Bu araştırma, otizm spektrum bozukluğu (ASD) ile gerçekten güçlü genetik ilişki gösteren genleri, genel nörogelişimsel bozukluklarla ilişkili genlerden daha sistematik biçimde ayırabilmek amacıyla Evaluation of Autism Gene Link Evidence (EAGLE) çerçevesini kullanmaktadır. Araştırmacılar 222 aday geni değerlendirmiş; ana sonuçlarda 78 genin ASD ile ilişkisinin “definitive”, 43 genin “moderate” ve 99 genin “limited” kanıt düzeyinde olduğunu bildirmiştir. Çalışmada en yüksek EAGLE puanına sahip ilk 10 gen NRXN1, SCN2A, MECP2, CHD8, RNU4-2, DDX3X, SHANK3, PTEN, FOXP1 ve MBD5 olarak sıralanmaktadır.

EAGLE'ın temel farkı, bir genin genel olarak zihinsel yetersizlik veya başka bir nörogelişimsel bozuklukla bağlantılı olmasını otomatik olarak “otizm geni” kabul etmemesidir. Sistem, genetik varyantların bildirildiği bireylerde ASD tanısının doğrulanma düzeyini, varyant sınıfını, kalıtım biçimini, popülasyon sıklığını ve deneysel kanıtları birlikte puanlamaktadır. Araştırmacılar bu yaklaşımın, gen–ASD ilişkisini sürekli bir kanıt derecesi üzerinde değerlendirmeye olanak verdiğini savunmaktadır.

Gen kürasyonuna ek olarak araştırma, MSSNG, Simons Simplex Collection (SSC) ve SPARK kohortlarındaki nadir varyantları; farklı genetik soy gruplarında tekrar eden varyantları; genlerin biyolojik işlevlerini; insan beynindeki gelişimsel ifade örüntülerini; tek hücre düzeyindeki nöronal ifade profillerini ve mevcut fare modelleri ile protein araştırma araçlarını incelemektedir. EAGLE tarafından güçlü biçimde ASD ile ilişkilendirilen genlerin özellikle prenatal beyin gelişimi, gen ifadesinin düzenlenmesi, nörogenez, sinaptik süreçler, öğrenme ve davranışla ilişkili biyolojik kümelerde dikkat çekici örüntüler gösterdiği bildirilmiştir.

Türkiye açısından çalışma, genetik test raporlarının ve araştırma amaçlı “otizm gen paneli” listelerinin yorumlanmasında önemli bir kavramsal ayrım ortaya koymaktadır: bir genin geniş nörogelişimsel bozukluk grubuyla güçlü ilişkili olması, aynı genin ASD ile aynı güçte ve özgüllükte ilişkilendirildiği anlamına gelmeyebilir. Bununla birlikte EAGLE sınıflandırması tek başına bireysel bir varyantın patojenik olduğunu, bir kişinin otizm geliştireceğini veya belirli bir tedavinin uygun olduğunu göstermez. Türkiye'deki klinik genetik uygulamalar için yerel laboratuvar doğrulaması, güncel klinik kılavuzlar, varyant düzeyinde yorumlama ve uzman değerlendirmesi ayrıca gereklidir.

Araştırmanın çözmeye çalıştığı temel sorun nedir?

Otizm genetiğinde çok sayıda gen listesi kullanılmaktadır; ancak farklı araştırma grupları ve klinik kaynaklar aynı genleri aynı kanıt düzeyinde sınıflandırmamaktadır. Araştırmacılar bu durumun genom kohortlarının büyüklüğü, kullanılan dizileme teknolojileri ve özellikle ASD ile daha geniş nörogelişimsel bozukluk (NDD) kategorisinin birbirine karıştırılması gibi nedenlerden kaynaklanabileceğini belirtmektedir.

Nörogelişimsel bozukluklar; ASD'nin yanı sıra zihinsel yetersizlik, dil bozuklukları, öğrenme bozuklukları, epilepsi ve dikkat eksikliği/hiperaktivite bozukluğu gibi farklı fenotipleri kapsayan geniş bir kategoridir. Bu bozukluklar sıklıkla birlikte görülebilir; ancak araştırmanın temel varsayımı, genetik kanıtın mümkün olduğunca ASD fenotipine özgü biçimde değerlendirilmesinin klinik ve biyolojik açıdan ek bilgi sağlayabileceğidir.

EAGLE nedir?

EAGLE, “Evaluation of Autism Gene Link Evidence” ifadesinin kısaltmasıdır. Sistem, ClinGen'in gen–hastalık geçerliliği yaklaşımından yararlanmakta ancak genetik kanıtın puanlanmasına ASD fenotipinin doğrulanma düzeyini de eklemektedir.

