Карциномаи гепатоселлюлярӣ қисми зиёди саратонҳои ибтидоии дар ҷигар пайдошавандаро ташкил медиҳад ва аз сабаби он ки дар бисёр беморон дар марҳилаи пешрафта ошкор мешавад, бори ҷиддии фавт дорад. Биомаркерҳое мисли алфа-фетопротеин, ки дар амалияи клиникӣ истифода мешаванд, махсусан дар бемории марҳилаи барвақт метавонанд ҳассосият ва хосияти кофӣ надошта бошанд. Аз ин рӯ, имзоҳои молекулавие омӯхта мешаванд, ки метавонанд бофтаи варамро аз бофтаи муқаррарии ҷигар фарқ кунанд ва ҳамзамон бо зиндамонии умумии беморон алоқаманд бошанд.

Дар ин таҳқиқот 371 намунаи варам ва 50 намунаи муқаррарии ҷигар аз когорти TCGA-LIHC-и The Cancer Genome Atlas ва дар маҷмӯъ 367 намуна аз се маҷмӯи додаҳои GEO баррасӣ шуданд. 251 ген муайян гардид, ки дар ҳамаи чор манбаи додаҳо ба таври муштарак ифодаи дифференсиалӣ доштанд; бо алгоритми Boruta аз онҳо 79-то ҳамчун хусусиятҳои муҳим интихоб шуданд ва дар натиҷаи таҳлили зиндамонӣ имзои ниҳоии 24-генӣ ташкил карда шуд.

Аз генҳои дохилшуда ба имзои ниҳоӣ 20-то дар бофтаи варам дар сатҳи баландтар ва чорто дар сатҳи пасттар ифода шудаанд. Генҳо дар равандҳои вобаста ба биологияи саратон, аз ҷумла таъмири ДНК, назорати давраи ҳуҷайра, ҷудошавии хромосомаҳо, бозсозии матрикси берунҳуҷайравӣ, танзими ситоскелет ва гузариши эпителиалӣ-мезенхималӣ гурӯҳбандӣ шудаанд.

Модели ҷангали тасодуфӣ, ки дар қисмҳои %80 омӯзишӣ ва %20 санҷишии додаҳои TCGA-LIHC истифода шуд, бо имзои 24-генӣ бофтаи варам ва бофтаи муқаррариро бо дақиқии %100 ҷудо кард. Бо вуҷуди ин, дар маҷмӯи санҷишӣ танҳо 10 намунаи муқаррарӣ ва 75 намунаи варам мавҷуд аст. Модел дар когорти мустақили беруна тасдиқ нашуда, бо дигар бемориҳои ҷигар муқоиса нагардидааст ва шарҳ дода нашудааст, ки оё раванди интихоби генҳо комилан мустақил аз тақсимоти омӯзиш-санҷиш анҷом дода шудааст ё не. Аз ин рӯ, иҷрои комил на бештар ба як санҷиши омодаи истифодаи клиникӣ, балки ба як натиҷае монанд аст, ки бояд аз нуқтаи назари эҳтимоли аз ҳад мутобиқшавӣ ва ихроҷи додаҳо таҳқиқ шавад.

Таҳқиқот ҳамчунин хабар медиҳад, ки ҳар яке аз 24 ген бо зиндамонии умумӣ робитаи оморӣ нишон додааст. Аммо таҳлилҳо ба муқоисаҳои яктағйирёбандаи Kaplan-Meier ва log-rank асос ёфтаанд. Модели бисёртағйирёбандаи зиндамонӣ, ки аз рӯи марҳилаи варам, табобат, фаъолияти ҷигар, сирроз, ҳолати гепатити вирусӣ ва дигар тағйирёбандаҳои клиникӣ ислоҳ шуда бошад, пешниҳод нашудааст. Аз ин рӯ, ҳанӯз нишон дода нашудааст, ки ин генҳо нишондиҳандаҳои мустақили пешгӯӣ мебошанд.

Нуқтаи муҳимтарин ин аст, ки ин имзои 24-генӣ дар шакли кунунии худ санҷиши хун нест. Модел дар профилҳои ифодаи RNA, ки аз намунаҳои бофта гирифта шудаанд, бофтаи варамро аз бофтаи муқаррарии ҷигар ҷудо мекунад. Барои он ки он барои ташхиси барвақт, ченкунӣ аз гардиши хун, канорагирӣ аз биопсия ё скрининги клиникӣ истифода шавад, бояд дар гурӯҳҳои мустақили беморон, бофтаҳои сирротикӣ ва безарари ҷигар ва, агар имкон бошад, дар таҳқиқоти проспективӣ тасдиқ гардад.

Мушкилоти асосии клиникие, ки таҳқиқот баррасӣ мекунад

Карциномаи гепатоселлюлярӣ, ки ба англисӣ hepatocellular carcinoma номида мешавад ва ихтисораш HCC аст, варами бадсифатест, ки тақрибан %90-и саратонҳои ибтидоии ҷигарро ташкил медиҳад. Беморӣ аксаран дар заминаи бемориҳои музмини ҷигар, аз ҷумла сирояти музмини гепатити B ё C, сиррози вобаста ба машрубот, бемории чарбии ҷигари вобаста ба ихтилоли метаболикӣ, гемохроматоз ва норасоии алфа-1 антитрипсин инкишоф ёфта метавонад.

Яке аз мушкилоти муҳиме, ки муваффақияти табобати HCC-ро маҳдуд мекунад, он аст, ки варам дар бисёр беморон дар марҳилаи пешрафта ошкор мешавад. Барои варамҳои хурд ва маҳдуд ба дохили ҷигар имконоти бо мақсади табобати радикалӣ, аз қабили резексияи ҷарроҳӣ, пайванди ҷигар ё аблятсияи маҳаллӣ баррасӣ шуда метавонанд; дар марҳилаи пешрафта бошад, беморӣ бо сабаби инвазияи рагҳо, кам шудани захираи ҷигар ва паҳншавии дур идора карданаш мушкилтар мешавад.

Аз ин рӯ, муҳаққиқон кӯшиш карданд ду ниёзи гуногуни клиникиро бо як панели молекулавӣ қонеъ созанд:

• Арзиши ташхисӣ: Қобилияти намунаи ифодаи генҳо барои фарқ кардани бофтаи варам аз бофтаи муқаррарии ҷигар.
• Арзиши пешгӯӣ: Алоқаманд будани сатҳҳои баланд ё пасти ифодаи генҳо бо зиндамонии умумии беморон.

