Neonatal sepsis tanısal değerlendirmesi, yenidoğanda şüpheli invaziv bakteriyel veya fungal enfeksiyonun; uygun örnekleme, kültür, hızlı organizma tanımlama, moleküler testler, antimikrobiyal duyarlılık ve konak yanıtı biyobelirteçlerinin klinik bağlam içinde birlikte yorumlanmasıyla araştırıldığı bütünleşik bir tanı sürecidir. Elena Teona Cosovanu ve çalışma arkadaşlarının kapsamlı anlatı derlemesi, kan kültürünün neden halen referans standart olduğunu ve MALDI-TOF MS, multiplex PCR, broad-range 16S rRNA PCR, metagenomic next-generation sequencing, microbial cell-free DNA ve konak yanıtı biyobelirteçlerinin hangi sorunları çözebildiğini değerlendirmektedir. Çalışmanın temel sonucu, yeni teknolojilerin kültürün belirli eksiklerini giderebildiği ancak hiçbirinin bugün için kültürün sağladığı canlı izolat + geniş patojen kapsaması + kesin fenotipik antimikrobiyal duyarlılık kombinasyonunu tek başına sağlayamadığıdır.

Yenidoğan, tanı açısından erişkinin küçültülmüş bir modeli değildir. Dolaşımdaki bakteri yükü çok düşük olabilir, güvenli biçimde alınabilecek kan miktarı sınırlıdır, intrapartum veya ampirik antibiyotik maruziyeti kültür pozitifliğini azaltabilir ve koagülaz-negatif stafilokoklar gibi deri florası üyelerinin gerçek enfeksiyon mu yoksa kontaminasyon mu olduğu her zaman kolay belirlenemez. Bu nedenlerle negatif kültür sepsisi bütünüyle dışlamaz; fakat aynı zamanda özgül olmayan klinik belirtiler nedeniyle çok sayıda kültür-negatif bebek ampirik antibiyotik almaktadır.

Derlemenin önerdiği çözüm “kültürü terk etmek” değil, testleri görevlerine göre katmanlandırmaktır. Yeterli hacimde kan kültürü temel olarak korunur; kültür pozitifleşirse MALDI-TOF ve multiplex PCR tanımlamayı hızlandırabilir; klinik şüphe güçlü olduğu halde kültür negatifse 16S rRNA PCR, mcfDNA veya mNGS seçilmiş olgularda yardımcı olabilir; CRP, prokalsitonin, IL-6 ve presepsin gibi biyobelirteçler ise patojeni göstermekten çok sepsis olasılığını yeniden değerlendirmek ve gereksiz antibiyotik maruziyetini kısaltmak için kullanılabilir. Bütün bu yöntemlerin klinik değeri, diagnostic stewardship ve antimicrobial stewardship ile birlikte çalışmasına bağlıdır.

Yenidoğan sepsisi neden tanısal olarak özel bir problem?

Neonatal sepsisin klinik görünümü oldukça özgül değildir. Bebekte yalnız davranış değişikliği, beslenme güçlüğü, solunum düzensizliği veya sıcaklık değişikliği bulunabileceği gibi tablo hızla çoklu organ yetmezliğine de ilerleyebilir. Aynı belirtilerin doğum sonrası geçiş dönemindeki enfeksiyon dışı sorunlarda da görülebilmesi klinik değerlendirmeyi güçleştirir.

Bunun üzerine ikinci bir sorun eklenir: neonatal sepsis için evrensel olarak kabul edilmiş tek bir konsensus tanımı bulunmamaktadır. Çalışmaların “kültür-negatif sepsis”, “erken başlangıçlı sepsis” veya klinik sepsis tanımlarındaki farklılıkları, tanısal testlerin duyarlılık ve özgüllüklerinin birbiriyle karşılaştırılmasını zorlaştırmaktadır.

Erken ve geç başlangıçlı sepsis

Early-onset sepsis (EOS) çoğunlukla yaşamın ilk 72 saati içindeki enfeksiyon olarak tanımlanır; bazı araştırmalar sınırı yedi güne kadar uzatır. EOS genellikle anneden doğum sırasında aktarılan mikroorganizmalarla ilişkilidir. Streptococcus agalactiae ve Escherichia coli temel etkenlerdir.