Yüksek puanlı vaka kanıtlarında ASD tanısının ADOS, ADI-R veya DSM gibi kabul edilmiş tanısal çerçevelerle desteklenmesine önem verilmektedir. Böylece yalnız “nörogelişimsel gecikme” veya “zihinsel yetersizlik” bildirilen bir vakadaki varyant, ASD'ye özgü kanıt olarak otomatik biçimde aynı ağırlığı almamaktadır.

Genler nasıl puanlanıyor?

EAGLE kürasyonunda genomik kanıt ve deneysel kanıt ayrı bileşenler olarak değerlendirilir. Vaka düzeyindeki genomik puanlamada aşağıdaki unsurlar dikkate alınmaktadır:

• önerilen mutasyon mekanizması,
• genotipleme yöntemi,
• fonksiyonel varyant sınıfı,
• kalıtım örüntüsü,
• popülasyondaki allel sıklığı,
• ASD fenotipinin doğrulanma düzeyi.

Deneysel kanıt ayrıca EAGLE'ın deneysel kanıt matrisi kullanılarak puanlanmakta, bağımsız vakalardan gelen vaka puanları ile deneysel puanlar toplanarak genin toplam EAGLE skoru oluşturulmaktadır.

Kaynak altı olası sınıflandırma düzeyinden söz etmektedir: definitive, strong, moderate, limited, disputed ve refuted. EAGLE'ın bir başka özelliği, “definitive” düzeyine ulaşıldıktan sonra da yeni kanıt geldikçe puanın yükselmeye devam edebilmesidir. Böylece aynı kategorideki güçlü genler arasında da kanıt derinliği karşılaştırılabilmektedir.

222 genin değerlendirilmesinde ne bulundu?

Araştırmanın ana metni 222 aday genin EAGLE ile manuel olarak kürate edildiğini belirtmektedir. Ana sonuçlarda:

• 78 gen: definitive kanıt,
• 43 gen: moderate kanıt,
• 99 gen: limited kanıt

bildirilmiştir. Ayrıca MSL3 “strong”, RELN “disputed” ve CNTNAP2 “refuted” olarak ayrıca tanımlanmaktadır.

Bu kategorilerin kaynak içinde sayısal olarak tam uzlaştırılamadığı özellikle belirtilmelidir. Özet ve tartışma 99 limited gen bildirirken Şekil 1'in ilgili paneli “EAGLE Limited (N=100)” başlığını taşımaktadır. Ayrıca 78 definitive, 43 moderate ve 99 limited sayılarının üzerine strong, disputed ve refuted kategorileri bağımsız olarak eklendiğinde kaynakta bildirilen 222 toplamıyla matematiksel olarak uyuşmayan bir sonuç ortaya çıkmaktadır. Bu nedenle burada kaynakta bulunmayan bir yeniden sınıflandırma yapılmamıştır.

En yüksek EAGLE puanlı genler hangileridir?

Kaynakta ilk 10 gen şu sırayla verilmektedir:

1. NRXN1
2. SCN2A
3. MECP2
4. CHD8
5. RNU4-2
6. DDX3X
7. SHANK3
8. PTEN
9. FOXP1
10. MBD5

Ana metinde bazı genlerin kesin sayısal puanları ayrıca açıklanmaktadır. NRXN1 için 143,75, SCN2A için 109,3, CHD8 için 97,65, SHANK3 için 74,85 ve PTEN için 63,15 EAGLE puanı verilmiştir. PTCHD1-AS için 33,6; ASTN2 için 15,75 ve CACNA1D için 12,7 örnekleri de yöntemin farklı varyant mekanizmalarını değerlendirebildiğini göstermek amacıyla tartışılmaktadır.

“Definitive ASD geni” ne anlama geliyor?

EAGLE bağlamında “definitive”, belirli bir gen ile ASD arasındaki bilimsel ilişkinin güçlü vaka ve deneysel kanıtla desteklendiğini ifade eden gen düzeyinde bir sınıflandırmadır. Bu ifade, o gendeki her varyantın hastalık yapıcı olduğu veya varyantı taşıyan her bireyin ASD geliştireceği anlamına gelmez.

Örneğin araştırma, aynı gen içinde farklı varyant sınıflarının farklı mekanizmalarla ilişki gösterebildiğini vurgulamaktadır. BRAF ve CACNA1D için gain-of-function mekanizmaları; NRXN1 için özellikle N-terminal delesyonları; SHANK3 için ise LoF, missense ve yapısal varyantlar gibi farklı sınıflar tartışılmaktadır.