Мафҳумҳои ташхисӣ ва пешгӯӣ аз ҳам фарқ мекунанд. Як нишондиҳанда метавонад бофтаи варамро аз бофтаи муқаррарӣ хеле хуб ҷудо кунад, аммо нишон надиҳад, ки бемор чӣ қадар зиндагӣ хоҳад кард. Ба ҳамин монанд, гене, ки бо зиндамонӣ алоқаманд аст, метавонад барои ташхиси барвақт қобилияти кофии фарқкунанда надошта бошад. Ҳадафи таҳқиқот якҷо кардани ин ду хусусият дар як маҷмӯи генҳо мебошад.

Чаро танҳо AFP кофӣ ҳисобида намешавад?

Алфа-фетопротеин яке аз биомаркерҳои хунобаест, ки дар HCC бештар истифода мешавад. Бо вуҷуди ин, таҳқиқот таъкид мекунад, ки AFP махсусан дар бемории марҳилаи барвақт метавонад ҳассосият ва хосияти маҳдуд дошта бошад. Ҳатто дар як қисми беморони дорои HCC-и пешрафта AFP метавонад муқаррарӣ боқӣ монад; бемориҳои безарари ҷигар низ метавонанд боиси баланд шудани AFP шаванд.

Аз ин рӯ, баланд будани AFP ҳамеша маънои саратонро надорад ва сатҳи муқаррарии AFP низ HCC-ро қатъиян истисно намекунад. Имзои гение, ки таҳқиқот меомӯзад, аз ҷиҳати назариявӣ ҳадаф дорад намунаи васеътари биологияи варамро нисбат ба нишондиҳандаи асосёфта ба як сафеда дар бар гирад.

Аммо таҳқиқот панели 24-гениро мустақиман бо AFP муқоиса накардааст. Ҳамчунин санҷида нашудааст, ки истифодаи он якҷо бо AFP фоидаи иловагӣ медиҳад ё не. Бинобар ин, таҳқиқот нишон намедиҳад, ки панели 24-генӣ аз AFP беҳтар аст.

Манбаъҳои додаҳои истифодашуда

Дар таҳқиқот як когорти TCGA ва се маҷмӯи додаҳои GEO истифода шудаанд:

Дар чор маҷмӯи додаҳо дар маҷмӯъ 738 намуна мавҷуд аст. Аммо ҳамаи ин намунаҳо якҷо карда шуда, як модели ягонаи омӯзиши мошинӣ сохта нашудааст. Когортҳои GEO барои муайян кардани генҳои муштараки дифференсиалӣ истифода шудаанд; модели тасниф бошад дар когорти TCGA-LIHC таҳия шуда, дар маҷмӯи санҷишие, ки аз дохили ҳамон когорт ҷудо карда шудааст, арзёбӣ гардид.

Ин фарқ хеле муҳим аст. Истифодаи додаҳои GEO барои интихоби ген маънои онро надорад, ки таснифгари 24-генӣ дар когортҳои GEO аз тасдиқи беруна гузаштааст.

Ҷараёни таҳлили таҳқиқот

Дар нақшаи таҳқиқот раванд бо чунин тартиб пеш меравад:

1. Гирифтани додаҳои ифодаи генҳо аз TCGA-LIHC ва GEO,
2. Таҳлили ифодаи дифференсиалии генҳо байни варам ва бофтаи муқаррарӣ дар ҳар маҷмӯи додаҳо,
3. Муайян кардани 251 гене, ки дар чор маҷмӯи додаҳо муштараканд,
4. Интихоби хусусиятҳои муҳим аз 251 ген бо алгоритми Boruta,
5. Сохтани таснифгари ҷангали тасодуфӣ бо 79 гени тасдиқшуда,
6. Баррасии алоқаи 79 ген бо зиндамонии умумӣ тавассути GEPIA2,
7. Ворид кардани 24 ген бо P<0,05 ба имзои ниҳоӣ,
8. Арзёбии фарқҳои ифодаи 24 ген байни варам ва бофтаи муқаррарӣ,
9. Сохтани модели дуюми ҷангали тасодуфӣ бо имзои 24-генӣ,
10. Тафсири вазифаҳои биологии генҳо бар асоси адабиёти мавҷуда.

Ифодаи дифференсиалии ген чӣ маъно дорад?

Гуфта шудани он ки як ген “ба таври дифференсиалӣ ифода шудааст” маънои онро дорад, ки миқдори RNA-и вобаста ба он ген байни ду гурӯҳи муқоисашаванда аз нигоҳи оморӣ ва биологӣ фарқи маънодор нишон медиҳад. Дар ин таҳқиқот бофтаи варам бо бофтаи муқаррарии ҷигар муқоиса шудааст.

Яке аз нишондиҳандаҳои асосии тағйири ифодаи ген fold change, яъне тағйири чандкарата мебошад. Барои шарҳ робитаи асосӣ чунин нишон дода мешавад:

\[ \log_2FC = \log_2 \left(\frac{\text{Tümör grubundaki ifade}}{\text{Normal gruptaki ifade}}\right) \]

Дар ин ҷо log₂FC тағйири чандкаратаи логарифмӣ дар асоси ду мебошад.

• log₂FC=1 нишон медиҳад, ки ифода дар гурӯҳи варам тақрибан ду баробар баландтар аст.
• log₂FC=-1 нишон медиҳад, ки ифода дар гурӯҳи варам тақрибан нисфи ифодаи гурӯҳи муқаррарӣ аст.
• Қиматҳои мусбат болоравии танзим ва қиматҳои манфӣ поёнравии танзимро ифода мекунанд.

Дар таҳлили TCGA-LIHC барои маънодор ҳисобидани генҳо шарти он гузошта шуд, ки сатҳи кашфи бардурӯғ FDR<0,01 ва тағйири мутлақи логарифмӣ |logFC|>1,5 бошад.

FDR барои назорат кардани натиҷаҳои мусбати бардурӯғе пешбинӣ шудааст, ки ҳангоми ҳамзамон санҷидани ҳазорҳо ген пайдо шуда метавонанд. Ҳатто агар қимати хоми P-и як ген паст бошад, ҳангоми анҷом додани шумораи зиёди санҷишҳо баъзе натиҷаҳо метавонанд танҳо аз сабаби тасодуф маънодор намоён шаванд.

Додаҳои TCGA-LIHC чӣ гуна коркард шуданд?

