildi.

Bu 105 soni yangi laboratoriya ekstraksiyasi natijasi emas; avvalgi fitokimyoviy adabiyotda tuzilishi tavsiflangan molekulalarning hisoblash kutubxonasidir.

Ligandlar qanday tayyorlandi?

Uch o‘lchamli ligand tuzilmalari imkon qadar PubChem dan olingan va Schrödinger Suite v2025-1 ichidagi LigPrep bilan tayyorlangan. Tayyorlash bosqichi energiyani minimallashtirish, stereokimyoni tekshirish, fiziologik sharoitni ifodalash uchun pH 7,4 ± 2,0 oralig‘ida ionlanish holatlarini yaratish va OPLS4 kuch maydoni bilan geometriyani optimallashtirishni o‘z ichiga olgan.

Bu jarayon muhim; chunki docking algoritmi molekulaning faqat ikki o‘lchamli kimyoviy formulasidan emas, balki ma’lum protonlanish, stereokimyo va uch o‘lchamli konformatsiya holatidan foydalanadi. Shuning uchun ligand tayyorlash keyingi energiya skorlariga bevosita ta’sir qiladigan metodik bosqichdir.

Ebola GP1-GP2 va SARS-CoV-2 PLpro nega ikki xil nishon sifatida tanlandi?

Ikki nishon virus hayot siklining turli bosqichlarini ifodalaydi: 5F1B Ebola glikoproteinining NPC1 bilan bog‘liq endosomal kirish va qo‘shilish bosqichiga, 7CMD dagi PLpro esa SARS-CoV-2 ning virus oqsillarini qayta ishlash va immun qochish mexanizmlariga qarshi hisoblash bog‘lanish nomzodlarini baholash uchun tanlangan.

Ebola nishoni: PDB 5F1B

5F1B primed Ebola virusi glikoproteinining endosomal Niemann-Pick C1 retseptori bilan o‘zaro ta’sir qiladigan strukturaviy kontekstni ifodalaydi. Bu o‘zaro ta’sir membrana qo‘shilishi va virus genomining hujayra ichiga chiqarilishidan oldin sodir bo‘ladigan muhim bosqichdir.

5F1B tuzilmasida dockingni tekshirish uchun mos birgalikda kristallangan kichik molekula bo‘lmagani sabab tadqiqotchilar bog‘lanish cho‘ntagini SiteMap bilan taxmin qilgan. Eng yuqori ranglangan cho‘ntakdan yaratilgan grid markaz koordinatalari:

Taqqoslanish imkonini saqlash maqsadida ayni grid koordinatalari tegishli 5F1B strukturaviy tahlillarida saqlangan.

SARS-CoV-2 nishoni: PLpro, PDB 7CMD

7CMD kristall tuzilmasida nokovalent inhibitor GRL0617 bo‘lgani uchun docking grid to‘g‘ridan-to‘g‘ri ushbu ligandning bog‘lanish sohasiga markazlashtirilgan:

\[ X=-34.22,\qquad Y=-11.63,\qquad Z=-30.06 \]

Docking protokoli o‘z kristall tuzilmasini qayta hosil qila olishini tekshirish uchun co-crystallized ligand qayta dock qilingan. Kristall poza bilan bashorat qilingan poza o‘rtasidagi RMSD:

\[ \mathrm{RMSD}=0.24~\text{\AA} \]

deb topilgan. Tadqiqot bu kichik og‘ishni 7CMD docking protokoli bog‘lanish pozasini qayta hosil qila olishini tasdiqlovchi dalil sifatida ishlatadi.

Docking, MM-GBSA, IFD, ADMET, molekulyar dinamika va DFT bir-biridan qanday farqli ma’lumot beradi?

Docking ehtimoliy bog‘lanish pozasi va boshlang‘ich skorni, Prime MM-GBSA statik kompleksning energiya bahosini, ADMET rivojlantirilish imkoniyati va farmakokinetik prognozlarni, induced-fit docking mahalliy retseptor moslashuvchanligini, molekulyar dinamika bog‘lanish pozasining vaqt davomida xatti-harakatini, trayektoriya MM-GBSA bir xil retseptordagi nomzod–referens energiya taqqoslashini, DFT esa izolyatsiyalangan ligandning elektron reaktivlik xususiyatlarini baholaydi; bu o‘lchovlar bir-birining o‘rnini bosmaydi.

1. Statistik filtrlash nima qildi?

XP docking skorlari avval birikmalar olingan o‘simlik organi va fitokimyoviy sinf bo‘yicha guruhlangan. Barcha ma’lumotlar normal taqsimotga mos kelmagani uchun Shapiro-Wilk normallik tekshiruvidan keyin noparametrik Kruskal-Wallis testi va ahamiyatlilik topilganda Dunn ko‘p martalik taqqoslash testi qo‘llangan.

Statistik ahamiyatlilik chegarasi:

\[ p<0.05 \]

deb belgilangan.

Pastroq o‘rtacha rang odatda qulayroq docking skorlariga mos keladi. Shunga qaramay, organ natijalarining talqini cheklangan. Ayrim metabolitlar bir nechta organda xabar qilinganligi sabab ayni molekula bir nechta guruhga kirishi mumkin; bu esa guruhlarning to‘liq statistik mustaqilligini cheklaydi.

Fitokimyoviy sinf natijalari

Flavonoidlarning o‘rtacha rangi 5F1B uchun 20,82, 7CMD uchun 13,09. Manba flavonoid skeletidagi aromatik tizim va ko‘p sonli gidroksil guruhlar vodorod bog‘lari, π-o‘zaro ta’sirlar va gidrofob kontaktlar uchun qulay bo‘lishi mumkinligini muhokama qiladi. Biroq mualliflar docking scoring functions poligidroksillangan aromatik tuzilmalarga tizimli ustunlik berishi mumkinligini ham cheklov sifatida qayd etadilar. Shu sababli sinflar o‘rtasidagi farq haqiqiy antiviral samaradorlikning eksperimental dalili emas.