Hangi büyük genom kohortları analiz edildi?

Nadir varyant sıklığını değerlendirmek için her aileden bir etkilenmiş birey alınarak üç büyük ASD kohortu incelenmiştir:

Bu üç grubun toplamı 10.801 unrelated ASD olgusuna karşılık gelmektedir. De novo varyant analizinde hem anne hem baba genetik verisinin bulunması gerektiğinden ayrı bir toplam 9.123 bireylik alt grup kullanılmıştır: MSSNG 3.368, SSC 2.393 ve SPARK 3.362.

CNTNAP2'nin ASD ile ilişkisinin EAGLE tarafından refuted sınıfına alınması nedeniyle nadir varyant analizinde 222 genin 221'i değerlendirilmiştir.

Hangi varyant türleri araştırıldı?

Çalışmada gnomAD allel sıklığı %1'in altında olan nadir varyantlara odaklanılmıştır. İncelenen sınıflar:

• loss-of-function (LoF) tek nükleotid varyantları,
• missense varyantlar,
• 50 baz çiftinden küçük insersiyon ve delesyonlar,
• ekzonları etkileyen kopya sayısı varyantları (CNV)

olarak tanımlanmaktadır.

Farklı genetik soy gruplarında aynı genler görülüyor mu?

Araştırmacılar, genetik keşiflerin büyük ölçüde Avrupa kökenli örneklemler tarafından yönlendirilmiş olmasını önemli bir sınırlılık olarak ele almış ve farklı soy gruplarında nadir varyantların tekrar edip etmediğini incelemiştir.

Soy kökeni tahmininde ana bileşen analizi ile Random Forest sınıflandırıcısı kullanılmıştır. Referans grupları Afrika, Güney Asya, Doğu Asya, Avrupa, Orta Doğu ve Yerli Amerika kökenlerini kapsamaktadır. Bir örnek, Random Forest tahmin olasılığı %50'nin üzerindeyse ilgili gruba atanmıştır.

Kaynağın bildirdiği oranlara göre:

• 78 definitive genin 37'sinde (%47,4),
• 43 moderate genin 12'sinde (%27,9),
• kaynakta 99 olarak bildirilen limited genin 17'sinde (%17)

birden fazla genetik soy grubunda varyant gözlenmiştir.

NRXN1 delesyonları, SCN2A LoF varyantları ve CHD8 missense varyantları farklı soy gruplarında tekrar eden örnekler arasında verilmektedir. MBD5 ve DMD'de delesyon ve duplikasyon; CHD2 ve EHMT1'de duplikasyon ve LoF; SHANK3'te LoF ve missense varyantların birden fazla soy grubunda görüldüğü bildirilmiştir.

Bu analiz, bütün soy gruplarında riskin eşit olduğunu kanıtlamaz. Araştırmacılar Avrupa dışı popülasyonlarda ASD için bütün genom dizileme verisinin hâlen daha sınırlı olduğunu özellikle belirtmektedir.

EAGLE ile SFARI ve ClinGen arasında neden fark çıkıyor?

EAGLE yalnız doğrulanmış ASD fenotipine ilişkin kanıtı puanlarken ClinGen ID/ASD yaklaşımı zihinsel yetersizlik ve/veya ASD fenotiplerini birlikte değerlendirebilmektedir. SFARI-Gene ise farklı bir kürasyon çerçevesi kullanmaktadır.

Çalışmada EAGLE ile karşılaştırmalı hesaplamalar için iki temel liste oluşturulmuştur:

• EAGLE-definitive: n=78,
• ID-predominant: EAGLE'da limited olmasına rağmen ClinGen veya SFARI'de definitive/high-confidence olarak değerlendirilen n=69 gen.

Araştırmacılar ikinci listenin ASD'den çok zihinsel yetersizlik veya daha geniş NDD fenotipi tarafından yönlendirilebileceği hipotezini test etmektedir. “ID-predominant” adı bu çalışmanın analitik sınıflandırmasıdır; genlerin ASD ile hiçbir ilişkisi olmadığı anlamına gelmez.

SFARI karşılaştırmasında ne bulundu?

Ekim 2025 itibarıyla SFARI'de 240 high-confidence gen bulunduğu ve bunların 171'inin EAGLE tarafından da kürate edildiği belirtilmektedir. Bu 171 genin:

• 68'i (%39,8) EAGLE-definitive,
• 39'u (%22,8) EAGLE-moderate,
• 63'ü (%36,8) EAGLE-limited,
• 1'i (%0,6) disputed

olarak bildirilmiştir. Bu alt sayıların toplamı 171 olduğu için bu karşılaştırma kendi içinde aritmetik olarak tutarlıdır.