Додаҳои TCGA-LIHC бо бастаи R-и TCGAbiolinks коркард шуданд. Қадамҳои гузоришшуда дар таҳқиқот чунинанд:

• Филтр кардани намунаҳои пастсифат бо истифода аз ҳадди коррелятсияи 0,6,
• Нормализатсияи фарқҳои техникӣ, ки метавонанд аз таркиби GC-и генҳо ба вуҷуд оянд,
• Хориҷ кардани генҳои дорои тағйирпазирии паст бо ҳадди квантили 0,25,
• Муқоисаи бофтаҳои муқаррарӣ ва варам,
• Татбиқи ҳаддҳои FDR<0,01 ва |logFC|>1,5.

Дар натиҷаи ин таҳлил дар когорти TCGA-LIHC 4.412 гени дифференсиалӣ муайян шуд. Аз онҳо 3.687 ген дар бофтаи варам баландтар ва 725 ген пасттар ифода шуданд.

Маҷмӯи додаҳои GEO чӣ гуна таҳлил шуданд?

Дар се маҷмӯи додаҳои GEO DESeq2 истифода шуд. Аввал генҳои дорои шумораи умумии хонданҳои камтар аз 100 дар ҳамаи намунаҳо хориҷ карда шуда, сипас модели хаттии умумии асосёфта ба тақсимоти биномиалии манфӣ татбиқ гардид.

Модели асосии ҳисоб, ки дар DESeq2 истифода мешавад, барои шарҳ чунин нишон дода мешавад:

\[ K_{ij} \sim NB(\mu_{ij}, \alpha_i) \]

Дар ин ҷо:

• K_ij, шумораи хонданҳои RNA-и гени i дар намунаи j мебошад.
• NB, тақсимоти биномиалии манфиро ифода мекунад.
• μ_ij, шумораи миёнаи интизоршаванда мебошад.
• α_i, параметри паҳншавӣ ё дисперсияи хоси ген мебошад.

Дар таҳлилҳои GEO ҳадди P<0,05-и ислоҳшуда истифода шуд. Илова бар ин, барои рӯйхати генҳои тартибдодашуда ва баҳодиҳии боэътимоди андозаи таъсир функсияи deseq2 confects бо қадами 0,5 татбиқ гардид.

Шумораи генҳои дифференсиалӣ дар чор маҷмӯи додаҳо

Фарқи хеле зиёди шумораи генҳои дифференсиалӣ байни маҷмӯи додаҳо ҷолиби диққат аст. Дар GSE62232 16.290 ген маънодор ёфт шуд, дар ҳоле ки дар GSE112790 танҳо 131 ген муайян гардид. Ин фарқ метавонад бо андозаи намуна, платформаи ченкунӣ, сифати додаҳо, хусусиятҳои беморон, нормализатсия, гетерогении варам ва ҳаддҳои истифодашуда вобаста бошад.

Таҳқиқот дар маҷмӯи додаҳои гуногун шартҳои гуногуни маънодориро истифода кардааст. Дар TCGA ҳам FDR ва ҳам ҳадди назарраси fold change мавҷуд аст, дар бахши GEO бошад қимати ислоҳшудаи P асос гирифта шудааст. Ин фарқ метавонад ба шумораи генҳо дар маҷмӯи додаҳо ва ба маҷмӯи генҳои муштарак таъсир расонад.

Графикҳои вулқонӣ чиро нишон доданд?

Графикҳои вулқонӣ тағйири ифода ва аҳамияти омории ҳар генро дар як ҳамворӣ нишон медиҳанд. Меҳвари уфуқӣ log fold change ва меҳвари амудӣ одатан логарифми манфии қимати P-ро ифода мекунад.

Дар графикҳо:

• Нуқтаҳои сабз генҳои дар бофтаи варам боло танзимшударо,
• Нуқтаҳои сурх генҳои поён танзимшударо,
• Нуқтаҳои сиёҳ генҳои маънодор ҳисобнашударо нишон медиҳанд.

Генҳои қисми болоии рости график дар варам ифодаи баландтар ва фарқи омории қавӣ доранд, дар ҳоле ки генҳои қисми болоии чап номзадҳои қавие мебошанд, ки дар варам пасттар ифода шудаанд.

251 гени муштарак чӣ гуна муайян шуданд?

Генҳои дифференсиалӣ ифодашуда дар TCGA-LIHC, GSE57957, GSE62232 ва GSE112790 бо воситаи Venny буриш карда шуданд. Дар қисми муштараки чор маҷмӯи додаҳо 251 ген ёфт шуд.

Дифференсиалӣ ифода шудани як ген дар ҳамаи чор манбаи мустақили додаҳо барои коҳиш додани натиҷаҳои техникӣ ё вобаста ба намунае, ки танҳо ба як маҷмӯи додаҳо хосанд, пешбинӣ шудааст. Бо вуҷуди ин, муштарак будан худ аз худ маънои онро надорад, ки ген махсуси HCC аст. Ҳамин ген метавонад дар дигар саратонҳо, илтиҳоб, фиброз ё афзоиши босуръати ҳуҷайраҳо низ тағйир ёбад.

Интихоби хусусиятҳо бо алгоритми Boruta

Ворид кардани ҳамаи 251 гени муштарак ба модел метавонад бо сабаби истифодаи шумораи зиёди тағйирёбандаҳо нисбат ба шумораи намунаҳо хатари аз ҳад мутобиқшавиро зиёд кунад. Аз ин рӯ, муҳаққиқон алгоритми Boruta-ро ҳамроҳ бо модели ҷангали тасодуфӣ истифода карданд.

Boruta барои ҳар тағйирёбандаи воқеӣ нусхаҳои тасодуфан омехташудаи “соягӣ” месозад. Агар аҳамияти як гени воқеӣ дар модел пайваста аз хусусиятҳои соягии тасодуфӣ баландтар бошад, он ген ҳамчун хусусияти тасдиқшуда қабул мешавад.

Натиҷаи Boruta барои 251 ген чунин аст:

• 79 ген: Хусусияти тасдиқшуда
• 13 ген: Хусусияти номуайян ё муваққатӣ
• 159 ген: Хусусияти радшуда

Ҳадафи асосии Boruta ёфтани хурдтарин маҷмӯи генҳо нест, балки нигоҳ доштани ҳамаи хусусиятҳои маънодоре мебошад, ки метавонанд бо натиҷа алоқаманд бошанд. Аз ин рӯ, маҷмӯи 79-генӣ ҳанӯз ҳам васеъ аст.

Модели ҷангали тасодуфӣ чӣ гуна кор мекунад?