2. Glide XP docking nimani o‘lchaydi?

Docking ligand nishon proteinning tanlangan bog‘lanish cho‘ntagida qanday geometrik pozalarni egallashi mumkinligini va bu pozalar ishlatilgan scoring function ostida qanchalik qulayligini taxmin qiladi. Manfiyroq XP docking skori ishlatilgan modelda qulayroq bashorat qilingan o‘zaro ta’sirni ifodalaydi; biroq docking skori eksperimental bog‘lanish konstantasi emas.

3. Prime MM-GBSA nega dockingdan keyin ishlatildi?

Dockingning soddalashtirilgan scoring function iga qo‘shimcha ravishda Prime MM-GBSA OPLS4 kuch maydoni va VSGB 2.0 implicit-solvation modeli yordamida protein-ligand komplekslarining energiya bahosini qayta ko‘rib chiqdi. Bu bosqich docking skori yaxshi ko‘ringan, ammo batafsil energiya hisobida zaiflashgan nomzodlarni ajratishga yordam beradi.

Jadval “eng manfiy MM-GBSA qiymati = final nomzod” ko‘rinishida bir bosqichli tanlov qilinmaganini aniq ko‘rsatadi. Neoannonin va O,O-Dimethylcoclaurine ayrim energiya mezonlarida qulayroq ko‘ringan bo‘lsa-da, final MD nomzodlari barcha filtrlarning umumiy izchilligiga ko‘ra tanlangan.

4. ADMET prognozi nimani baholaydi?

ADMET absorption, distribution, metabolism, excretion va toxicity so‘zlarining bosh harflaridan tuzilgan. Tadqiqotda ADMETlab 3.0 ning chuqur ko‘p-vazifali DMPNN modeli ishlatilib, oltita ustuvor nomzodning o‘tkazuvchanligi, plazma oqsillariga bog‘lanishi, taqsimlanishi, qon-miya to‘sig‘i, CYP o‘zaro ta’sirlari, klirensi, yarim umr davri va turli toksiklik endpoint lari hisoblash yo‘li bilan bashorat qilingan.

Manba natijalariga ko‘ra flavonoidlar umuman yuqori plasma-protein binding va cheklangan blood-brain-barrier penetration prognozini ko‘rsatgan. Neoannonin eng yuqori predicted volume of distribution qiymatini, Proanthocyanidin esa eng past membrane permeability ni ko‘rsatgan. Bir nechta nomzod uchun cytochrome P450 o‘zaro ta’sirlari bashorat qilingan.

Mualliflar oltita nomzoddan hech biri ushbu hisoblash bosqichida bevosita chiqarib tashlashni talab qiladigan “prohibitive toxicity profile” ko‘rsatmaganini qayd etadilar. Bu jumla oltita birikma toksik emas yoki xavfsiz ekani eksperimental ravishda ko‘rsatilgan degani emas. ADMETlab natijalari model prognozlaridir; manba 5-jadvalda ko‘plab tasniflash endpoint lari faqat model ehtimoli sifatida berilgan.

Medicinal-chemistry profillari

Manba ayniqsa Proanthocyanidin yuqori molekula og‘irligi, katta polar sirt maydoni, ko‘p sonli vodorod bog‘i donor/akseptor guruhlari va past predicted permeability sabab bevosita og‘iz orqali rivojlantirish nuqtai nazaridan cheklanganini muhokama qiladi. Shu sababli molekulani bevosita “dori nomzodi” deb atashdan ko‘ra biologik faol scaffold, mexanistik prob yoki farmatsevtik optimallashtirish talab qiladigan nomzod sifatida talqin qilish ma’qulroq.

5. Induced-fit docking nima qo‘shdi?

Standart docking ko‘pincha retseptorning nisbatan qattiq tuzilmasidan foydalansa, induced-fit docking ligand bilan birga bog‘lanish cho‘ntagidagi yaqin protein yon zanjirlarining ham qayta joylashishiga imkon beradi. Shu tarzda ligandning mahalliy protein moslashuvchanligi ostida cho‘ntakka sig‘ishi qayta baholanadi.

Proanthocyanidin IFD dan keyin GLU71, ASN69, GLU103, TRP104, ARG136 va GLU106 kabi qoldiqlarni o‘z ichiga olgan sakkizta vodorod bog‘idan iborat zich tarmoq hosil qilgan. Uvangoletin esa LEU162, TYR264, GLY163 va GLN269 bilan to‘rtta vodorod bog‘i ko‘rsatgan.

5F1B IFD chegarasi: Manba IFD protokolini to‘liq multichain GP1-GP2 kompleksiga qo‘llay olmaganini aniq qayd etadi. Neoannonin va Chametin/Chamanetin ayniqsa ikki zanjir orasidagi interface sohasidan tanlanganligi sabab bu ligandlarni bitta izolyatsiyalangan zanjirga ko‘chirish bog‘lanish muhitini o‘zgartirgan bo‘lardi. Proanthocyanidin esa to‘liq kompleks va alohida zanjir tahlillarida izchilroq xatti-harakat qilgani uchun retseptor moslashuvchanligi tahliliga o‘tkazilgan.

Manba ichidagi 7-jadval ishora farqi: Uvangoletin uchun 7-jadvalning \(\Delta G_{\rm IFD}\) katagida \(+41.69\) yozilgan. Bunga qarshi, annotatsiya, 4-jadval va tegishli natija matni Prime MM-GBSA qiymatini \(-41.69~\mathrm{kcal/mol}\) deb beradi. Verianla bu ikki yozuvni jim ravishda bitta tuzatishga aylantirmaydi.