ClinGen karşılaştırmasında kaynak içi bir sayı sorunu var mı?

Evet. Metinde ClinGen ID/ASD-GCEP tarafından definitive kabul edilen genlerden 94'ünün EAGLE tarafından da kürate edildiği yazmaktadır. Ancak hemen ardından 49 genin definitive, 23 genin moderate ve 25 genin limited olduğu belirtilmektedir. Bu üç sayı toplam 97 etmektedir.

Ayrıca verilen %50,5, %23,7 ve %25,8 oranlarının toplamı %100'dür ve 49/23/25 dağılımıyla uyumludur. Kaynak 94 ile 97 arasındaki farkı açıklamamaktadır. Bu nedenle Verianla açıklamasında bu değerler birleştirilerek yeni bir sayı üretilmemiştir.

Genlerin biyolojik işlevleri aynı mı?

Hayır. Araştırmacılar g.Profiler ve Cytoscape Enrichment Map kullanarak EAGLE-definitive ve ID-predominant genlerin hangi biyolojik süreçlerde zenginleştiğini karşılaştırmıştır.

Toplam 24 gen-set kümesi belirlenmiş, bunların 16'sının yalnız EAGLE-definitive genlerde zenginleştiği bildirilmiştir. ID-predominant genlere özgü hiçbir fonksiyonel küme belirlenmemiştir.

Her iki liste için ortak zenginleşen başlıca alanlar:

• nörogenez ve nöron farklılaşması,
• merkezi sinir sistemi gelişimi,
• sinaps özelleşmesi ve nöronal süreçlerin düzenlenmesi,
• kromatin bağlanmasıdır.

EAGLE-definitive genlerde özellikle ayrışan kümeler arasında DNA-templated transkripsiyonun düzenlenmesi, gen ifadesinin epigenetik düzenlenmesi, metiltransferaz aktivitesinin düzenlenmesi, öğrenme-hafıza-biliş-davranış ve fosforilasyonun düzenlenmesi yer almaktadır.

Şekil 2 ne gösteriyor?

Şekil 2, zenginleşmiş biyolojik gen setlerini ağ biçiminde göstermektedir. Her düğüm bir gen setini, birbirine yakın işlevler ise daha büyük fonksiyonel kümeleri temsil etmektedir. EAGLE-definitive genlerle ilişkili ağın birçok bölgede daha geniş ve yoğun görünmesi, araştırmanın nicel zenginleşme analizindeki farkları görsel olarak özetlemektedir.

Bununla birlikte bu ağ, belirli bir biyolojik yolun ASD'ye neden olduğunu tek başına kanıtlamaz. Analiz, önceden tanımlanmış gen listelerinin hangi işlevsel açıklamalarda istatistiksel olarak fazla temsil edildiğini göstermektedir.

İnsan beynindeki gen ifadesi nasıl incelendi?

BrainSpan veritabanından 42 insan beyni örneğine ait, başlangıçta 26 kortikal ve subkortikal yapıyı kapsayan RNA dizileme verileri kullanılmıştır. Örnekler beş gelişim döneminde gruplanmıştır:

• fetal dönem,
• bebeklik,
• çocukluk,
• ergenlik,
• yetişkinlik.

Yeterli bağımsız örnek bulunması koşuluyla analiz 18 beyin yapısına indirgenmiştir. PTCHD1-AS için BrainSpan ifade verisi bulunmadığından EAGLE-definitive ifade analizinde 78 yerine 77 gen kullanılmıştır.

Prenatal dönemde hangi beyin bölgeleri öne çıktı?

EAGLE-definitive genlerin ID-predominant genlere göre özellikle prenatal gelişimde daha yüksek göreli ifade örüntüsü gösterdiği bildirilmiştir. Kaynak özellikle:

• primer motor korteks (M1C),
• primer somatosensoriyel korteks (S1C),
• inferior parietal korteksi (IPC)

öne çıkarmaktadır.

Doğumdan sonra hangi yapı dikkat çekiyor?

Postnatal dönemde EAGLE-definitive genlerin serebellumdaki göreli ifadesinin dört postnatal gelişim döneminin tamamında yüksek kaldığı; en belirgin farkın bebeklik döneminde görüldüğü bildirilmektedir.