Ҷангали тасодуфӣ модели ансамблӣ мебошад, ки аз шумораи зиёди дарахтони қарор иборат аст. Ҳар дарахт бо зермаҷмӯаҳои тасодуфии намунаҳои додаҳо ва генҳо омӯзонида мешавад. Синфи ниҳоӣ бо овози аксарияти дарахтон муайян мегардад.

Барои шарҳ қарори таснифро метавон бо робитаи асосии зерин нишон дод:

\[ \hat{y} = \operatorname{mode}\{T_1(x), T_2(x), \ldots, T_B(x)\} \]

Дар ин ҷо:

• x, профили ифодаи генҳои як намунаи бофта мебошад.
• T_b, пешгӯии ҳар дарахти қарор дар бораи муқаррарӣ ё варам будан аст.
• B, шумораи умумии дарахтон мебошад.
• ŷ, синфи ниҳоӣ мебошад, ки бо овози аксарият муайян шудааст.

Таҳқиқот шумораи дарахтон, умқи дарахтҳо, шумораи генҳои дар ҳар тақсим арзёбишаванда, вазнҳои синфҳо ва қимати ибтидоии тасодуфиро муфассал пешниҳод намекунад. Ин камбудӣ бозсозии айнан якхелаи моделро душвор месозад.

Иҷрои модели аввалини 79-генӣ

Додаҳои TCGA-LIHC ба таври тасодуфӣ ба маҷмӯи %80 омӯзишӣ ва %20 санҷишӣ ҷудо шуданд:

Модели 79-генӣ ҳамаи намунаҳои маҷмӯи омӯзиширо дуруст тасниф кард. Дар маҷмӯи санҷишӣ аз 85 намуна 84-то дуруст ва якто нодуруст тасниф шуд. Дақиқии умумии гузоришшуда %98,8 мебошад.

Дар матритсаи иштибоҳ ҳамаи 10 намунаи муқаррарӣ ҳамчун муқаррарӣ, аз 75 намунаи варам 74-то ҳамчун варам ва якто ҳамчун муқаррарӣ нишон дода шудааст. Дар ин ҳолат ягона намунаи нодуруст таснифшуда як намунаи варам аст.

Байни қиматҳои precision ва recall барои ҳар синф дар ҷадвал ва ҳуҷайраҳои матритсаи иштибоҳ номуайянии тафсири самт вуҷуд дорад. Вобаста ба он ки сатрҳо ва сутунҳои матритса ҳамчун синфҳои воқеӣ ва пешгӯишуда чӣ гуна муайян шудаанд, қиматҳои precision ва recall ба назар мерасанд, ки ҷой иваз кардаанд. Гарчанде ин нуқтаи гузоришдиҳӣ тафсирҳои ниҳоиро тағйир намедиҳад, он санҷиши дубораи метрикаҳоро талаб мекунад.

Дақиқӣ, precision, ҳассосият ва холҳои F1

Формулаҳои зерин дар таҳқиқот ба таври возеҳ навишта нашудаанд ва барои шарҳ додани маънои нишондиҳандаҳои иҷрои гузоришшуда илова шудаанд:

\[ \mathrm{Accuracy} = \frac{TP+TN}{TP+TN+FP+FN} \]

\[ \mathrm{Precision} = \frac{TP}{TP+FP} \]

\[ \mathrm{Recall} = \frac{TP}{TP+FN} \]

\[ F1 = 2 \times \frac{\mathrm{Precision}\times\mathrm{Recall}}{\mathrm{Precision}+\mathrm{Recall}} \]

Дар ин ҷо:

• TP: Намунаҳои вараме, ки дуруст ҳамчун варам тасниф шудаанд,
• TN: Намунаҳои муқаррарие, ки дуруст ҳамчун муқаррарӣ тасниф шудаанд,
• FP: Намунаҳои муқаррарие, ки иштибоҳан варам номида шудаанд,
• FN: Намунаҳои вараме, ки иштибоҳан муқаррарӣ номида шудаанд.

Дар ташхиси саратон танҳо дақиқии умумӣ кофӣ нест. Агар шумораи намунаҳои муқаррарӣ кам бошад, модел ҳатто бо тасниф кардани ҳамаи намунаҳо ҳамчун варам метавонад дақиқии баланд ба даст орад. Аз ин рӯ, тақсимоти синфҳо, ҳассосият, хосият, арзиши пешгӯии мусбат ва тасдиқи мустақил бояд якҷоя арзёбӣ шаванд.

24 гене, ки бо зиндамонии умумӣ алоқаманданд

79 гени интихобкардаи Boruta тавассути GEPIA2 ба таҳлили зиндамонӣ ворид карда шуданд. Барои ҳар ген беморон мувофиқи сатҳи медиании ифода ба гурӯҳҳои ифодаи баланд ва паст ҷудо шуданд, каҷҳои Kaplan-Meier сохта шуданд ва санҷиши log-rank татбиқ гардид.

24 ген бо P<0,05 ба имзои ниҳоӣ дохил карда шуданд:

COL24A1, RAD51, CLSPN, ECT2, IQGAP3, ARHGAP11A, CCL23, SNHG4, PLK4, DNAJC6, BAIAP2L2, PIF1, FANCD2, BUB1, TMC7, CENPI, COL9A1, COL25A1, STRA6, KIAA1841, RANBP3L, DIRAS2, CREG2 ва FANCB.

Таҳлили Kaplan-Meier чиро чен мекунад?

Усули Kaplan-Meier эҳтимоли зинда монданро то вақти муайян арзёбӣ мекунад. Робитаи асосӣ барои шарҳ чунин аст:

\[ \hat{S}(t) = \prod_{t_i \leq t}\left(1-\frac{d_i}{n_i}\right) \]

Дар ин ҷо:

• S(t), эҳтимоли зинда мондан то вақти t мебошад.
• d_i, шумораи фавтҳое мебошад, ки дар вақти дахлдор рух додаанд.
• n_i, шумораи бемороне мебошад, ки дар ҳамон лаҳза зери хатар қарор доранд.

Санҷиши log-rank арзёбӣ мекунад, ки байни каҷҳои зиндамонии гурӯҳҳои дорои ифодаи баланд ва пасти ген фарқи оморӣ вуҷуд дорад ё не.

Бо вуҷуди ин, ёфт шудани P<0,05 маънои онро надорад, ки ген бевосита ба зиндамонӣ таъсир мерасонад ё омили мустақили пешгӯӣ мебошад. Ифодаи ген метавонад ҳамроҳ бо марҳилаи варам, дараҷаи гистологӣ, инвазияи рагҳо ё дигар хусусиятҳои биологии хашмгин тағйир ёбад.