Late-onset sepsis (LOS), erken dönemden sonra ortaya çıkar ve yenidoğanın postnatal çevresiyle daha güçlü ilişkilidir. Hastanede yatan prematürelerde koagülaz-negatif stafilokoklar, Staphylococcus aureus ve Gram-negatif basiller önemli patojenlerdir.

Bu ayrım yalnız epidemiyolojik değildir. Ampirik antibiyotik seçimi ve pozitif bir mikrobiyolojik sonucun ön-test olasılığı bu zaman sınıflandırmasına göre değişir.

Yenidoğandaki düşük bakteri yükü neden önemli?

Neonatal bakteriyemi bazı olgularda mililitre başına dört CFU'nun altında olabilir. Bu durumda küçük hacimde alınmış bir kan örneğinin içine fiziksel olarak hiç bakteri düşmemesi mümkündür.

Bu durum hem kültürü hem de doğrudan-kandan moleküler yöntemleri etkiler. Bir PCR yönteminin teorik olarak son derece duyarlı olması, kullanılan tüpte hedef DNA molekülü yoksa sorunu çözmez.

Yenidoğan sepsisinde kan kültürü neden hâlâ referans standarttır?

Kan kültürü yavaş ve hacim bağımlı olmasına rağmen canlı mikroorganizmayı geri kazandıran, patojen listesini önceden tanımlamadan çalışabilen ve kesin fenotipik antimikrobiyal duyarlılık testinin yapılmasına olanak veren rutin yöntemdir; mevcut moleküler veya biyobelirteç temelli yöntemlerin hiçbiri bu üç temel çıktıyı aynı anda sağlamamaktadır.

Kan kültürünün güçlü yönleri

• Canlı izolat elde eder.
• Önceden belirlenmiş hedef listesine bağlı değildir.
• Fenotipik antimicrobial susceptibility testing yapılmasına olanak verir.
• Etkenin klinik epidemiyoloji ve sürveyans için saklanmasını sağlar.

Kan kültürünün temel sınırlılıkları

• Küçük kan hacminde duyarlılık azalabilir.
• Önceden verilen antibiyotikler organizmanın çoğalmasını baskılayabilir.
• Fastidious veya yavaş büyüyen mikroorganizmalar kaçırılabilir.
• Tanımlama ve tam duyarlılık sonucu bir ila üç güne uzayabilir.
• Deri florası mikroorganizmaları kontaminasyon ile gerçek bakteriyemi arasında belirsizlik oluşturabilir.

Bir mililitre neden kritik?

Kaynakta değerlendirilen klasik deneysel veriler 0,5 mL kanın neonatal bakteriyemiyi güvenilir biçimde göstermek için yetersiz olabileceğini ve uygulanabilir olduğunda kültür şişesi başına en az 1 mL hedeflenmesini desteklemektedir.

Buradaki amaç “1 mL bütün yenidoğanlarda daima alınabilir” demek değildir. Özellikle extremely-low-birth-weight bebeklerde güvenli örnek hacmiyle tanısal duyarlılık arasında gerçek bir klinik gerilim vardır. Yazarlar bunu halen çözülmemiş araştırma sorularından biri olarak değerlendirir.

Time-to-positivity neden antibiyotik kararını etkiler?

Otomatik kültür sistemleri çoğu gerçek patojeni ilk 24–36 saat içinde saptar. Negatif kültürün negatif öngörü değeri yaklaşık 36 saatte %97 ve 48 saatte %99 düzeyine ulaşmaktadır.

Bu nedenle klinik olarak stabil, kültürü negatif ve başka güçlü enfeksiyon bulgusu olmayan bebeklerde 36–48 saat civarında ampirik antibiyotik tedavisinin yeniden değerlendirilmesi mümkündür. Bu yaklaşım culture-negative sepsis nedeniyle gereksiz uzayan antibiyotik kullanımını azaltmayı hedefler.