100 ns molekulyar dinamika simulyatsiyasi nimani ko‘rsatadi va nimani ko‘rsatmaydi?

Ushbu tadqiqotdagi 100 ns molekulyar dinamika hisoblash orqali olingan bog‘lanish pozalari explicit-water muhitida vaqt davomida strukturaviy jihatdan saqlanib qoladimi va nomzodlar ayni retseptordagi referens inhibitorlarga nisbatan qanday xatti-harakat qiladi, shuni ko‘rsatadi; antiviral samaradorlik, biokirishuvchanlik yoki davolash muvaffaqiyatini bevosita ko‘rsatmaydi.

Molekulyar dinamika tizimi qanday qurildi?

Beshta solvated tizim simulyatsiya qilingan. Asosiy taqqoslashlar to‘rtta kompleksdir: Uvangoletin–PLpro, GRL0617–PLpro, Proanthocyanidin–GP1-GP2 va Toremifene–GP1-GP2. Beshinchi tizim Proanthocyanidin izolyatsiyalangan GP1 subunitiga bog‘langan nazorat tizimi bo‘lib, tafsilotlari Supplementary Material da berilgan.

RMSD nima?

Root mean square deviation (RMSD) simulyatsiya davomida atomlar guruhining referens tuzilishga nisbatan o‘rtacha fazoviy og‘ishini kuzatadi. Protein-backbone RMSD ma’lum sohaga yetib, nazoratsiz ko‘tarilmasligi tuzilma katta miqyosda siljimaganini baholash uchun ishlatiladi. Tadqiqot to‘rtta asosiy kompleksning barchasi dastlabki taxminan 10 ns ichida plato sohasiga o‘tganini bildiradi.

Uvangoletin ligand RMSD nega qayta hisoblandi?

Manba automated ligand-RMSD tahlilida Uvangoletin periodik chegara sharoitlarida qo‘shni simulation box ga tasvirlanishi sabab birinchi kadrdan boshlab sun’iy ravishda yuqori va deyarli doimiy RMSD hosil bo‘lganini aniqlagan. Tadqiqotchilar trayektoriya snapshot laridan protein va ligandni qayta birlashtirgan, har bir kadrni protein backbone bo‘yicha Kabsch fit bilan birinchi kadrga tekislagan va ligand heavy-atom RMSD ni qayta hisoblagan.

Tuzatilgan Uvangoletin ligand RMSD:

\[ 0.278\pm0.111~\mathrm{nm} \]

deb olingan. GRL0617 uchun:

\[ 0.176\pm0.066~\mathrm{nm} \]

topilgan.

Uvangoletin taxminan 45–65 ns oralig‘ida harakatchanroq bo‘lgan va 64 ns da taxminan 0,58 nm maksimumga yetgan. Biroq bu harakat ligand cho‘ntakdan chiqishi sifatida talqin qilinmagan; GLN269 vodorod bog‘i tahlil qilingan kadrlarning 92 foizida saqlangan.

RMSF va radius of gyration nimani ko‘rsatadi?

RMSF alohida protein qoldiqlarining vaqt davomida harakatchanligini baholaydi. Manba to‘rtta tizimda o‘rtacha RMSF taxminan 0,11–0,15 nm oralig‘ida bo‘lganini va bog‘lanish cho‘ntagi qoldiqlari sirtga ochiq loop sohalariga qaraganda kamroq tebranganini bildiradi.

Radius of gyration protein atomlarining massa markaziga nisbatan taqsimlanish kompaktligini kuzatadi. To‘rtta kompleks Rg qiymatlarining simulyatsiya davomida barqaror qolishi proteinlar katta miqyosli ochilish yoki cho‘kish ko‘rsatmagani sifatida talqin qilingan.

SASA nima edi?

Solvent-accessible surface area protein kompleksining erituvchiga ochiq sirt maydonini kuzatadi. Manba SASA barcha tizimlarda taxminan doimiy qolganini va ligand bog‘lanishi proteinlarda katta sirt ochilishi yoki strukturaviy qayta tashkil bo‘lishga olib kelmaganini bildiradi.

DSSP nimani tekshirdi?

DSSP tahlili proteinlarning α-heliks, β-sheet va boshqa ikkilamchi tuzilma elementlari trayektoriya davomida saqlanib qolgan-qolmaganini kuzatgan. To‘rtta tizimda ham α-heliks va β-sheet tuzilmalari umuman saqlangan; faqat cheklangan sondagi loop sohalarida kichik o‘tishlar kuzatilgan.

Trayektoriya MM-GBSA qanday qo‘llandi?

MM-GBSA hisoblari production trayektoriyalarining oxirgi 20 ns qismidan teng oraliqda tanlangan:

\[ N=201 \]

kadrda bajarilgan.

Asosiy ishlatilgan shartlar:

• gmx_MMPBSA v1.6.4 va MMPBSA.py v16.0,
• OBC2 Generalized Born modeli, \(igb=5\),
• mbondi2 intrinsic radii,
• 0,150 M implicit salt concentration,
• 298,15 K,
• nonpolar solvation uchun LCPO asosidagi solvent-accessible surface area.

Konfiguratsion entropiya hisoblanmagan. Shu sababli manba umumiy qiymatlarni mutlaq eksperimental bog‘lanish erkin energiyalari sifatida emas, bir xil retseptorga bog‘langan nomzod bilan referensni nisbiy taqqoslash uchun ishlatiladigan entalpiya-og‘irlangan samarali MM-GBSA baholari sifatida talqin qiladi.