Аҳамияти санҷишҳои сершумори зиндамонӣ

Барои маҷмӯи 79 ген санҷишҳои алоҳидаи зиндамонӣ гузаронида шуданд. Дар матн гуфта нашудааст, ки барои ин санҷишҳо FDR ё ягон ислоҳи дигари муқоисаҳои сершумор истифода шудааст.

Ҳангоми ҳамзамон санҷидани шумораи зиёди гипотезаҳо, истифодаи танҳо ҳадди P<0,05 эҳтимоли тасодуфан маънодор намоён шудани баъзе генҳоро зиёд мекунад. Аз ин рӯ, маҷмӯи пешгӯии 24-генӣ бояд дар когортҳои мустақил ва моделҳои бисёртағйирёбандаи ислоҳшудаи Cox дубора тасдиқ карда шавад.

Самтҳои ифодаи 24 ген дар бофтаи варам ва муқаррарӣ

Аз 24 гени имзои ниҳоӣ 20-то дар бофтаи варам баландтар ва чорто пасттар ифода шудаанд.

Дар диаграммаҳои қуттӣ барои бисёр генҳои боло танзимшуда тақсимоти ифода байни намунаҳои муқаррарӣ ва варам ба таври равшан ҷудо мешавад. Дар CCL23, COL25A1 ва RANBP3L ифода дар бофтаи муқаррарӣ баландтар ба назар мерасад. DIRAS2 низ ҳамчун гени поён танзимшуда тасниф шудааст; аммо дар тақсимоти он байни намунаҳо тағйирпазирӣ вуҷуд дорад.

Иҷрои ташхисии гузоришшудаи модели 24-генӣ

Модели дуюми ҷангали тасодуфӣ, ки бо имзои 24-генӣ сохта шуд, ҳамаи намунаҳоро ҳам дар маҷмӯи омӯзишӣ ва ҳам дар маҷмӯи санҷишӣ дуруст тасниф кард:

Дар графики ROC масоҳати зери каҷ ҳамчун AUC=1,00 нишон дода шудааст. Тафсири асосии AUC эҳтимоли он аст, ки як намунаи варами ба таври тасодуфӣ интихобшуда аз як намунаи муқаррарии тасодуфӣ холҳои баландтари модел мегирад.

AUC=1,00 дар маҷмӯи санҷишии баррасишуда ҷудокунии комилро ифода мекунад. Аммо ин қимат нишон намедиҳад, ки модел дар беморони нав низ комилан кор хоҳад кард.

Чаро иҷрои комил бояд бо эҳтиёт тафсир шавад?

Худи мақола низ эътироф мекунад, ки иҷрои комил нигаронии аз ҳад мутобиқшавиро ба вуҷуд меорад. Барои ин нигаронӣ чанд сабаби техникӣ вуҷуд дорад.

Маҷмӯи санҷишӣ хурд аст

Дар маҷмӯи санҷишӣ танҳо 85 намуна ва аз онҳо танҳо 10 намунаи муқаррарии ҷигар мавҷуд аст. Нодуруст тасниф шудани ҳатто як намунаи муқаррарӣ иҷрои синфи муқаррариро ба таври назаррас тағйир медиҳад.

Синфҳо номутаносибанд

Дар когорти TCGA-LIHC ба муқобили 371 намунаи варам танҳо 50 намунаи муқаррарӣ мавҷуд аст. Ин номутаносибӣ метавонад ба омӯзиши модел ва нишондиҳандаҳои иҷро таъсир расонад. Дар таҳқиқот тафсилоти вазнҳои синф, мувозинатсозӣ ё намунагирии стратификатсияшуда дода нашудааст.

Тасдиқи беруна анҷом дода нашудааст

Когортҳои GEO барои ёфтани генҳои муштарак истифода шуданд, аммо таснифгари ҷангали тасодуфии 24-генӣ дар ин когортҳои мустақил санҷида нашуд. Арзёбии модел танҳо дар қисми санҷишии аз дохили TCGA ҷудошуда тасдиқи дохилӣ мебошад.

Ихроҷи эҳтимолии додаҳо ба қадри кофӣ шарҳ дода нашудааст

Матн ҷараёни кореро пешниҳод мекунад, ки аз он чунин бармеояд: 251 гени муштарак ва хусусиятҳои Boruta бо истифода аз ҳамаи додаҳои TCGA-LIHC интихоб шуда, баъд маҷмӯи додаҳо ба %80-%20 ҷудо шудааст. Агар интихоби хусусиятҳо баъд аз дидани намунаҳои санҷишӣ низ анҷом шуда бошад, маълумоти маҷмӯи санҷишӣ метавонист ба таври ғайримустақим ба модел ихроҷ шавад.

Дар арзёбии боэътимод додаҳо аввал ба омӯзиш ва санҷиш ҷудо мешаванд; нормализатсия, интихоби хусусият, Boruta ва танзими гиперпараметрҳо танҳо дар маҷмӯи омӯзишӣ анҷом дода мешаванд. Маҷмӯи санҷишӣ то марҳилаи ниҳоӣ комилан дастнорасида нигоҳ дошта мешавад. Таҳқиқот ба таври равшан намегӯяд, ки ин равандҳо ба ҳам печида ё мустақил иҷро шудаанд.

Танҳо як тақсимоти тасодуфӣ истифода шудааст

Ба назар мерасад, ки иҷрои модел ба як тақсимоти %80-%20 асос ёфтааст. Гузориш нашудааст, ки иҷро дар тақсимоти гуногуни тасодуфӣ, кросс-валидатсияи такрорӣ ё намунаҳои bootstrap чӣ гуна тағйир меёбад.

Муқоисаи бофтаи муқаррарӣ аз ҷиҳати клиникӣ маҳдуд аст

Модел бофтаи варамро аз бофтаи муқаррарии ҷигар ҷудо кардааст. Дар амалияи клиникӣ саволи душвортар фарқ кардани оҷаги хурди HCC аз сирроз, гиреҳи диспластикӣ, гиреҳи регенеративӣ, гепатит ё варамҳои безарари ҷигар аст. Ин гурӯҳҳо дар модел санҷида нашудаанд.

Оё ин панел санҷиши хун аст?

Не. Додаҳои дар таҳқиқот истифодашуда аз сатҳҳои ифодаи RNA дар бофтаҳои ҷигар гирифта шудаанд. Аз ин рӯ, имзои 24-генӣ дар шакли кунунии худ санҷиши хуноба, плазма ё дигар намуди биопсияи моеъ нест.