Şekil 3, fetal dönemden yetişkinliğe kadar lateral ve midsagittal beyin görünümleri üzerinde iki gen listesinin göreli ifade örüntülerini karşılaştırmaktadır. Bu haritalar genlerin belirli bir beyin bölgesinde yalnızca ifade edildiği anlamına gelmez; gen listelerinin standartlaştırılmış ortalama ifade örüntülerindeki göreli farkları gösterir.

Tek hücre düzeyinde hangi veri kullanıldı?

Hücresel analiz için BRAIN Initiative Cell Atlas Network'ün gelişen insan neokorteks atlası kullanılmıştır. Kaynak veri setinde prefrontal korteks ve primer görsel korteksten elde edilen 232.328 çekirdek ile transkriptomik olarak tanımlanan 33 hücre tipi bulunmaktadır.

Bu çekirdekler 38 insan neokorteks örneğinden gelmekte ve birinci trimester, ikinci trimester, üçüncü trimester, bebeklik ve ergenlik dönemlerini kapsamaktadır.

Hangi hücre tiplerinde farklılık görüldü?

İkinci trimesterde EAGLE-definitive genlerde özellikle eksitatör nöronların intermediate progenitor cell (IPC-EN) grubu ile yeni doğan glutamaterjik eksitatör nöronlarda farklı ifade örüntüleri raporlanmıştır.

Daha sınırlı düzeyde immature intratelencephalic ve non-intratelencephalic eksitatör nöronlarda da EAGLE-definitive listeye özgü artmış göreli ifade görülmüştür. İnhibitör nöron gruplarında dorsal lateral ganglionic eminence ve caudal ganglionic eminence kaynaklı immature hücrelerin EAGLE-definitive genlerde daha yüksek ifade gösterdiği bildirilmiştir.

Üçüncü trimesterde oligodendrosit prekürsör hücreleri ve mikroglia, iki gen listesi arasındaki en değişken ifade farklılıklarını gösteren hücre grupları arasında yer almaktadır.

Fare modelleri nasıl değerlendirildi?

Araştırmacılar EAGLE-definitive 78 geni başlangıç noktası olarak kullanarak literatürde mevcut genetik fare modellerini kürate etmiştir. Davranışlar beş temel grupta sınıflandırılmıştır:

• sosyal etkileşim,
• sosyal iletişim / ultrasonik vokalizasyon,
• tekrarlayıcı davranış,
• öğrenme ve hafıza,
• motor işlevler.

İlk 10 EAGLE geninden Ddx3x ve Rnu4-2 dışında sekizinin mevcut fare modellerinde sosyal etkileşimle ilişkili anormallikler bildirdiği belirtilmektedir. Ancak birçok model bütün sosyal testlerde aynı fenotipi göstermemiştir.

Örneğin Nrxn1α, Scn2a, Chd8 veya Shank3 mutasyonlu bazı modeller daha basit sosyallik testlerinde normal davranırken sosyal yenilik tercihi gibi daha zorlayıcı görevlerde farklılık göstermiştir. Aynı genin farklı izoformlarını hedefleyen modellerin de farklı fenotipler oluşturabildiği bildirilmiştir.

Bu fare sonuçları insanlarda ASD tanısının doğrudan modeli değildir. Araştırmanın amacı, belirli genlerin mekanistik ve preklinik çalışılması için mevcut biyolojik araçları haritalamaktır.

X kromozomu ve cinsiyet analizi ne gösterdi?

EAGLE kapsamında 25 X-bağlı gen değerlendirilmiştir. Vaka düzeyi kanıt bileşeninde 381 erkek ve 299 kadın yer almış; sekiz gen definitive, dört gen moderate ve 13 gen limited olarak sınıflandırılmıştır.

MECP2 ve DDX3X çıkarıldıktan sonra definitive ve moderate X-bağlı genler için vaka sayılarındaki erkek:kadın oranı 6,89 olarak verilmiştir: 262 erkek ve 38 kadın; iki yönlü Wilcoxon rank-sum testi p=7,339×10⁻⁴.

Definitive otozomal genler için kaynak 2,96 oranını bildirmektedir: 2.247 erkek ve 758 kadın; p=2,367×10⁻¹¹. ID-predominant otozomal genlerde oran 4,05 olarak verilmiştir: 300 erkek ve 74 kadın; p=3,253×10⁻¹².

Bu sayılar toplumdaki ASD prevalansını yeniden ölçen epidemiyolojik oranlar değildir. EAGLE'ın vaka düzeyi kanıt değerlendirmesine giren kişilerin dağılımını karşılaştırmaktadır.

Preklinik araştırmalar için başka hangi kaynaklar derlendi?