Ebola juftligida Toremifene juda kuchli qulay elektrostatik komponent:

\[ -142.9~\mathrm{kcal/mol} \]

ko‘rsatgan, biroq bu ustunlik katta noqulay polar desolvation komponenti bilan:

\[ +150.9~\mathrm{kcal/mol} \]

sezilarli darajada muvozanatlangan. Proanthocyanidin ning elektrostatik hissasi −15,1 kcal/mol, polar desolvation jazosi +31,1 kcal/mol va van der Waals hissasi −46,6 kcal/mol deb berilgan.

PLpro juftligida 6,9 kcal/mol lik GRL0617–Uvangoletin farqining asosiy manbai van der Waals komponentidir:

\[ -38.0~\mathrm{kcal/mol} \quad\text{ve}\quad -30.7~\mathrm{kcal/mol}. \]

Elektrostatik hissa Uvangoletin uchun biroz qulayroq:

\[ -20.6~\mathrm{kcal/mol} \]

va GRL0617 uchun:

\[ -16.1~\mathrm{kcal/mol}. \]

Barqaror protein-ligand o‘zaro ta’sirlari

Uvangoletin ning TYR264, TYR268, GLN269 va PRO247/248 atrofida saqlagan o‘zaro ta’sirlari manbada GRL0617 bog‘lanadigan BL2 subcho‘ntagining ma’lum tuzilishi bilan bog‘lanadi. Tadqiqotchilar bu o‘xshashlikni mexanistik jihatdan ma’noli strukturaviy gipoteza deb talqin qiladilar. Biroq manba bu ferment inhibisiyasining eksperimental dalili emasligini aniq bildiradi.

Proanthocyanidin GP1-GP2 interface sohasida Toremifene dan boshqa kimyoviy strategiya ishlatgan. Proanthocyanidin ko‘plab gidrofob va vodorod-bog‘i kontaktlariga tarqalgan tarmoq ko‘rsatgan bo‘lsa, Toremifene protonlangan uchlamchi amini orqali GP2 GLU523 bilan kadrlarning 60 foizida tuz ko‘prigi hosil qilgan.

DCCM nimani o‘lchaydi?

Dynamic cross-correlation matrix (DCCM) protein qoldiqlari harakatlari birga bir yo‘nalishda, qarama-qarshi yo‘nalishda yoki bir-biridan mustaqil sodir bo‘lishini baholaydi. Manba 3 × 3 Cartesian covariance bloklarini:

\[ \frac{C_{ij}} {\sqrt{C_{ii}C_{jj}}} \]

ko‘rinishida normallashtirgan.

PLpro da Uvangoletin bilan GRL0617 o‘rtasidagi kollektiv harakat farqi kichik: off-diagonal qoldiq juftlaridagi mean absolute deviation 0,107 va juftlarning faqat 2,4 foizi 0,3 dan yuqori.

Ebola GP1-GP2 tizimida nomzod–referens dinamik farqi kattaroq: mean absolute deviation 0,178; juftlarning 18,7 foizi 0,3 dan, 3,9 foizi 0,5 dan yuqori. Farqlar ayniqsa GP2 va GP1-GP2 interface atrofida jamlangan. Manba buni ikkilamchi tuzilma yo‘qolishi emas, segmentlar orasidagi dinamik coupling qayta taqsimlanishi deb talqin qiladi.

Erkin energiya landshafti qanday hisoblandi?

Manba dastlabki ikki backbone principal component ustidagi probability density dan erkin energiya landshaftini:

\[ \Delta G = -k_B T \ln \left( \frac{P}{P_{\max}} \right) \]

munosabati bilan hisoblagan.

Bu yerda \(k_B\) Boltzmann doimiysi, \(T=298.15\) K harorat, \(P\) ma’lum PC1-PC2 sohasidagi ehtimollik zichligi va \(P_{\max}\) maksimal ehtimollik zichligidir. Eng past \(\Delta G\) sohalari trayektoriya ko‘proq namunalagan past-erkin-energiyali konformatsion havzalarni ifodalaydi.

2 kJ/mol contour da PLpro–GRL0617 trayektoriyasining 71 foizi, Uvangoletin trayektoriyasining 50 foizi bitta dominant havzada bo‘lgan. Uvangoletin uchun ikkilamchi minimum asosiy minimumdan 3,12 kJ/mol yuqori va faqat dastlabki 23 ns ga tegishli kadrlardan iborat; manba buni equilibration davomida tark etilgan boshlang‘ich holat sifatida talqin qiladi.

Ebola tizimida ikkala kompleks ham ikki havza ko‘rsatgan. Toremifene ning ikkilamchi havzasi global minimumdan 1,35 kJ/mol yuqori va 16–42 ns oralig‘ida kuzatilgan. Proanthocyanidin ning ikki havzasi atigi 0,76 kJ/mol farq bilan deyarli teng energiyali bo‘lib, o‘tish taxminan 51 ns atrofida sodir bo‘lgan. Proanthocyanidin ligand RMSD ning ayni vaqtda past qolishi protein ligand tark etmagan bog‘lanish pozasi atrofida qayta tashkil bo‘lgan deb talqin qilingan.

Manba bu erkin energiya landshaftlarini entalpiya komponentlariga ajratmagan. Solvated simulation box potensial energiyasi PC1/PC2 bilan deyarli bog‘liq emas:

\[ R^2=0.0004. \]

Shu sababli manba bunday ajratish konformatsion erkin energiyadan ko‘ra erituvchi tebranishlarini aks ettirishini bildiradi.

Residue-level MM-GBSA nimani ko‘rsatdi?