Koagülaz-negatif stafilokok sorunu

CoNS neonatal yoğun bakımda hem gerçek late-onset bloodstream infection'ın önemli nedenlerinden biri hem de en sık kan kültürü kontaminantlarından biridir.

Tek düşük hacimli kültürde CoNS üremesi otomatik olarak “kontaminasyon” ya da “gerçek sepsis” şeklinde sınıflandırılmamalıdır. Tekrarlanan kültürler, time-to-positivity, kolonizasyon yoğunluğu, santral kateter varlığı ve klinik bağlam birlikte değerlendirilmelidir.

Kan kültürü negatifse menenjit dışlanabilir mi?

Hayır. Derlemenin aktardığı kültürle doğrulanmış neonatal menenjit serisinde vakaların yalnız %62'sinde eş zamanlı kan kültürü pozitiftir. Bu nedenle uygun klinik koşulda BOS kültürü ayrı bir tanısal kompartıman olarak değerlendirilmelidir.

İdrar kültürünün yeri

Urinary tract infection özellikle late-onset sepsis değerlendirmesinde önemlidir. Örnek suprapubik aspirasyon veya kateterizasyon gibi güvenilir yöntemlerle alınmalıdır; torba örneklerinin kontaminasyon riski yüksektir.

Erken yaşam günlerinde UTI çok nadir olduğu için urine culture rutin EOS değerlendirmesinin standart parçası değildir.

Necrotizing enterocolitis ve mikrobiyom

Necrotizing enterocolitis tek bir patojenle tanımlanan enfeksiyon değildir. Kaynağın aktardığı mikrobiyom literatüründe hastalık öncesinde Proteobacteria artışı ve Firmicutes/Bacteroidetes azalması gibi dysbiosis örüntüleri görülmüştür.

Bu nedenle mikrobiyom profillemesi bugün bedside sepsis testi olmaktan çok hastalık mekanizması ve risk tabakalandırması aracı olarak değerlendirilir.

Antimikrobiyal direnç neden tanısal teknolojinin değerini artırıyor?

Bir patojeni doğru saptamak artık tek başına yeterli değildir. E. coli, K. pneumoniae, Acinetobacter ve başka neonatal sepsis patojenlerinde artan direnç, “hangi mikroorganizma?” sorusuna “hangi antibiyotik gerçekten etkili?” sorusunu eklemektedir.

ESBL üreten Enterobacterales, carbapenem-resistant K. pneumoniae ve başka MDR/XDR fenotipleri ampirik rejimlerin güvenilirliğini azaltmaktadır. Bu nedenle tanısal intervalin kısalması doğrudan klinik önem kazanır.

Moleküler tanı yöntemleri kan kültürünün yerini alabilir mi?

Mevcut kanıta göre hayır; moleküler tanı yöntemleri bazı organizmaları daha hızlı saptayabilir veya kültür antibiyotik nedeniyle negatif olduğunda ek sinyal sağlayabilir, ancak küçük neonatal örnek hacmi, hedef sınırlılığı, kontaminasyon, fenotipik duyarlılık bilgisinin eksikliği ve neonatal klinik doğrulama yetersizliği nedeniyle kültürün yerini almaktan çok onu tamamlamaktadır.

MALDI-TOF mass spectrometry

MALDI-TOF MS mikroorganizmaları protein spektrumlarına göre tanımlar. Pozitif bir kan kültürü şişesinden yaygın bakterileri yaklaşık bir saat içinde belirleyerek klasik overnight subculture süresini kısaltabilir.

Ancak MALDI-TOF'un çalışabilmesi için çoğunlukla önce kültürün pozitifleşmesi gerekir. Dolayısıyla düşük inokulumlu veya kültür-negatif olgulardaki asıl sorunu çözmez.

Syndromic multiplex PCR

Cartridge-based multiplex PCR platformları yaklaşık bir saat içinde önceden tanımlanmış bir patojen panelini ve bazı resistance determinants'ı gösterebilir.