Araştırmacılar fare modellerinin yanı sıra EAGLE-definitive genlerin hücresel ve translasyonel araştırmalarda incelenmesini kolaylaştırabilecek protein kaynaklarını da kürate etmiştir.

Structural Genomics Consortium, Protein Data Bank, UniProt ve YCharOS gibi kaynaklardan deneysel protein yapıları, PDB kayıtları, çözümlenmiş protein bölgeleri, rekombinant ekspresyon sistemleri, saflaştırılmış proteinlerin ve knock-out ile doğrulanmış yenilenebilir antikorların bulunabilirliği gibi bilgiler derlenmiştir.

Simons Searchlight'ta bulunan indüklenmiş pluripotent kök hücre ve organoid kaynaklarına da bağlantı verilmiştir. Bunlar araştırmanın kendi laboratuvarında üretilmiş yeni organoid veya fare deneyleri değil; mevcut preklinik kaynakların bilimsel kürasyonudur.

Çalışmanın desteklediği sonuçlar

• EAGLE, gen–ASD ilişkisini yalnız geniş NDD kategorisi üzerinden değil, doğrulanmış ASD fenotipine dayalı kanıtla değerlendiren protokollü bir kürasyon yaklaşımı sunmaktadır.
• Ana metin 78 gen için ASD ile definitive EAGLE kanıtı bildirmektedir.
• NRXN1, SCN2A, MECP2, CHD8, RNU4-2, DDX3X, SHANK3, PTEN, FOXP1 ve MBD5 en yüksek puanlı ilk 10 gen olarak verilmiştir.
• Definitive genlerde farklı soy gruplarında tekrarlayan nadir varyantların moderate ve limited gruplardan daha sık olduğu bildirilmiştir.
• EAGLE-definitive ve ID-predominant listeler biyolojik yolak, beyin gelişimi ve hücre tipi ifade örüntülerinde farklılık göstermektedir.
• EAGLE-definitive genlerde prenatal kortikal ve postnatal serebellar ifade örüntüleri dikkat çekmektedir.
• Çalışma, definitive genler için mevcut fare modelleri ve protein tabanlı araştırma araçlarını preklinik çalışma planlaması amacıyla bir araya getirmektedir.

Çalışmanın desteklemediği veya kanıtlamadığı sonuçlar

• Bir kişinin bu genlerden birinde herhangi bir varyant taşıması tek başına ASD tanısı anlamına gelmez.
• Bir genin definitive olarak sınıflandırılması o gendeki bütün varyantların patojenik olduğu anlamına gelmez.
• Çalışma, 78 gen kullanıldığında klinik tanı duyarlılığının veya özgüllüğünün ne olacağını prospektif bir hasta grubunda test etmemiştir.
• EAGLE bir klinik varyant sınıflandırma sisteminin yerine geçmez; çalışma gen–fenotip ilişkisinin kanıtını kürate etmektedir.
• Beyin ve tek hücre ifade farklılıkları, belirli hücre tiplerinin ASD'ye nedensel olarak yol açtığını tek başına göstermemektedir.
• Fare modellerindeki sosyal veya tekrarlayıcı davranış değişiklikleri insanlardaki otizmin doğrudan eşdeğeri değildir.
• Çalışma yeni bir ASD tedavisini test etmemiş ve tedavi etkinliği göstermemiştir.
• Farklı genetik soy gruplarında varyant görülmesi, varyantların bütün popülasyonlarda aynı penetransa veya etkiye sahip olduğunu kanıtlamamaktadır.

Çalışmanın Yöntemi ve Bulguları

Araştırmanın ana bileşenleri

EAGLE sınıflandırmasında kaynakta bildirilen ana sayılar

Kaynağın kategori toplamları kendi içinde tam olarak uzlaşmadığı için bu tablo bilimsel raporlamayı olduğu gibi göstermektedir; sayılar Verianla tarafından yeniden sınıflandırılmamıştır.

Nadir varyant analizi

De novo alt grup toplamının genel “aile başına bir etkilenmiş birey” sütunundaki kohort sayılarıyla birebir alt küme ilişkisi şeklinde okunmaması gerekir; kaynak de novo analizindeki kullanılabilir genetik ebeveyn verisini ayrı olarak tanımlamaktadır.

Genetik soy grupları

Kaynakta gözlenen ana eğilim, gen–ASD ilişkisi için daha güçlü EAGLE kanıtı bulunan grupta farklı genetik soy gruplarında tekrar eden nadir varyantların daha sık raporlanmasıdır.