Manba alohida urg‘u beradigan o‘rgatuvchi nuqta GLU100: Toremifene–GLU100 kontakti kadrlarning atigi 16 foizida ko‘ringan bo‘lsa ham, residue-energy decomposition da −6,24 kcal/mol bilan eng katta hissani bergan. Bu bir o‘zaro ta’sirning qanchalik tez-tez kuzatilishi bilan energetik hissasi qanchalik katta bo‘lishi tushunchalari ayni narsa emasligini ko‘rsatadi.

Konseptual DFT nega tadqiqotning oxirgi bosqichida?

DFT tahlili bog‘lanish skorlarini qayta saralash uchun emas, balki final nomzodlarning elektron tuzilmasi va frontier-orbital reaktivligini referens inhibitorlar bilan taqqoslash uchun ishlatilgan. Boshlang‘ich geometriyalar MD trayektoriyalarining oxirgi kadridan olingan.

Geometriya optimallashtirish:

\[ \mathrm{B3LYP-D3BJ/6-31G(d,p)} \]

darajasida CPCM implicit-aqueous solvation bilan ORCA 6.1.1 yordamida bajarilgan. Garmonik chastota tahlilida virtual chastota topilmagani optimallashtirilgan tuzilmalar potential-energy surface da lokal minimum ekanini qo‘llab-quvvatlagan.

6-31G(d,p) basis set diffuse functions ni o‘z ichiga olmagani uchun ayniqsa LUMO ni tavsiflash maqsadida kattaroq:

\[ \mathrm{B3LYP-D3BJ/6-311+G(d,p)} \]

single-point calculation qo‘llangan.

Manba Koopmans yondashuvidan quyidagi konseptual-DFT deskriptorlarini hosil qiladi:

\[ IP=-E_{\mathrm{HOMO}} \]

\[ EA=-E_{\mathrm{LUMO}} \]

\[ \chi= \frac{IP+EA}{2} \]

\[ \eta= \frac{IP-EA}{2} \]

\[ S= \frac{1}{2\eta} \]

\[ \omega= \frac{\chi^2}{2\eta} \]

Bu yerda \(IP\) ionlanish potensiali, \(EA\) elektron affiniteti, \(\chi\) elektrmanfiylik, \(\eta\) chemical hardness, \(S\) softness va \(\omega\) electrophilicity index dir.

DFT dagi diffuse functions nega muhim edi?

Basis set ga diffuse functions qo‘shilishi HOMO-LUMO bo‘shliqlarini ko‘pi bilan taxminan 0,14 eV o‘zgartirgan, ammo electrophilicity index qiymatlarini to‘rtta ligandning barchasida 22–39 foizga oshirgan. Proanthocyanidin ning 6-31G(d,p) darajasidagi LUMO si:

\[ -0.02~\mathrm{eV} \]

bo‘lgan bo‘lsa, diffuse functions o‘z ichiga olgan hisobda:

\[ -0.55~\mathrm{eV} \]

bo‘lgan. Manba birinchi qiymatni fizik jihatdan yetarli darajada bog‘lanmagan orbital tasviri deb baholagan va shu sababli frontier-orbital deskriptorlar uchun kengaytirilgan basis set dan foydalangan.

Toremifene simulyatsiyada protonlangan, sof zaryadi +1 bo‘lgan shaklda modellashtirilgan. Zaryadlangan turning dipol momenti koordinata boshlanish nuqtasiga bog‘liq bo‘lgani sabab manba Toremifene uchun dipol momentini xabar qilmagan. Shu sababli Proanthocyanidin–Toremifene taqqoslanishi asosan HOMO-LUMO gap va hardness kabi orbital-energiya farqlariga asoslangan.

DFT natijalarining talqin chegarasi ayniqsa muhim: bu deskriptorlar izolyatsiyalangan ligandlarning eritmadagi elektron tuzilishini tavsiflaydi. Protein bog‘lanish affinitetini o‘lchamaydi, trayektoriya MM-GBSA ni bekor qilmaydi va antiviral faollikni ko‘rsatmaydi.

Tadqiqot Usuli va Natijalari

Hisoblash resurslari

Usulning bosqichma-bosqich xulosasi

1. Avval xabar qilingan 106 ta Uvaria chamae fitokimyoviy modda boshlang‘ich ma’lumotlar to‘plami sifatida olindi.
2. Tuzilishi ishonchli aniqlanmagan joolanin chiqarilib, 105 birikma qoldirildi.
3. Ligandlar LigPrep bilan tayyorlandi; protonlanish/ionlanish holatlari pH 7,4 ± 2,0 sharoitida yaratildi va OPLS4 bilan optimallashtirildi.
4. Ebola nishoni 5F1B va SARS-CoV-2 nishoni 7CMD protein tayyorlash protokolidan o‘tkazildi.
5. 7CMD docking protokoli co-crystallized ligand redocking i bilan tasdiqlandi va 0,24 Å RMSD olindi.
6. 5F1B uchun mos kichik molekula referensi bo‘lmagani sabab SiteMap bilan bog‘lanish cho‘ntagi aniqlandi.
7. 105 fitokimyoviy modda Glide XP bilan dock qilindi.
8. Docking skorlari organ va fitokimyoviy sinf bo‘yicha Shapiro-Wilk, Kruskal-Wallis va Dunn testlari yordamida tahlil qilindi.
9. Barcha dock qilingan komplekslar Prime MM-GBSA bilan qayta skorlandi.
10. Bog‘lanish skori, energiya, o‘zaro ta’sir profili va ADMET birgalikda baholanib, oltita yuqori ustuvor fitokimyoviy modda tanlandi.
11. Ushbu oltita nomzodning ADMET, physicochemical va medicinal-chemistry profillari o‘rganildi.
12. Tanlangan komplekslar induced-fit docking bilan mahalliy retseptor moslashuvchanligi ostida qayta baholandi.
13. Ebola uchun Proanthocyanidin, PLpro uchun Uvangoletin asosiy MD nomzodlari sifatida tanlandi.
14. Nomzodlar ayni retseptorda Toremifene va GRL0617 referenslari bilan 100 ns MD sharoitida taqqoslandi.
15. RMSD, RMSF, Rg, SASA, vodorod bog‘lari, DSSP, PLIP, PCA, DCCM, FEL va residue-level energy decomposition tahlil qilindi.
16. Oxirgi 20 ns dan 201 kadr olinib trayektoriya MM-GBSA hisoblandi.
17. Final ligand geometriyalari DFT bilan optimallashtirildi va conceptual-DFT descriptors hisoblandi.
18. Barcha filtrlar birgalikda baholanib, Proanthocyanidin va Uvangoletin eksperimental tasdiq uchun ustuvorlashtirildi.