Барои истифодаи як панели бофтавӣ дар ташхиси клиникӣ одатан биопсия ё маводи ҷарроҳӣ лозим мешавад. Ниёзи асосӣ дар скрининги барвақти HCC бошад, аксар вақт ошкор кардани беморӣ бидуни дастрасӣ ба бофтаи варам аст.

Барои табдил додани ин панел ба санҷиши хун бояд нишон дода шавад, ки RNA-ҳои дахлдор дар RNA-и озоди гардишкунанда, экзосомаҳои аз варам сарчашмагирифта ё ҳуҷайраҳои варами гардишкунанда боэътимод чен карда мешаванд. Дар ин таҳқиқот чунин таҳлил анҷом дода нашудааст.

Мавзӯъҳои биологии имзои генӣ

Муҳаққиқон 24 генро дар доираи се мавзӯи васеи биологияи саратон тафсир кардаанд:

• Ноустувории геномӣ ва посух ба осеби ДНК,
• Вайроншавии давраи ҳуҷайра ва ҷудошавии хромосомаҳо,
• Микромуҳити варам ва бозсозии матрикси берунҳуҷайравӣ.

Таъмири ДНК ва ноустувории геномӣ

Ифодаи баланди генҳои таъмири ДНК дар назари аввал метавонад ҳолати боздорандаи варам ба назар расад. Дар ҳуҷайраҳои муқаррарӣ таъмири ДНК якпорчагии геномро нигоҳ медорад. Аммо дар ҳуҷайраҳои саратонӣ таъмири пурқуввати ДНК метавонад ба ҳуҷайраҳо кумак кунад, ки сарфи назар аз фишори баланди репликатсия ва осеби ДНК зинда монанд.

Аз ин рӯ, ҳамон як роҳ метавонад дар бофтаи муқаррарӣ муҳофизатӣ бошад, аммо дар варами пешрафта муқовимат ба табобат ё таҳаммулпазирӣ ба осебро дастгирӣ кунад. Азбаски таҳқиқот вазифаи ин генҳоро ба таври таҷрибавӣ тағйир надодааст, ин механизм бевосита исбот нашудааст.

Давраи ҳуҷайра ва ҷудошавии хромосомаҳо

Нуқтаҳои назоратии давраи ҳуҷайра барои боздоштани тақсимшавии ҳуҷайраҳои дорои ДНК-и осебдида ё нодуруст пешбинӣ шудаанд. Вайроншавии ин системаҳо метавонад боиси тақсим шудани хромосомаҳо бо шумораи нодуруст ё ба таври нодуруст ба ҳуҷайраҳои духтарӣ гардад.

Ноустувории хромосомӣ метавонад гетерогении дохили варамро зиёд кунад. Вақте ки дар дохили як варам зергурӯҳҳои ҳуҷайравии дорои хусусиятҳои гуногуни генетикӣ ба вуҷуд меоянд, пешрафти беморӣ, метастаз ва муқовимат ба табобат мураккабтар шуда метавонанд.

Матрикси берунҳуҷайравӣ ва генҳои коллаген

Матрикси берунҳуҷайравӣ шабакаест, ки аз коллаген, гликопротеинҳо ва дигар молекулаҳои сохторӣ иборат буда, ҳуҷайраҳои варамро иҳота мекунад. Ин шабака на танҳо такягоҳи ҷисмонӣ медиҳад; он инчунин метавонад ба ҳаракати ҳуҷайра, сигналҳои афзоиш, ташаккули рагҳо ва дастрасии ҳуҷайраҳои иммунӣ таъсир расонад.

Дар ҷигари сирротикӣ аллакай фибрози шадид ва тағйири матрикс вуҷуд дорад. Ҳуҷайраҳои HCC метавонанд аз хусусиятҳои механикӣ ва биохимиявии ин муҳит истифода карда, қобилияти инвазия ва паҳншавиро зиёд намоянд.

Ҳаракати ҳуҷайра, ситоскелет ва гузариши эпителиалӣ-мезенхималӣ

Гузариши эпителиалӣ-мезенхималӣ барномаи биологиест, ки дар он ҳуҷайраҳои варами дорои хусусиятҳои эпителиалӣ робитаҳои байниҳуҷайравии худро кам карда, хусусиятҳои ҳаракатноктар ва инвазивӣ ба даст меоранд. Ин раванд метавонад бо метастаз алоқаманд бошад; аммо ифодаи баланди як ген худ аз худ нишон намедиҳад, ки бемор метастаз пайдо хоҳад кард.

Генҳои дигар ва номзадҳои дорои маълумоти маҳдуд

SNHG4 ҳамчун RNA-и дарози рамзгузоринашаванда бо бемории пешрафта ва зиндамонии бад алоқаманд шудааст. Гарчанде TMC7, KIAA1841, CREG2 ва PLK4 қаблан дар имзоҳои гуногуни пешгӯӣ ҷой гирифтаанд, вазифаи мустақими баъзе генҳо дар HCC ба қадри кофӣ тавсиф нашудааст.

BAIAP2L2 низ дар имзои ниҳоӣ ҷой дорад, аммо нақши функсионалии махсуси он дар HCC дар таҳқиқот бо таҷрибаҳои муфассал нишон дода нашудааст.

Мувофиқи тафсири адабиёт дар таҳқиқот, аз даст рафтани CCL23, ки аз генҳои поён танзимшуда мебошад, метавонад таъсири боздорандаи варами сигнали CCR1/AKT/ESR1-ро кам кунад. RANBP3L ва DIRAS2 ҳамчун номзадҳои эҳтимолии боздорандаи варам арзёбӣ шудаанд; аммо вазифаи онҳо дар саратони ҷигар бевосита тасдиқ нашудааст.

Оё панели 24-генӣ воқеан пешгӯӣкунанда аст?

Таҳқиқот хабар медиҳад, ки барои ҳар ген байни гурӯҳҳои ифодаи баланд ва паст фарқи зиндамонии умумӣ вуҷуд дорад. Ин нишон медиҳад, ки генҳо номзадҳои пешгӯӣ мебошанд. Аммо барои қабул кардани онҳо ҳамчун биомаркерҳои клиникии пешгӯӣ далелҳои бештар лозиманд.