Gen-set zenginleşme analizi

BrainSpan analizi

BICAN tek çekirdek transkriptom analizi

Kaynak içindeki önemli sayısal ve raporlama sorunları

222 gen ile kategori toplamlarının uyuşmaması: Kaynak 222 gen kürate edildiğini, 78 definitive, 43 moderate ve 99 limited gen bulunduğunu belirtmektedir. MSL3 strong, RELN disputed ve CNTNAP2 refuted kategorileri de ayrıca verilmiştir. Bütün kategoriler birbirinden bağımsız kabul edildiğinde toplam 222 ile uyum sağlamamaktadır.

Limited gen sayısı: Metin 99 limited gen bildirirken Şekil 1'in ilgili panel başlığında N=100 yazmaktadır.

Definitive yüzde değeri: Sonuç bölümünde 78 definitive gen için %34,6 ifadesi verilmiştir; aynı paragraftaki toplam n=222 ile bu yüzde tam olarak uyuşmamaktadır. Kaynak bunun nedenini açıklamamaktadır.

ClinGen karşılaştırması: Metin 94 ortak definitive ClinGen geni bulunduğunu söylemekte, ancak EAGLE alt sınıfları 49 definitive + 23 moderate + 25 limited şeklinde toplam 97 gene karşılık gelmektedir.

Definitive eşik gösterimi: Metin definitive sınıflandırma eşiğini score=12 olarak ifade ederken Şekil 1 panel başlığında “Score >12” yazmaktadır. Tam sınır koşulu bakımından bu ifade farkı kaynak içinde açıklanmamıştır.

Bu farklılıklar araştırmanın temel EAGLE yaklaşımını geçersiz kıldığı anlamına gelmez; ancak yayımlanan kategori sayılarını ikincil kullanımda doğrudan bir klinik listeye dönüştürmeden önce kaynak yazarlarının güncel kürasyon kayıtlarıyla kontrol edilmesini gerekli kılar.

Kaynak ve Yöntem Notu

Tam özgün çalışma adı: Genes/variants for diagnostic testing and pre-clinical research in autism spectrum disorder

Yazarlar: Nelson Bautista Salazar; Olivia Rennie; Worrawat Engchuan; Julian Moran; Vinicius Furlan; Xiaopu Zhou; Natalia Rivera-Alfaro; Jennifer L. Howe; Ny Hoang; Kristian Torres-Bonilla; Kristof Bosovicar; Katlin Brauer Massirer; Carl Laflamme; Aled Edwards; Karun K. Singh; Sangyoon Y. Ko; Marla Mendes de Aquino; Jacob A.S. Vorstman; Stephen W. Scherer.

Yazar sırası: Yukarıdaki sıra kaynakta verilen özgün yazar sırasıdır.

Eş katkı: Kaynakta eş birinci yazarlık veya eş katkı beyanı belirtilmemiştir.

Sorumlu yazarlar: Jacob A.S. Vorstman — jacob.vorstman@sickkids.ca; Stephen W. Scherer — stephen.scherer@sickkids.ca.

Kurumsal bağlantılar: Genetics and Genome Biology Program, The Hospital for Sick Children; Department of Molecular Genetics, University of Toronto; Temerty Faculty of Medicine, University of Toronto; The Centre for Applied Genomics, The Hospital for Sick Children; Department of Genetic Counselling, The Hospital for Sick Children; Autism Research Unit, The Hospital for Sick Children; Structural Genomics Consortium, Campinas, Brazil; Center for Medicinal Chemistry (CQMED) ve Center for Molecular Biology and Genetic Engineering (CBMEG), Universidade Estadual de Campinas; Structural Genomics Consortium, University Health Network/University of Toronto; Structural Genomics Consortium, Montreal Neurological Institute-Hospital, McGill University; School of Pharmaceutical Sciences, Faculty of Medicine, University of Ottawa; Krembil Research Institute, University Health Network ve Department of Laboratory Medicine and Pathobiology, University of Toronto; Program in Neurosciences & Mental Health, The Hospital for Sick Children; Department of Brain and Cognitive Sciences, KAIST; Department of Psychiatry, The Hospital for Sick Children; Department of Psychiatry, Temerty Faculty of Medicine, University of Toronto; McLaughlin Centre, Toronto.

Kaynak türü: Preprint; manuel bilimsel kürasyon, mevcut genom kohortlarının ikincil analizi, biyoinformatik analiz ve preklinik kaynak derlemesi.

Hakemlik durumu: Bu çalışma bir preprinttir ve hakem değerlendirmesinden geçmemiştir. Kaynak açıkça çalışmanın klinik uygulamayı yönlendirmek için kullanılmaması gerektiğini belirtmektedir.