Proanthocyanidin nega Ebola nomzodi sifatida tanlandi?

Proanthocyanidin to‘liq GP1-GP2 kompleksi va alohida GP zanjirlarida takroran yuqori rangli xatti-harakat ko‘rsatgan, induced-fit docking dan keyin zich vodorod-bog‘i tarmog‘ini hosil qilgan va 100 ns MD da Toremifene ga qaraganda pastroq ligand RMSD bilan bog‘lanish pozasini barqarorroq saqlagan.

Biroq ikkita muhim chegara mavjud:

• Toremifene ning trayektoriya MM-GBSA energiya bahosi Proanthocyanidin dan qulayroq.
• Proanthocyanidin ning yuqori molekula og‘irligi, yuqori TPSA qiymati va past predicted permeability si bevosita oral rivojlantirilishini cheklaydi.

Shu sababli tadqiqot Proanthocyanidin ni “eng yaxshi antiviral dori” sifatida emas, strukturaviy jihatdan asosli hisoblash lead/scaffold va eksperimental tekshiruv nomzodi sifatida joylashtiradi.

Uvangoletin nega PLpro nomzodi sifatida tanlandi?

Diuvaretin IFD da qulayroq skor bergan bo‘lsa ham, Uvangoletin barcha filtrlarda muvozanatliroq profil ko‘rsatgan. Molekula yuqoriroq QED, Lipinski/Golden Triangle mosligi va PLpro ning BL2 sohasidagi muhim qoldiqlar bilan doimiy o‘zaro ta’sirlari sabab final MD nomzodi bo‘lgan.

Uvangoletin 100 ns davomida PLpro cho‘ntagida qolgan; GLN269 vodorod bog‘ini kadrlarning 92 foizida saqlagan va nomzod–referens DCCM farqi past bo‘lib qolgan. Shu bilan birga ligand RMSD si GRL0617 dan yuqori va trayektoriya MM-GBSA energiyasi ham GRL0617 kabi qulay emas. Shu sababli natija “Uvangoletin GRL0617 dan yaxshiroq inhibitordir” degani emas.

Tadqiqot qo‘llab-quvvatlaydigan natijalar

• 105 ta Uvaria chamae fitokimyoviy moddani bitta skor o‘rniga ko‘p bosqichli hisoblash filtrlari orqali ustuvorlashtirish mumkin.
• O‘simlik organi global docking samaradorligida kuchli va izchil statistik farq hosil qilmagan.
• Eng yuqori rangli nomzodlar asosan ildiz va poyada xabar qilingan birikmalar orasidan topilgan.
• Flavonoidlar o‘rganilgan ikki nishonda ham umuman qulayroq docking ranglarini ko‘rsatgan.
• Proanthocyanidin Ebola GP tizimida bir nechta strukturaviy tahlilda izchil nomzod profili ko‘rsatgan.
• Uvangoletin PLpro ning GRL0617 bilan bog‘liq BL2 cho‘ntagida 100 ns MD davomida barqaror o‘zaro ta’sirlar ko‘rsatgan.
• Nomzod va referens protein komplekslarining backbone RMSD, Rg, SASA va secondary-structure profillari 100 ns davomida umuman barqaror qolgan.
• Trayektoriya MM-GBSA da referens inhibitorlar har ikki nishonda ham nomzodlardan qulayroq energiya baholarini bergan.
• Konseptual DFT Proanthocyanidin va Uvangoletin referenslariga qaraganda kengroq HOMO-LUMO bo‘shliqlari va yuqoriroq hardness qiymatlarini ko‘rsatganini aniqlagan.
• Ikki final molekula keyingi eksperimental tasdiq uchun strukturaviy va elektron jihatdan maqbul hisoblash boshlang‘ich nuqtalaridir.

Tadqiqot qo‘llab-quvvatlamaydigan natijalar

• Proanthocyanidin Ebola virusini hujayrada yoki tirik organizmda inhibe qilishi ko‘rsatilmagan.
• Uvangoletin SARS-CoV-2 replikatsiyasini yoki PLpro ferment faolligini eksperimental ravishda inhibe qilishi ko‘rsatilmagan.
• Hech bir nomzod uchun IC50, EC50 yoki viral-load kamayishi o‘lchanmagan.
• Hisoblash ADMET natijalari haqiqiy inson farmakokinetikasi yoki xavfsizlik ma’lumoti emas.
• 100 ns MD trayektoriyasi klinik yoki biologik samaradorlik dalili emas.
• Docking skori eksperimental dissociation constant yoki binding affinity emas.
• Prime MM-GBSA va trayektoriya MM-GBSA qiymatlari eksperimental erkin energiya o‘lchovi emas.
• DFT HOMO-LUMO bo‘shlig‘i protein bog‘lanish kuchini bevosita o‘lchamaydi.
• Ildiz va poya tabiatan boshqa organlardan ko‘ra ko‘proq antiviral ekani ko‘rsatilmagan.
• Flavonoidlarning bu nishonlarga qarshi haqiqiy hujayraviy antiviral samaradorligi ushbu tadqiqotda sinovdan o‘tkazilmagan.
• Ikki xil virus nishonida turli molekulalarni ustuvorlashtirish bitta birikma ikki virusni bir vaqtning o‘zida nishonlaydi degani emas.