Avantajı hızdır. Sınırı ise yine aynı özelliğin ters yüzüdür: yalnız kartuşta tanımlanmış hedefleri arar. Hedef dışındaki mikroorganizmayı saptayamaz ve genellikle yalnız belirli direnç genlerini verir; tam phenotypic AST sağlamaz.

Broad-range 16S rRNA PCR

16S rRNA geninin korunmuş bölgelerini hedefleyen broad-range PCR, belirli bir bakteriyi önceden seçmeden bakteriyel DNA saptayabilir. Özellikle antibiyotik maruziyeti nedeniyle kültür negatifleşmiş olgularda kavramsal değeri vardır.

Ancak çevresel veya reagent DNA kontaminasyonu false-positive sonuç oluşturabilir, tür düzeyinde çözünürlük her zaman yeterli değildir ve AST vermez. Bu nedenle seçilmiş culture-negative vakalarda ikinci basamak yardımcı test olarak daha uygundur.

Doğrudan kan PCR neden zor?

Yenidoğanın çok küçük kan hacmi, erişkin için geliştirilmiş platformların doğrudan uygulanmasını sınırlar. Kaynak örnek olarak SeptiFast'ın yaklaşık 1,5 mL ve T2MR platformlarının yaklaşık 4 mL kan gerektirebildiğini; neonatal örneklerin ise sıklıkla 1 mL veya altında kaldığını belirtmektedir.

Bu nedenle gerçek çözüm yalnız daha hassas PCR değil, düşük hacim ve düşük template yükü için özel olarak doğrulanmış neonatal platform geliştirmektir.

Moleküler yöntemlerin toplam doğruluğu

Derlemede aktarılan güncel Cochrane sentezinde kültür-pozitif neonatal sepsise karşı moleküler testlerin pooled sensitivity değeri 0,92 (%95 GA 0,86–0,95), pooled specificity değeri 0,88 (%95 GA 0,82–0,92) olarak raporlanmıştır.

Bu yüksek görünen değerler yine de kültürün yerini almak için yeterli kabul edilmemektedir; ayrıca kanıt certainty düzeyi düşüktür ve culture'ın kendisi kusurlu bir referans standarttır.

Fungal sepsis tanısı

Invasive candidiasis özellikle extremely-low-birth-weight infantlarda ciddi late-onset enfeksiyon nedenidir. Fungal blood culture duyarlılığı sınırlı olabilir ve pozitifleştikten sonra tür tanısı zaman alabilir.

T2MR, panfungal PCR, mNGS ve mcfDNA gibi yöntemler fungal sinyali daha hızlı saptayabilir; ancak kaynak neonatal doğrulamalarının sınırlı olduğunu ve hiçbirinin kültür + antifungal susceptibility testing'in yerini almadığını belirtmektedir.

Metagenomic next-generation sequencing

mNGS örnekte bulunan mikrobiyal ve host nucleic acid'i önceden patojen seçmeden analiz eder. Bakteri, virüs, mantar ve parazitlerin yanı sıra resistance genes de saptanabilir.

Bu genişlik özellikle fastidious, novel, polymicrobial veya culture-negative enfeksiyonlarda caziptir. Bununla birlikte neonatal kullanımda maliyet, bioinformatics ihtiyacı, insan DNA arka planı, çevresel kontaminasyon ve yorumlama eşiklerinin standardize olmaması önemli engellerdir.

Microbial cell-free DNA

mcfDNA testi canlı organizmanın kendisini değil, plazmada dolaşan mikrobiyal DNA parçalarını arar. Bu özellik antibiyotik sonrası canlı organizmanın kültürde üretilemediği durumlarda teorik avantaj sağlar.

Aynı özellik yeni bir yorum sorununa yol açar: saptanan DNA gerçekten hastalığın nedeni olan patojene mi, geçici mikrobiyal sinyale mi, yoksa kommensal DNA'ya mı aittir?

Kaynak bugün için mcfDNA'yı routine frontline neonatal test olarak değil, seçilmiş culture-negative veya refractory olgularda araştırma/yardımcı yöntem olarak konumlandırmaktadır.

Konak yanıtı biyobelirteçlerinin asıl klinik görevi nedir?