Yayın platformu: medRxiv.

Hakemli dergi: Bu sürümde bir hakemli dergi yayını belirtilmemektedir.

Özgün yayınevi: Bu sürüm bir dergi makalesi olmadığı için hakemli bir dergi yayınevi bulunmamaktadır; çalışma medRxiv üzerinde preprint olarak dağıtılmıştır.

Sürüm: medRxiv v1.

Yayımlanma tarihi: 22 Haziran 2026.

DOI:10.64898/2026.06.19.26356063

Resmî kaynak:medRxiv resmî preprint kaydı

Lisans: Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International (CC BY-NC 4.0).

Etik onay: The Hospital for Sick Children Research Ethics Board, REB# 1000080561.

Finansman: University of Toronto McLaughlin Centre, Canadian Institutes of Health Research, Genome Canada/Ontario Genomics Institute, Canada Foundation for Innovation, Autism Speaks, Ontario Brain Institute ve SickKids Foundation tarafından destek bildirilmiştir. Jacob A.S. Vorstman SickKids Psychiatry Associates Chair in Developmental Psychopathology; Stephen W. Scherer ise Northbridge Chair in Paediatric Research görevini yürütmektedir.

Veri erişilebilirliği: Çalışmada üretilen ve analiz edilen verilerin makale ile ek materyallerinde bulunduğu belirtilmiştir. Bireysel EAGLE gen kürasyon dosyalarının sorumlu yazarlardan talep edilebileceği ve EAGLE kürasyonlarının düzenli olarak güncellendiği bildirilmiştir.

Kod erişilebilirliği: Ham verilerin işlenmesi ve analizinde kullanılan kod için kaynakta EAGLE_Manuscript GitHub deposu verilmiştir.

Yazar katkıları: Jacob A.S. Vorstman ve Stephen W. Scherer EAGLE çerçevesinin kavramsallaştırılması ve geliştirilmesinde; Nelson Bautista Salazar ve Olivia Rennie 222 genin manuel kürasyonunda; Worrawat Engchuan BrainSpan ve BICAN gen ifade analizlerinde; Marla Mendes de Aquino nadir varyant analizinde görev almıştır. Diğer yazarların protein anotasyonu, antikor araştırması, veri yorumlama, yazım, inceleme ve düzenleme katkıları kaynakta ayrıntılı olarak belirtilmiştir.

Çıkar çatışması: Stephen W. Scherer çalışma sırasında Population Bio, Deep Genomics ve Diploid Genomics'in Scientific Advisory Committee'lerinde görev yaptığını; The Hospital for Sick Children'daki araştırmalarından doğan bazı fikrî mülkiyet haklarının Athena Diagnostics ve Population Bio'ya lisanslandığını açıklamıştır. Jacob A.S. Vorstman, 22q11.2 delesyonlu çocuklarda bir klinik çalışma tasarımı için NoBias Therapeutics Inc.'e danışmanlık yaptığını bildirmiştir. Kaynak, bu ilişkilerin verilerin yorumlanmasını veya sunumunu etkilemediğini belirtmektedir. Diğer yazarlar çıkar çatışması bildirmemiştir.

Bu Verianla açıklaması araştırmanın bilimsel bulguları bakımından yalnız Bautista Salazar ve çalışma arkadaşlarının sunulan sürümüne dayanmaktadır. Dış doğrulama yalnız preprint kimliği, DOI ve güncel yayın durumunun kontrolü amacıyla yapılmış; dışarıdan yeni ASD geni, klinik tanı oranı veya biyolojik sonuç eklenmemiştir.

Yüklenen ana çalışma Supplementary Figure 1–6 ile Supplementary Table S1–S6 gibi ek materyallere atıfta bulunmaktadır; bu ek dosyaların tamamı sunulan 39 sayfalık ana belge içinde yer almamaktadır. Bu nedenle Verianla metninde ana çalışmada doğrudan okunabilen sayısal sonuçlar esas alınmış, görünmeyen ek tablolardan gen veya veri tahmin edilmemiştir.

Kaynak içinde 222 toplam genin kategori dağılımı, limited gen sayısı, definitive yüzde değeri, ClinGen ortak gen sayısı ve definitive skor eşik gösterimi bakımından bazı iç tutarsızlıklar bulunmaktadır. Bu farklılıklar sessizce düzeltilmemiştir. Özellikle klinik veya tanısal amaçlı gen listesi oluşturulacaksa çalışmanın güncellenmiş EAGLE kayıtları ve bağımsız klinik varyant değerlendirmesi ayrıca kontrol edilmelidir.