Asosiy metodik cheklovlar

• Butunlay in silico: Natijalarning barchasi hisoblash asosida; biokimyoviy yoki hujayra-asosli tasdiq yo‘q.
• Bitta 100 ns trayektoriya: Har bir asosiy kompleks uchun bitta production trayektoriya ishlatilgan; trayektoriyalararo variatsiya o‘lchanmagan.
• To‘liq konvergensiya kafolati yo‘q: 100 ns strukturaviy barqarorlik butun konformatsion fazo namunalanganini isbotlamaydi.
• Force-field ga bog‘liqlik: Natijalarga tanlangan AMBER99SB-ILDN, GAFF2 va TIP3P kabi model tanlovlari ta’sir qilishi mumkin.
• Ebola GP modeli: MD tizimida to‘liq trimer, membrana, NPC1 va ayniqsa native glycosylation yo‘q.
• MM-GBSA cheklovi: Endpoint yondashuvidir va konfiguratsion entropiya hisoblanmagan.
• ADMET model sohasi: Tabiiy mahsulotlarning murakkab kimyoviy tuzilmalari prognoz modellari applicability domain idan tashqarida yoki chegarasida bo‘lishi mumkin.
• Filtrlar mustaqil emas: Docking, MM-GBSA, IFD va MD ning ayrim bosqichlari bir xil boshlang‘ich tuzilmalar, protonlanish holatlari va kuch maydonlariga tayangan.
• Sinf namuna o‘lchamlari: Fitokimyoviy sinflarning N qiymatlari teng emas va rang asosidagi taqqoslashlarga ta’sir qilishi mumkin.
• Organ guruhlari mustaqil emas: Bir xil metabolit bir nechta organda uchrashi mumkinligi sabab organ statistikasida to‘liq mustaqillik farazi zaiflashishi mumkin.

Manba tavsiya qilgan eksperimental davom bosqichlari

Mualliflar hisoblash nomzodlarining haqiqiy antiviral salohiyatini aniqlash uchun PLpro enzymatic-inhibition assays, GP-NPC1 competition yoki pseudovirus-entry assays, cell-based antiviral testing, cytotoxicity assessment, solubility, permeability, microsomal stability va metabolite profiling bajarishni tavsiya qiladi. Shuningdek, replicated MD simulations, ensemble receptor conformations va glycosylated GP modeli bilan strukturaviy gipotezalarning mustahkamligi qayta sinovdan o‘tkazilishi kerakligini bildiradilar.

Manba ichidagi taqdimot va izchillik qaydlari

• Uvangoletin Prime MM-GBSA qiymati annotatsiya, 4-jadval va prose da −41,69 kcal/mol bo‘lsa, 7-jadvalning \(\Delta G_{\rm IFD}\) katagida +41,69 ko‘rinadi.
• Umumiy computational-resources bo‘limi RCSB PDB ga kirish sanasini 7 oktabr 2026, protein-preparation bo‘limi esa 25 may 2026 deb beradi.
• 4-jadvalda ayrim nazorat docking-score kataklari o‘nlik nuqta ko‘rinmasdan “−5429” yoki “−6566” shaklida bosilgan; bu kataklar Verianla da aniq miqdoriy taqqoslashga ko‘chirilmagan.
• Proanthocyanidin final Ebola nomzodi bo‘lsa ham barcha 5F1B MM-GBSA o‘lchovlarining eng manfiy qiymatini bermagan; tanlov ko‘p mezonli izchillikka asoslangan.
• Uvangoletin final PLpro nomzodi bo‘lsa ham eng yaxshi IFD skori Diuvaretin ga tegishli; Uvangoletin umumiy rivojlantirilish muvozanati sabab tanlangan.

Manba va Usul Haqida Izoh

Asl sarlavha: Hierarchical Computational Prioritization of Uvaria chamae Phytochemicals Targeting Ebola Virus Glycoprotein and SARS-CoV-2 PLpro

Mualliflar: Sèdami Medegan Fagla, Toussaint Sovegnon, Mélaine Bete, Mariette Sanvi, Boris Legba, Konei E. Hounsou, Jean-Robert Klotoe, Victorien Dougnon.

Mualliflar tartibi: Sèdami Medegan Fagla → Toussaint Sovegnon → Mélaine Bete → Mariette Sanvi → Boris Legba → Konei E. Hounsou → Jean-Robert Klotoe → Victorien Dougnon.

Mas’ul muallif: Victorien Dougnon.

Teng hissa: Manbada teng birinchi mualliflik yoki teng hissa bayonoti yo‘q.

Muassasa 1: Medicinal and Organic Chemistry Laboratory, Faculty of Health Sciences, University of Abomey-Calavi, Cotonou, Benin.

Muassasa 2: Research Unit in Applied Microbiology and Pharmacology of Natural Substances, Research Laboratory in Applied Biology, Polytechnic School of Abomey-Calavi, University of Abomey-Calavi, Abomey Calavi, Benin.

Muassasa 3: Research Unit in Plant Physiology and Adaptation to Abiotic Stresses, Laboratory of Plant Science and Pharmacopoeia, University of Abomey-Calavi, Abomey Calavi, Benin.

Jurnal: Compounds.

Nashriyot: MDPI, Basel, Switzerland.

Jild / son / maqola raqami: 6(4), 57.

DOI: 10.3390/compounds6040057.

Topshirilgan: 20 iyul 2026.