Дар таҳқиқот таҳлилҳои зерин пешниҳод нашудаанд:

• Регрессияи Cox, ки аз рӯи марҳилаи варам ислоҳ шудааст,
• Ислоҳ аз рӯи синфи фаъолияти ҷигар ё ҳолати сирроз,
• Таҳлили зергурӯҳҳо аз рӯи ҳолати гепатити вирусӣ,
• Ислоҳ аз рӯи инвазияи рагҳо, шумора ё андозаи варам,
• Ворид кардани навъи табобат ба модел,
• Формулаи равшани математикӣ, ки 24 генро дар як холҳои хавф муттаҳид мекунад,
• Тасдиқи мустақили гурӯҳҳои хавфи паст ва баланд аз рӯи холҳои хавф,
• C-индекс, ROC-и вобаста ба вақт ё таҳлили калибронӣ.

Аз ин рӯ, ибораи “имзои пешгӯии 24-генӣ” дар ин марҳила ба он асос ёфтааст, ки ҳар ген алоҳида бо зиндамонӣ алоқаманд ёфт шудааст. Ҳоло ҳанӯз холҳои пешгӯие пешниҳод нашудааст, ки барои истифодаи клиникӣ муайян, вазнҳояш таъин ва дар когорти беруна тасдиқ шуда бошад.

Маънои эҳтимолӣ барои ҳаёти ҳаррӯза ва амалияи клиникӣ

Ҳадафи дарозмуддати чунин таҳқиқот табдил додани гуногунии молекулавии саратони ҷигар ба имзои ченшаванда мебошад. Дар оянда панели генҳои тасдиқшуда метавонад дар самтҳои зерин арзёбӣ шавад:

• Кумак ба муайян кардани он ки бофтаи шубҳаноки ҷигар варам аст ё не,
• Ҷудо кардани варамҳои дорои хусусиятҳои биологии хашмгин,
• Муайян кардани шиддати пайгирӣ барои беморони дорои хавфи баланди такроршавӣ ё фавт,
• Роҳнамоии таҳқиқот ба роҳҳои мушаххаси таъмири ДНК ё давраи ҳуҷайра,
• Таъмини маълумоти иловагии молекулавӣ ба усулҳои мавҷуда, аз қабили AFP ва тасвирбардорӣ.

Аммо ҳеҷ яке аз ин имкониятҳо дар таҳқиқоти кунунӣ аз ҷиҳати клиникӣ санҷида нашудаанд. Таҳқиқот озмоиши проспективии амалӣ нест, ки идоракунии беморонро тағйир диҳад.

Ҷанбаҳои қавии таҳқиқот

• Таваҷҷуҳ ба генҳои муштараки дифференсиалӣ дар як TCGA ва се маҷмӯи додаҳои GEO равона шудааст.
• Барои кам кардани номзадҳои хоси як маҷмӯи додаҳо буриши чор манбаи дода истифода шудааст.
• Ифодаи дифференсиалии оморӣ, омӯзиши мошинӣ ва таҳлили зиндамонӣ дар як ҷараён муттаҳид карда шудаанд.
• Бо усули Boruta аҳамияти тағйирёбандаҳо нисбат ба хусусиятҳои тасодуфии соягӣ арзёбӣ шудааст.
• Маҷмӯи васеи 79 ген аз рӯи алоқа бо зиндамонӣ то 24 ген маҳдуд карда шудааст.
• Самтҳои ифодаи генҳои ниҳоӣ дар бофтаи варам ва муқаррарӣ алоҳида нишон дода шудаанд.
• Генҳо дар гурӯҳҳои функсионалии маънодор, аз қабили таъмири ДНК, давраи ҳуҷайра ва биологияи матрикс тафсир шудаанд.
• Манбаъҳои додаҳои истифодашуда барои умум дастрасанд.
• Худи таҳқиқот хатари аз ҳад мутобиқшавӣ ва зарурати тасдиқи берунаро эътироф мекунад.

Маҳдудиятҳои таҳқиқот

• Арзёбии ҳамтоён вуҷуд надорад: Таҳқиқот preprint мебошад.
• Тарҳи ретроспективӣ: Ба намунаҳое асос ёфтааст, ки қаблан дар пойгоҳҳои додаҳои кушода ҷамъоварӣ шудаанд.
• Тасдиқи берунии модел вуҷуд надорад: Таснифгари 24-генӣ дар когортҳои мустақили GEO санҷида нашудааст.
• Маҷмӯи санҷишии хурд: Дар маҷмӯи санҷишӣ танҳо 10 намунаи муқаррарӣ ва 75 намунаи варам мавҷуд аст.
• Номутаносибии синфҳо: Дар когорти TCGA шумораи бофтаҳои муқаррарӣ аз шумораи варамҳо хеле камтар аст.
• Иҷрои комил: Муваффақияти %100 дар санҷиш эҳтимоли аз ҳад мутобиқшавӣ ё ихроҷи додаҳоро ба миён меорад.
• Номуайянии тартиби таҳлил: Ба қадри кофӣ шарҳ дода нашудааст, ки интихоби хусусиятҳо ва филтри зиндамонӣ дар дохили маҷмӯи омӯзишӣ ё дар тамоми додаҳо анҷом дода шудаанд.
• Як тақсимоти додаҳо: Кросс-валидатсияи такрорӣ ё тасдиқи мустақил гузориш нашудааст.
• Тафсилоти гиперпараметрҳо маҳдуд аст: Танзимоти пурраи модели ҷангали тасодуфӣ дода нашудааст.
• Муқоисаи бофтаи муқаррарӣ: Қобилияти фарқ кардани сирроз, гепатит, гиреҳи диспластикӣ ва варамҳои безарар санҷида нашудааст.
• Додаҳои бофтавӣ: Таҳқиқот санҷиши хун ё биопсияи моеъ таҳия накардааст.
• Таҳлилҳои зиндамонӣ яктағйирёбандаанд: Натиҷаҳои ислоҳшуда аз рӯи марҳила ва дигар омилҳои клиникӣ вуҷуд надоранд.
• Ислоҳи санҷишҳои сершумор нишон дода нашудааст: Барои 79 санҷиши зиндамонӣ танҳо ҳадди P<0,05 истифода шудааст.
• Формулаи холҳои хавф вуҷуд надорад: Холи пешгӯии вазндор, ки 24 генро муттаҳид кунад, пешниҳод нашудааст.
• Муқоиса бо AFP вуҷуд надорад: Санҷида нашудааст, ки панел аз AFP беҳтар ё ҳамчун илова ба AFP муфид аст.
• Гетерогении клиникӣ маҳдуд баррасӣ шудааст: Ҳолати гепатит, сабаби сирроз, марҳилаи варам ва зергурӯҳҳои молекулавӣ арзёбӣ нашудаанд.
• Тасдиқи таҷрибавӣ вуҷуд надорад: Вазифаҳои генҳо дар моделҳои ҳуҷайра, органоид ё ҳайвонот санҷида нашудаанд.
• Баъзе генҳо нокифоя тавсиф шудаанд: Нақши номзадҳое мисли COL25A1, TMC7, KIAA1841 ва BAIAP2L2 дар HCC номуайян аст.