CRP, prokalsitonin, IL-6, presepsin ve nCD64 gibi konak yanıtı biyobelirteçleri patojeni veya antibiyotik duyarlılığını göstermez; en güçlü kullanım alanları sepsis olasılığını yeniden ayarlamak, seri ölçümlerle enfeksiyonu dışlamayı desteklemek ve klinik olarak stabil bebekte ampirik antibiyotik süresini güvenli biçimde kısaltmaktır.

CRP

C-reactive protein enfeksiyon başladıktan sonra görece geç yükselir. Bu nedenle tek erken ölçümün duyarlılığı sınırlıdır; ancak seri ölçümler seyrin izlenmesi ve antibiyotik kesme kararında yardımcı olabilir.

Kaynakta aktarılan neonatal meta-analizde pooled sensitivity 0,71 ve AUC 0,85'tir.

Prokalsitonin

PCT CRP'den daha erken yükselir; ancak yaşamın ilk günlerindeki fizyolojik postnatal PCT yükselişi EOS değerlendirmesini karmaşıklaştırabilir.

Kaynakta pooled sensitivity 0,85 ve AUC 0,91 olarak aktarılır.

PCT için en güçlü klinik kanıt tanının kendisinden çok antibiotic duration tarafındadır. NeoPInS randomize kontrollü çalışması PCT-guided algoritmanın şüpheli EOS'ta antibiyotik süresini kısaltabildiğini göstermiştir.

IL-6

Interleukin-6 inflamatuar yanıtın erken döneminde yükselir ancak kısa yarı ömrü nedeniyle tanısal pencere dardır. Late-onset sepsis meta-analizinde pooled sensitivity 0,85 ve specificity 0,84'tür.

Presepsin

Presepsin, soluble CD14 subtype olarak ölçülen bir host-response marker'dır. Kaynakta pooled sensitivity ve specificity 0,91/0,91, summary AUC yaklaşık 0,98 olarak aktarılmaktadır.

Bu değer çok yüksek görünse de yazarlar küçük çalışma etkisi, spectrum bias ve eşik heterojenliği nedeniyle dikkatli yorum yapılmasını özellikle ister.

Neutrophil CD64

nCD64 için pooled sensitivity 0,77, specificity 0,74 ve summary AUC yaklaşık 0,87'dir. Kaynak bunu standalone marker olarak yeterli görmemekte ve diğer testlerle birlikte kullanılmasını önermektedir.

Biyobelirteç değerleri neden sıralama amacıyla kullanılamaz?

CRP, PCT, IL-6, presepsin ve nCD64 değerleri farklı metaanalizlerden, farklı sepsis tanımlarından, farklı cut-off'lardan ve farklı neonatal popülasyonlardan gelir. Dolayısıyla tablodaki daha yüksek AUC veya duyarlılık bir belirtecin diğerinden kesin olarak üstün olduğunu göstermez.

Figure 3 nasıl okunmalı?

Kaynağın Figure 3'ü biyobelirteçlerin göreli kinetiğini öğretmek için hazırlanmış qualitative schematic'tir. Presepsin ve IL-6 erken, PCT daha orta dönemde, CRP ise daha geç yükselen belirteç olarak gösterilir.

Eğriler gerçek hasta konsantrasyonlarından hesaplanan nicel model değildir. Yazarlar zamanların yaklaşık relative sequence olduğunu ve kesin neonatal kinetic values olarak kullanılmaması gerektiğini açıkça belirtmektedir.

Çalışmanın Yöntemi ve Bulguları

Derleme türü

Makale SANRA rehberli narrative comprehensive review'dur. “Comprehensive” ifadesi metodolojik olarak sistematik derleme anlamına değil, kapsam genişliğine işaret etmektedir.

Literatür araması

İncelenen tanı alanları

• Kan, BOS ve idrar kültürü.
• MALDI-TOF MS.
• Syndromic multiplex PCR.
• Broad-range 16S rRNA PCR.
• Direct-from-blood molecular assays.
• Fungal molecular diagnostics.
• mNGS ve plasma mcfDNA.
• Microbiome characterization.
• CRP, PCT, IL-6, presepsin ve nCD64.
• Fenotipik ve genotipik antimicrobial susceptibility testing.
• Diagnostic ve antimicrobial stewardship.