Tahrir: 17 sentabr 2026.

Qabul: 4 oktabr 2026.

Nashr: 9 oktabr 2026.

Manba turi: Taqrizdan o‘tgan hisoblash tabiiy mahsulot / molekulyar modellashtirish / antiviral nomzodlarni ustuvorlashtirish tadqiqot maqolasi.

Litsenziya: Creative Commons Attribution 4.0 International, CC BY 4.0.

Asosiy ma’lumotlar to‘plami: Uvaria chamae dan adabiyotda strukturaviy tavsiflangan 105 fitokimyoviy modda; boshlang‘ich 106 birikmadan joolanin strukturaviy noaniqlik sabab chiqarilgan.

Virus nishonlari: Ebola virus glycoprotein GP1-GP2 / PDB 5F1B va SARS-CoV-2 papain-like protease PLpro / PDB 7CMD.

Asosiy usul zanjiri: Shapiro-Wilk → Kruskal-Wallis → Dunn multiple comparison → Glide XP docking → Prime MM-GBSA → ADMETlab 3.0 → medicinal-chemistry profiling → induced-fit docking → 100 ns GROMACS molecular dynamics → trajectory MM-GBSA → PLIP/PCA/DCCM/FEL → conceptual DFT.

Docking tasdig‘i: 7CMD co-crystallized ligand redocking RMSD = 0,24 Å. 5F1B uchun mos co-crystallized kichik-molekula ligand bo‘lmagani sabab SiteMap bilan bog‘lanish cho‘ntagi taxmin qilingan.

Final hisoblash nomzodlari: Ebola GP uchun Proanthocyanidin; SARS-CoV-2 PLpro uchun Uvangoletin.

Referens inhibitorlar: Ebola GP1-GP2 MD taqqoslashida Toremifene; PLpro taqqoslashida GRL0617.

Moliyalashtirish: Mualliflar tadqiqot uchun maxsus moliyalashtirish olmaganini bildirgan.

Ma’lumotlarning mavjudligi: Tadqiqotning original hissalari maqola va Supplementary Materials ichida mavjudligi; qo‘shimcha savollar mas’ul muallifga yo‘naltirilishi mumkinligi bildirilgan.

Manfaatlar to‘qnashuvi: Mualliflar manfaatlar to‘qnashuvi yo‘qligini bayon qilgan.

Muallif hissalari: S.M.F. konseptuallashtirish va maqolani ko‘rib chiqish/tahrirlash; T.S. konseptuallashtirish, usul ishlab chiqish, hisoblashlar, ma’lumot tahlili/talqini, rasmlar va dastlabki loyiha; M.B. konseptuallashtirish, usul, natijalarni talqin qilish va tahrir; M.S. va B.L. ma’lumotlarni tasdiqlash va tahrir; K.E.H. usul, ma’lumotlarni tasdiqlash va tahrir; J.-R.K. va V.D. nazorat hamda ko‘rib chiqish/tahrirlash vazifalarini bajargan.

Sun’iy intellektdan foydalanish bayonoti: Mualliflar graphical abstract dizayni va ishlab chiqishda Claude (Anthropic, 2026), ingliz tilini tahrirlash va tarjimaga yordam uchun ChatGPT (GPT-5.5 Instant; OpenAI) dan foydalanganini; natijalarni o‘zlari ko‘rib chiqib tahrir qilganini va nashr mazmuni uchun javobgarlikni o‘z zimmasiga olganini bildirgan.

Asosiy ilmiy natija: Ierarxik hisoblash ish oqimi 105 molekulani ko‘p mezon bilan toraytirgan; Proanthocyanidin va Uvangoletin ni eksperimental tasdiqqa olib borish mumkin bo‘lgan ustuvor hisoblash nomzodlari sifatida aniqlagan.

Eng muhim talqin chegarasi: Tadqiqotda bevosita antiviral faollik o‘lchanmagan. Docking, MD, MM-GBSA, ADMET yoki DFT natijalari klinik yoki hujayraviy antiviral samaradorlik dalili emas.

Molekulyar dinamika cheklovi: Har bir kompleks uchun bitta 100 ns production trajectory to‘liq konvergensiyani yoki trayektoriyalararo o‘zgaruvchanlikni isbotlamaydi.

Ebola strukturaviy model cheklovi: Asosiy GP1-GP2 MD modelida to‘liq trimer, membrana, NPC1 va ayniqsa tabiiy glikozillanish yo‘q; bular haqiqiy bog‘lanish-cho‘ntagi kirishuvchanligi va dinamikasini o‘zgartirishi mumkin.

MM-GBSA cheklovi: Konfiguratsion entropiya hisoblanmagan; qiymatlar ayni retseptordagi ligandlarni nisbiy taqqoslash uchun ishlatilgan samarali energiya baholaridir.

DFT cheklovi: Conceptual-DFT descriptors izolyatsiyalangan ligandning elektron tuzilishini tavsiflaydi; protein-ligand binding affinity o‘lchovi emas.

Manba ichidagi energiya ishora farqi: Uvangoletin uchun asosiy matn va 4-jadval −41,69 kcal/mol Prime MM-GBSA ni bildirsa, 7-jadval tegishli katakda +41,69 ni ko‘rsatadi.

Manba ichidagi kirish sanasi farqi: RCSB PDB kirish sanasi manbada ham 7 oktabr 2026, ham 25 may 2026 sifatida uchraydi.

Eksperimental tasdiq talabi: Manba PLpro enzim inhibisiyasi, GP-NPC1 competition/pseudovirus-entry, cell-based antiviral assay, cytotoxicity, solubility, permeability, microsomal stability va metabolite profiling kabi keyingi tadqiqotlar zarurligini aniq bildiradi.