Таҳқиқот чӣ мегӯяд?

• Дар чор маҷмӯи додаҳо 251 ген ёфт шудааст, ки ба таври муштарак дифференсиалӣ ифода шудаанд.
• Таҳлили Boruta аз ин генҳо 79-тояшро ҳамчун хусусияти муҳим интихоб кардааст.
• Модели ҷангали тасодуфӣ дар дохили TCGA-LIHC бо 79 ген иҷрои хеле баланди санҷиши дохилиро нишон додааст.
• Аз ҳафтоду нӯҳ ген 24-то дар таҳлили яктағйирёбандаи зиндамонӣ бо P<0,05 бо зиндамонии умумӣ алоқаманд ёфт шудаанд.
• Дар имзои ниҳоӣ 20 гени боло ва чор гени поён танзимшуда мавҷуд аст.
• Модели 24-генӣ ҳамаи намунаҳои маҷмӯи санҷишии дохилии TCGA-ро дуруст тасниф кардааст.
• Генҳо дар равандҳои таъмири ДНК, давраи ҳуҷайра, ноустувории хромосомӣ, бозсозии матрикс ва сигналдиҳии ҳуҷайравӣ гурӯҳбандӣ мешаванд.
• Имзо як номзади ташхисӣ ва пешгӯӣ аст, ки ба тасдиқи мустақил ниёз дорад.

Таҳқиқот чӣ намегӯяд?

• Нишон намедиҳад, ки панел барои истифодаи клиникӣ омода аст.
• Нишон намедиҳад, ки панел аз намунаи хун чен карда мешавад.
• Исбот намекунад, ки HCC-и марҳилаи барвақтро аз сирроз ё бемории безарари ҷигар фарқ мекунад.
• Исбот намекунад, ки иҷрои %100 дар беморони нав такрор мешавад.
• Нишон намедиҳад, ки 24 ген сабаби HCC мебошанд.
• Исбот намекунад, ки генҳо новобаста аз марҳилаи варам арзиши пешгӯӣ доранд.
• Нишон намедиҳад, ки панел аз AFP беҳтар аст ё метавонад ҷойи AFP-ро гирад.
• Нишон намедиҳад, ки ягон ген ҳадафи тасдиқшудаи табобат мебошад.
• Санҷида намешавад, ки табобатҳои равонашуда ба ин генҳо зиндамонии беморонро зиёд мекунанд.
• Қарори клиникӣ, интихоби табобат ё кафолати бехатарӣ намедиҳад.

Усул ва Натиҷаҳои Таҳқиқот

Хулосаи техникии усул

Хулосаи техникии имзои 24-генӣ

Хулосаи тартибдодашудаи натиҷаҳои асосӣ

Ёддошт оид ба Манбаъ ва Усул

Ин муҳтаво бар таҳқиқоте бо унвони “A 24-Gene Signature with Diagnostic and Prognostic Value in Hepatocellular Carcinoma: An Integrative RNA-seq and Machine Learning Analysis”, ки аз ҷониби Oluwafemi Ogundare таҳия шудааст, асос меёбад.

Таҳқиқот preprint мебошад, ки дар SSRN нашр шудааст. Дар матн ба таври равшан ибораи “This preprint research paper has not been peer reviewed” ҷой дорад. Аз ин рӯ, таҳқиқот аз арзёбии мустақили ҳамтоён нагузаштааст ва дар версияҳои баъдӣ усул, натиҷа ё тафсирҳо метавонанд тағйир ёбанд.

Таҳқиқот озмоиши клиникие нест, ки беморони нав қабул карда шуда бошанд, таҷрибаи in vitro, омӯзиши ҳайвонот ё санҷиши проспективии ташхисӣ ҳам нест. Ин таҳлили ҳисоббарории додаҳои таърихии ифодаи генҳо мебошад, ки дар пойгоҳҳои TCGA-LIHC ва GEO мавҷуданд. Азбаски додаҳои истифодашуда барои умум дастрасанд, гуфта шудааст, ки тасдиқи алоҳидаи кумитаи ахлоқ ва ризоияти иштирокчиён татбиқшаванда набудааст.

Муаллифи ягонаи таҳқиқот Oluwafemi Ogundare мебошад. Муаллиф хабар додааст, ки барои тарҳи таҳқиқот, таҳлил, тафсир ва омодасозии мақола пурра масъул аст. Гуфта шудааст, ки маблағгузории мушаххас вуҷуд надорад. Муаллиф изҳор доштааст, ки патенте дорад, ки ба ин таҳқиқот иртибот надорад ва ба таҳқиқот таъсир нарасондааст.

Иҷрои %100-и санҷиши дохилии модели 24-генӣ набояд ҳамчун тасдиқи мустақили клиникӣ тафсир шавад. Аз сабаби хурд будани маҷмӯи санҷишӣ, номутаносибии муқаррарӣ-варам, набудани тасдиқи беруна ва он ки ихроҷи эҳтимолии додаҳо дар ҷараёни таҳлил ба қадри кофӣ шарҳ дода нашудааст, натиҷаҳо хусусияти кашфиётӣ доранд.

Панел ба додаҳои ифодаи RNA-и бофта асос ёфтааст; дар шакли кунунӣ санҷиши хун нест. Барои истифода дар ташхиси барвақт, скрининги клиникӣ, интихоби табобат ё пешгӯии зиндамонӣ он бояд дар когортҳои мустақил, марҳилаҳои гуногуни беморӣ, бофтаҳои сирротикӣ ва безарари ҷигар ва дар муқоиса бо AFP ва тағйирёбандаҳои клиникӣ тасдиқ карда шавад.

Ин муҳтаво танҳо бар усул, тасвир, ҷадвал, рӯйхати генҳо, натиҷаҳои рақамӣ, тафсири адабиёт ва маҳдудиятҳои PDF-и боршуда асос ёфтааст. Иддаоҳои дар таҳқиқот мавҷуднабуда дар бораи муваффақияти клиникӣ, ташхиси қатъӣ, ҳадафи табобат, санҷиши хун, кафолати зиндамонӣ ё механизми сабабии биологӣ илова нашудаанд. :contentReference[oaicite:1]{index=1}