Başlıca tanı modalitelerinin karşılaştırması

Fenotipik antimikrobiyal duyarlılık testi

Disk diffusion, broth microdilution veya automated commercial systems ile yapılan phenotypic AST; EUCAST veya CLSI breakpoints kullanılarak mikroorganizmanın gerçek ilaç yanıtını ölçer.

Kaynak bunu treatable resistance için definitive standard olarak kabul etmektedir. Temel dezavantaj, testin yapılabilmesi için önce canlı izolat elde edilmesinin gerekmesidir ve kültür pozitifliğinden sonra yaklaşık bir ek gün gerektirebilir.

Rapid phenotypic susceptibility

EUCAST rapid AST yaklaşımı pozitif kan kültüründeki inhibition zone'ları 4, 6 ve 8 saatte okuyarak provisional susceptibility classification sağlamayı amaçlar.

Buna karşın belirli sonuçlar area of technical uncertainty içinde kalabilir ve doğrulama gerektirebilir; ayrıca breakpoint kapsamı bütün tür ve antibiyotikler için mevcut değildir.

Genotipik direnç saptama

mecA/mecC, vanA/vanB, ESBL ve carbapenemase genes gibi determinants multiplex veya sequencing tabanlı yöntemlerle hızlı biçimde saptanabilir.

Ancak resistance gene bulunması genin mutlaka ifade edildiği anlamına gelmez. Tersine panelde aranmayan bir direnç mekanizmasının bulunmaması da duyarlılığı garanti etmez.

Bu nedenle genotypic resistance detection, phenotypic AST'nin yerine geçmez.

Diagnostic stewardship

Diagnostic stewardship yalnız daha fazla test yapmak değildir. Doğru hastadan, doğru zamanda, doğru örneğin alınmasını; testin pre-test probability'ye göre seçilmesini ve belirsiz sonuçların klinik bağlam içinde yorumlanmasını içerir.

Kaynağa göre en temel pre-analytic intervention, uygun hacimde kan kültürünün mümkünse antibiyotik başlanmadan önce alınmasıdır.

Antimicrobial stewardship

Antimicrobial stewardship test sonucunun tedaviye dönüştüğü aşamadır. Rapid diagnostic yalnız sonucu hızlandırır; klinik fayda ancak sonuç antibiyotik seçimi, escalation, de-escalation veya discontinuation kararını gerçekten değiştirirse ortaya çıkar.

Figure 2'nin tanısal algoritması

1. Sepsis açısından klinik şüphe oluşur.
2. Mümkünse antibiyotik başlamadan önce ≥1 mL kan kültürü alınır.
3. Klinik endikasyona göre CSF ve urine culture eklenir.
4. IL-6/presepsin ve seri CRP/PCT gibi host-response biomarkers yardımcı olarak değerlendirilir.
5. Ampirik ampicillin veya penicillin + gentamicin başlanır.
6. 36–48 saatte kültür sonucu ve klinik durum yeniden değerlendirilir.
7. Pozitif kültürde hızlı identification, AST ve targeted therapy'ye geçilir.
8. Negatif kültür + iyi klinik durum + reassuring biomarkers varsa antibiyotik kesilebilir.
9. Negatif kültüre rağmen güçlü klinik şüphe sürüyorsa seçilmiş 16S rRNA PCR, mcfDNA veya mNGS düşünülebilir.
10. Her aşama diagnostic ve antimicrobial stewardship içinde yeniden değerlendirilir.

Konak yanıtı biyobelirteçlerinin kaynakta aktarılan performansı

Bu değerler ayrı araştırmalardan ve farklı neonatal popülasyonlardan gelmektedir. Bir satırdaki daha yüksek AUC veya sensitivity değeri diğer belirteçlere karşı üstünlük kanıtı değildir.

Kanıt boşlukları

Kaynağın gelecek araştırma yönleri

• Sub-milliliter örneklerle çalışabilen neonatal point-of-care platformları.
• Neonatal düşük template yükü için optimize edilmiş moleküler testler.
• Standardized positivity thresholds.
• Resistance genotype–phenotype prediction doğrulaması.
• Host transcriptomic classifiers.
• Integrated host–microbe multi-omics.
• Prospektif neonatal AI/ML decision-support validation.
• Explainable AI ve calibration çalışmaları.
• Federated learning ile çok merkezli neonatal veri temsili.
• Analytical accuracy yerine gerçek hasta sonuçlarını ölçen prospective trials.

Çalışmanın desteklediği sonuçlar

• Kan kültürü neonatal bloodstream infection için temel referans yöntem olmaya devam etmektedir.
• Kültür duyarlılığının en önemli değiştirilebilir faktörlerinden biri örnek hacmidir.
• Mümkün olduğunda yaklaşık ≥1 mL kan örneklemesi tanısal verimi desteklemektedir.
• Moleküler yöntemler tanıyı hızlandırabilir veya culture-negative seçilmiş olguları destekleyebilir.
• MALDI-TOF ve multiplex PCR özellikle culture-positive olgularda tanısal intervali kısaltabilir.
• mNGS ve mcfDNA neonatal rutin kullanım için henüz yeterince doğrulanmamıştır.
• Host-response biomarkers patojen identification'dan çok rule-out ve stewardship için değerlidir.
• PCT-guided neonatal algoritmalar antibiyotik süresini azaltabilir.
• Genotipik resistance signal fenotipik susceptibility sonucunun tam karşılığı değildir.
• Rapid diagnostics en fazla stewardship ile birlikte uygulandığında klinik değer üretir.

Çalışmanın desteklemediği sonuçlar

• Moleküler PCR yöntemlerinin kan kültürünün tamamen yerine geçebileceği gösterilmemiştir.
• Negatif kültür neonatal sepsisi tek başına tamamen dışlamaz.
• Pozitif CRP, PCT, IL-6 veya presepsin tek başına sepsis tanısı koymaz.
• Presepsinin diğer bütün biyobelirteçlerden üstün olduğu gösterilmemiştir.
• mNGS'nin neonatal sepsis mortalitesini azalttığı gösterilmemiştir.
• mcfDNA'nın rutin frontline neonatal test olduğu gösterilmemiştir.
• Resistance gene bulunması fenotipik direncin kesin olduğu anlamına gelmez.
• Kaynakta verilen erişkin mNGS/mcfDNA sonuçları neonatal klinik fayda olarak genellenemez.
• Yapay zekâ tabanlı sepsis tahmin sistemleri rutin neonatal antibiyotik karar desteği için henüz doğrulanmamıştır.

Derlemenin temel sınırlılıkları

Çalışma formal systematic review değildir; PRISMA protokolü, dual independent screening ve formal risk-of-bias assessment uygulanmamıştır.

Neonatal sepsis için evrensel consensus definition bulunmaması, farklı çalışmaların birbirinden farklı hasta gruplarını “sepsis” olarak sınıflandırmasına yol açmaktadır.

Biomarker araştırmaları kullanılan threshold ve hasta popülasyonu bakımından heterojendir.

mNGS, mcfDNA, direct-from-blood molecular testing ve bazı rapid diagnostic platformlara ilişkin önemli miktarda kanıt erişkin veya daha büyük çocuklardan extrapolate edilmiştir.

Neonatal-specific clinical-outcome trial sayısı sınırlıdır. Bu nedenle yeni teknolojilerde yüksek analytical detection, doğrudan hasta yararı olarak yorumlanamaz.

Alan çok hızlı geliştiği için bu derleme de Haziran 2026'da tamamlanan literatür aramasının zaman kesitini temsil etmektedir.

Kaynak ve Yöntem Notu

Özgün başlık: Diagnosing Neonatal Sepsis: A Comprehensive Review of Conventional Culture, Molecular Methods, and Host-Response Biomarkers

Yazarlar: Elena Teona Cosovanu; Eric Oliviu Cosovanu; Silvia Gabriela Ionescu; Andreea Asaftei; Costin Damian; Gabriela Smarandita Asaftei-Titianu; Madalina Andreea Donos; Antoneta Dacia Petroaie; Ileana Katerina Ioniuc; Ovidiu Rusalim Petris; Elena Adorata Coman; Luminita Smaranda Iancu; Irina Draga Caruntu; Ramona Gabriela Ursu.

Corresponding author: Eric Oliviu Cosovanu.

Kurumlar: “Grigore T. Popa” University of Medicine and Pharmacy, Iasi, Romania; Iaşi Regional Center for Public Health, National Institute of Public Health, Iasi, Romania; “Cuza-Vodă” Clinical Hospital of Obstetrics and Gynecology, Iasi, Romania.

Dergi: Acta Microbiologica Hellenica.

Yayınevi: MDPI, Hellenic Society for Microbiology adına.

Bibliyografik kayıt: Acta Microbiol. Hell. 2026, Volume 71, Article 28.

DOI: 10.3390/amh71030028

Yayın tarihi: 4 Ağustos 2026.

Editoryal tarihler: Received 28 June 2026; Revised 23 July 2026; Accepted 24 July 2026.

Kaynak türü: Hakemli SANRA-guided narrative comprehensive review.

Lisans: Creative Commons Attribution (CC BY).

Literatür arama kaynakları: PubMed/MEDLINE, PubMed Central, Scopus, Web of Science Core Collection, Cochrane Library ve Google Scholar.

Ana arama dönemi: 2021–2026; gerekli başlıklarda daha eski literatüre genişletilmiştir.

Son veri tabanı araması: Haziran 2026.

Formal systematic-review durumu: PRISMA uygulanmamıştır; dual independent study selection ve formal risk-of-bias appraisal yapılmamıştır.

Merkezi tanı teknolojileri: Conventional blood culture; MALDI-TOF MS; multiplex PCR; broad-range 16S rRNA PCR; mNGS; plasma microbial cell-free DNA; CRP, PCT, IL-6, presepsin ve nCD64; phenotypic/genotypic antimicrobial susceptibility testing.

Finansman: Harici finansman alınmamıştır.

Institutional Review Board: Uygulanabilir değil; yayınlanmış literatürün derlemesidir ve insan/hayvan katılımcısı içeren yeni çalışma yapılmamıştır.

Informed Consent: Uygulanabilir değil.

Veri erişilebilirliği: Yeni veri oluşturulmamış veya analiz edilmemiştir; data sharing uygulanabilir değildir.

Çıkar çatışması: Yazarlar çıkar çatışması bildirmemiştir.

AI kullanım beyanı: Kaynağın son beyanlar bölümünde ayrı bir üretken yapay zekâ kullanım bildirimi raporlanmamıştır.

Yazar katkıları: Conceptualization: E.T.C. ve R.G.U.; methodology: E.T.C., E.O.C. ve R.G.U.; validation: L.S.I., I.D.C. ve R.G.U.; formal analysis: E.T.C. ve E.O.C.; investigation: S.G.I., A.A., C.D., G.S.A.-T., M.A.D., A.D.P., I.K.I., O.R.P. ve E.A.C.; resources: L.S.I. ve R.G.U.; data curation: E.T.C., E.O.C., S.G.I. ve A.A.; original draft: E.T.C. ve E.O.C.; review/editing: L.S.I., I.D.C., R.G.U. ve E.A.C.; visualization: E.T.C. ve E.O.C.; supervision: L.S.I., I.D.C. ve R.G.U.; project administration: E.T.C., E.O.C. ve R.G.U.

Temel yöntemsel sınır: Çalışma geniş kapsamlı olmakla birlikte sistematik derleme değildir. Özellikle metagenomics, microbial cell-free DNA ve direct-from-blood molecular diagnostics için erişkinlerden extrapolate edilen kanıt yükü yüksektir. Yazarların temel gelecek araştırma çağrısı yeni teknoloji eklemekten çok neonatal-specific validation, standardize interpretive thresholds ve sonuç odaklı prospective trials gerçekleştirilmesidir.